引用回数の多い論文 - aggren0xの日記
面白かったです ノーベル賞受賞者の論文ですらランクインしない「世界で最も引用された論文トップ100」 - GIGAZINE The top 100 papers : Nature News & Comment 適当にわかるものだけ、知ってるけど論文タイトルからはわからないので取り漏らしているものもあるかも、あと専門分野から離れるほど、その論文そのものの直接的貢献よりも大雑把なこと書いちゃってるかも 4位Sanger法 6位ウェスタンブロッティング 11位カプラン・マイヤー法 12位、14位BLAST 17位MMSE 19位サザンブロッティング 21位リアルタイムqPCR 24位Cox比例ハザードモデル 44位2D電気泳動？ 52位パッチクランプ法？ 57位EMアルゴリズム 58位メトロポリス・ヘイスティングス法 59位Benjamini HochbergのFDR 62位LDLのFriedw
STAP問題 - aggren0xの日記
まあなんというかね、ああいうタイプの研究者って、まぁ他にもいるとは思うんですよね。笹井さんには災難だったと思うけど、ここは広い視野に立って進退の判断をしていただきたいところではあるなぁ。 こういうのは研究者にしかわからんもんなのかなぁ。未だに擁護してる人がいるとか。まあほんとに、そういう意味では天才的な人なんだろうなぁ。 理研の対応も興味深かったなぁ。当初は全力で守ろうと動き出しては見たが、調べ始めたりネットからの情報を総合するとどう考えてもおかしいな、やばいなあ、とか思ってたら文科省とか官邸が怒り始めた、まずいまずいと天下り組事務さんたちが慌て始めた、ついでに野依さんが激ギレし始めたのでそれを利用して事務方から強力な圧力かかった、調査委員会側は当初擁護しようとして手ぬるい調査をしはじめちゃった経緯があるので、スジ論で突き返すことができなかった、最終的に早急な（拙速な？）結論を出してしまっ
SSHと科学研究、学会発表や査読付き論文投稿について - aggren0xの日記
ちょっと古い記事のようですが、id:semi_colonさんのブクマ経由で読みました。SSH（セキュア・・・ではなくてスーパーサイエンスハイスクール）がEM菌の研究をしているようだ、との批判。 科学技術立国日本の未来を蝕むEM菌 - Togetter なんと言えばいいのか、科学の原点に戻るというなら、例えEM菌だろうとなんだろうと、計画して、実験して、自分で結論を導き出すというのはまあ悪いことではないと思うんです。EMを少しでも取り扱ったならただちにニセ科学で糾弾すべきだ、とは私は思わないのです。まあ本職の研究者は大体そう思うでしょうけど。 そのうちにはEM菌はたしかに効果があったとする実験結果がでることもあるでしょう。そりゃあそうです。高校生程度が、高校教師に指導された程度*1で、完全にコントロールされた信頼度の高い実験をできるということはないでしょう。っていうか、それを言ってしまえば本
ランダー・グリーン・アルゴリズム（３） - aggren0xの日記
あと3歩くらいでたどり着きそうかも・・・ 遺伝型の相（フェイズ） 前々回、遺伝型について説明しました。これはヒトのもつ二つの染色体上のアレルを組み合わせたもので、遺伝的データのうち病気などといった表現型へと直接的な関連を示すもので、浸透度モデルに組み込まれていることを前回お話しています。常染色体上にある場合、ペアの染色体に優劣はなく、これは順序を入れ替えても特に意味の変わらない組み合わせです。例えば、ABO遺伝子座上のABO*AアレルとABO*Bアレルからなる、AB型という血液型とBA型という血液型・・・という違いは特にありません。 ところが、家系データにおいては意味が発生します。父親由来のアレルと母親由来のアレルに分けることができるからです。これをする意味は、これをすると家系データにおいてアレルの流れ（gene flow）がわかるということです。由来親をたどっていけばいいわけですから。さ
ランダー・グリーン・アルゴリズム（２） - aggren0xの日記
ランダー・グリーン・アルゴリズムの紹介、第二回です。いつになったら辿り着くのやら！ メンデルの法則 まず第一に、これはメンデルの法則にもとづくモデルです。メンデルの優性、分離、独立の法則を思い浮かべましょう。 優性の法則 law of dominance 優性の法則は、ある遺伝子座上にA、aのアレルがあり、Aが優性ならば、AAとAaはどちらもAの表現型を表し、aaだけがaの表現型を表し、これらの遺伝型が1:2:1の比率で生まれるので、優性形質Aが3:1の比率で生まれる。というふうなものですが、これはさすがにプリミティブすぎて現在の遺伝学には適用不可能です。 ここは、メンデルの優性の法則を、浸透度penetranceの定義で置き換えます。これは、ある遺伝型のもとで、表現型が一定の確率で発生するとするものです。遺伝型G、表現型Yについて、P(Y|G)を浸透度と呼びます。P(Y|G=AA)=1、
ランダー・グリーン アルゴリズム（１） - aggren0xの日記
お気に入り経由で以下の記事を読んでとてもおもしろかったのですが、 http://ama.an-pan-man.com/archives/814 原文も読んで確認もしたんですけど、エリック・ランダーが自己紹介するにあたって「ランダー・グリーンアルゴリズム*1」について一言も触れてない。 これはとても美しいアルゴリズムで、隠れマルコフモデルの遺伝家系データへの適用で、最初にこれを思いついたのは天才だと私は思う。今でもこのアルゴリズムは応用されており、たとえば次世代シーケンサーのデータにおいても行われるハプロタイプの相決定や、imputationアルゴリズムと言ってヒトゲノム上数十万のマーカーデータから、相関構造を利用して一千万以上のマーカーデータを推定するというのに使われます。 わたしは数学出身ではありません。EMアルゴリズムのDempster論文も、なんとか読み終えることは出来ましたというレ
環境省ゲノムのやつ - aggren0xの日記
福島県住民のゲノム検査断念の理由を ゲノムの解読過程で機械的な誤りが生じるため、専門家からは「親子間に違いがあったとしても放射線の影響なのか、他の要因なのかも区別できない」と妥当性を疑問視する声が続出。さらに、実子ではなかったことが解析で明らかになった場合の倫理的な課題も指摘されていた。 http://mainichi.jp/select/news/20130312k0000m040022000c.html と書かれていますが、ちょっとよくわからないです。 まず第一に後者の倫理面の問題ですが、これは確かに重大な課題ですが、これ自体が計画全体を中止させるものとまでは言えないと思います。とはいえこの問題点の指摘は正当です。 最初のやつ『ゲノムの解読過程で機械的な誤りが生じるため、専門家からは「親子間に違いがあったとしても放射線の影響なのか、他の要因なのかも区別できない」』というやつなんですけど
IRORIOのめちゃくちゃな記事の件 - aggren0xの日記
いちおうひとことメモしておきますけど*1 同性愛者が生まれる理由が判明!!生物学上の子どもを持てないのになぜ?!との長年の謎が解明されたらしいゾ - IRORIO（イロリオ） 遺伝学というのは大変sensitiveな学問で、というのはこれは優生学という負の歴史を背負っており、それが直接的にナチス・ドイツの強い共鳴を呼び、絶滅収容所という人類史上最悪のシステムを作り上げてしまったということがあるからです*2。 と、大上段に構えて言いましたが、というのも、これはなんですか。 同性愛者はどうして自然淘汰されないのか?! http://irorio.jp/sousuke/20121213/39792/ おいふざけんなバカ！そういうことを決して言ってはいけないんだよ！僕にとっては「IRORIOはどうして自然淘汰されないのか？！」のほうがはるかに不思議だよ。 原文を読んでみると As long as
ロシュがイルミナを買おうとしてる件 - aggren0xの日記
ロシュっていう会社がイルミナっていう会社に敵対的買収をしかけてるんだそうです。ゲノム界隈の人には超お馴染みの名前同士で、みなさんわりと盛り上がってるとは思いますけど。有力な次世代シークエンサーを売ってる3つの会社のうちの2つです。残りひとつはライフという会社。 http://www.bloomberg.co.jp/news/123-LYC6170D9L3501.html http://www.bloomberg.co.jp/news/123-LYESXD1A1I4G01.html 研究者なんて（医者もそうだけど）いかにも社会常識がなくて、経済だとか企業がどうするとかには全く疎いことが多いといえばまあそうだけど、この件はあまり気分の良い話ではないなあと思う。 もともとロシュは、PCR（ポリメラーゼ連鎖反応）の特許買って、世界中の生命の不思議を探求する真摯な研究者から特許料巻き上げまくった（と
ゲノム研究から見た血液型占い - aggren0xの日記
血液型占いはあたるかどうか、という話。まあもちろん「あたりませんよ」と言いたいわけだが、その根拠についての話である。まあ赤子の手をひねるような話ではあるが、こういうつまらない話は例によってウケは悪いのでしょうが・・・ 血液型は、ヒトゲノム上の遺伝子によって決定される 血液型というのはヒトゲノムによって決定されるものである。正確には、ゲノムDNA上にコードされているのは糖転移酵素で、赤血球上のH抗原をA抗原に変えるタイプの転移酵素と、B抗原に変える酵素と、酵素の機能が失われているためH抗原のままおかれるタイプが、遺伝子レベルでコードされている。ヒトによって、ゲノム上に持っている酵素のタイプが異なり、これがA、B、Oの血液型の原因となる。たとえば遺伝子型AOというのは、片親由来の染色体上にAに変える抗原を持っているが、もう片親由来の染色体上の酵素は機能が失われている。結果としては、Aに変える酵
商業ゲノム解析サービス 23andMe、deCODE me - aggren0xの日記
最近、ゲノム科学の進歩に伴い、一般の方でもお金を払えば自分の遺伝情報を営利企業に読ませて、自分のゲノム配列を手にすることができるようになってきた。で、ゲノムなんて言うのは単に30億回AかTかCかGが繰り返し書かれているだけの情報なので、それだけを見てもあまり意味はなく、通常はそういった営利企業は何らかの解析結果を添付するわけである。 とある経緯で、そういった会社の一つである23andMeによる、知り合いのゲノム解析の結果を見ることがありました。 https://www.23andme.com/ これまで、エチカの鏡だとかいう番組が紹介したという怪しげなサービスについて苦言を呈し続けてきた。しかし、23andMeや、あとdeCODE meなどは以前から世界的によく知られた営利的なゲノム解析サービスだ。 http://www.decodeme.com/ 中の人のレベルも段違い。特にdeCODE
才能を予測する遺伝因子について（３） - aggren0xの日記
才能占い（前日の報道に関連したブクマでこの言葉を知った）の実際の効果の検証に入る前に、まずもっと科学的に確立している分野、病気の発症を予測するゲノム情報について、どういったものか、どのような影響を与えるのか解説する。 ゲノム研究が明らかにした、遺伝因子がヒトに与える影響について ゲノムを調べたら、実際何がわかるのか。まず、加齢黄斑変性症（Age-related Macular Degeneration, AMD）というあまり馴染みのない病気を例に説明する*1。とはいっても白人では65歳以上で10%程度が罹患するほどのきわめて一般的な病気だ。加齢黄斑変性症のゲノム研究は複数あるが、ここではWei Chenらによる本年4月の論文をとりあげる*2。ちなみにサンプルは基本的に白人である。 「オッズ比」とは何か この研究によると、最も加齢黄斑変性症のリスクと関係する1番染色体CFH遺伝子上のrs10
才能を予測する遺伝因子について、番外編 人類遺伝学会の声明について - aggren0xの日記
そういえばこのはてなダイアリーに、一般の方向けの記事を書き始めたのは、妻の友人が件の「才能予測」の中国のサービスに6万円とかいう金額を払ったと聞いて、多少僕も啓蒙とかいうもんをしなきゃならんなあと決意したところから始まった「才能を予測する遺伝因子について」という一連の、といってもまだ2編しか書いてないけど、記事からなのだった。 人類遺伝学会で動きがあるのは知っていたのですが、本日声明文として出されたようだ。口の中を綿棒でぬぐって送れば子供の性格や才能がわかる！それにもとづいて子供を教育すればオーダーメイド英才教育ができるぞ！的なサービスについての見解です。 http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20101028-00000167-yom-sci 人類遺伝学会サイトにはまだでてないけど。公式声明文をはやく読みたいものだ。 読売新聞に掲載された見解をみても、なんだ
日本人ゲノム（２） - aggren0xの日記
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/abs/ng.691.html ちなみにこの研究のための計算は、東大医科研ヒトゲノム解析センターのスパコンシステムを用いて行われたようです。 結果について 使用したサンプルはHapMapでも用いられた日本人ゲノムNA18943。これは理研の自前ではなくCoriell Instituteというところから購入したものだが、もともとは理研-医科研で収集したものという複雑さ。ちなみにcell lineなのでmutationは、間違いなく入っている。ここは少し気になるところ。 次世代シークエンサーを用いて、この日本人ゲノムをのべ121ギガベース読んだらしい。ヒトゲノム長が3ギガベースだから、実際の配列の40倍以上読んでいる。前回書いたように、次世代シークエンシングでは短いリードをアセンブルしてヒトゲノムを構
日本人ゲノム（１） - aggren0xの日記
日本人ゲノムが解読された。幸いニュース報道にはなっているようだ。 http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20101025-00000003-jij-soci http://www.afpbb.com/article/environment-science-it/science-technology/2769507/6367918 AFPBBは今回の用語の使い方はしっかりしている。ところで今回の報道を見てわかるとおり、最初に解読されたアジア人のゲノムは韓国、次が中国であった。今回の解読はこれまでに読まれた他人種ゲノムとは違い、次世代シークエンス技術を主に用いている。 今回、本論文を読んでまとめてみる。読者のことを想定し、最初にこの解読のもたらす意味を考えてみる。 日本人ゲノム解読の意味とは 通常遺伝学的な準備的解析、特に大規模プロジェクトが何を意味しているのかと
「遺伝子」と「遺伝」の違い - aggren0xの日記
下記報道に対するみなさんのはてなブックマークでの反応が完全に間違っていたのでとても気になった。これはみなさんの責任ではなく、報道側の責任である。ひいては残念ながらわれわれ遺伝学者の責任であるとも言える。 http://www.afpbb.com/article/life-culture/health/2767480/6341100 何が間違っているかというと、うつ病の原因と考えられる「遺伝子」を発見したと報道しているのだが、みなさんの反応はうつ病の「遺伝」の原因を発見したと捉えているようなのだ。しかし「遺伝」と「遺伝子」は違う。英語で考えると、遺伝子はgeneだが、親から子へ受け継ぐ遺伝、正しくは「遺伝的継承」はinheritance。違うでしょ？ここで、遺伝学はgeneticsじゃないかと思うかもしれない。しかし親から子へ受け継ぐ遺伝をさしてgeneticsとは言わない。genetics
才能を予測する遺伝因子について（２） - aggren0xの日記
才能と遺伝因子が「関連している」とはどういうことか 統計学的関連とはどういう事かということを話し始めると夜も更けてしまうわけだけども、ここでは簡単に次のことを指摘しておきたい。 まず第一に、これは''決定''ではない、ゼロか、イチか、ではないということである。遺伝因子と才能が「関連している」からと言って、その遺伝因子を持っていれば才能が発揮されるという1対1の関係ではない。後述する。 また、これは原因と結果の関係（因果関係）かどうかも、これだけでは決定できない*1。例えば、ある子どもが遺伝因子を持っているということは、その両親のどちらかもそれを持っているということである。その遺伝因子が「才能に関連がある」という結果が出た場合、もしかすると才能を発揮する遺伝因子というより、親が子供を教育して才能を発揮させる遺伝因子なのかもしれない。こういうのを交絡因子という。これは遺伝因子としての効果として
才能を予測する遺伝因子について（１） - aggren0xの日記
DNAサンプルによって子供の才能を判定するというビジネスが始まっているようだ。中国とかで（http://allabout.co.jp/finance/gc/45607/）。まあ、どこかがやるとは思っていた。わたしはこういったビジネスには反対派なのだが、Yahoo知恵袋の回答（http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1441275694）など見ると、否定派は否定派でなんの知識もなく感情的に反発してる人が多いようだ。困ったことだ。 専門家としての結論から言えば、これらの「才能」というか、要するに持って生まれた特定の分野への向き不向き、すなわち同じ環境で育ち、同じ努力をしても他の人より運動ができるようになったり、勉強ができたりという個人個人の違いが、ゲノムに刻まれているというのは十分考えうることだ。ただ、正直なところ具体的
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
