スゴ本本 （すごほんぼん） - 殺シ屋鬼司令II
ゴールデンウィークはグロ漫画とグロ小説を読んで過ごした。 この本を読んだからである。 わたしが知らないスゴ本は、 きっとあなたが読んでいる 作者:Dain発売日: 2020/04/30メディア: Kindle版アルファブロガー「わたしが知らないスゴ本（ほん）は、きっとあなたが読んでいる」（以後、スゴ本ブログ）のDainさんが、満を持して初の著書を公刊される、と聞いた私は次の瞬間、ネット書店に予約していた。 本は発売日に届いた。その次の土曜日、Dainさんの出版を祝う会が夕方あった。それまでに読み切ってしまいたかったので、金曜の夜から土曜日の日中はずっと読んでいた。 スゴ本ブログと、スゴ本本の関係のことを、考えている。 例えば、誰かが、自分はスゴ本本を読むべきだろうか、と問いを発したとする。 スゴ本本は、本を読んで生きるために大事な姿勢がぎっしり詰まっている。 私はスゴ本ブログを読んで、そし
九井諒子「ダンジョン飯」第一巻 - 殺シ屋鬼司令II
ダンジョン飯 1巻 (HARTA COMIX) 作者: 九井諒子出版社/メーカー: KADOKAWA / エンターブレイン発売日: 2015/01/15メディア: Kindle版この商品を含むブログ (22件) を見る 面白かった。 RPGのように、戦士たちがチームを組んでダンジョンを攻略する時に、食事を現地調達したらどうなるのか、という、しごく真っ当な発想を真正面かつ斬新に展開している。 同じ作者の既刊よりもよほどいい印象を持った。 九井諒子作品の短篇集は折にふれて話題になっていた。そうして既刊の3冊も購入してあった。でも、1冊半読んだところで止まっていた。 あまりピンとこなかった。 それでよく考えてみた。要するに、この作家の短篇集は実に「もったいない」。 グルメ漫画に託けていえばストロベリーショートケーキのいちごをたべてホイップクリームだけ食べ、チョコレートケーキの上にのった板チョコと
「DNAのダーク・レディ」ロザリンド・フランクリン評伝の読書会（読んでない） - 殺シ屋鬼司令II
ロザリンド・フランクリンというひとの存在は、科学という人類のいとなみがもつ暗黒面を、さらけ出し突きつけるところがある。 現在所属している研究所が、時折セッションを設けて、適正な研究の遂行を啓発していることはかつて書いた。 論文捏造ケーススタディのディスカッション、読書会、ImageJなどのソフトウェアを使用する指針などがテーマになっていた。 毎度それほど驚くほど新しい話題がでるはずはない。 共同研究において共著者たちをどう処遇するべきか 貢献はどうか ラボのヘッドとメンバーの間の仮想や現実の事例 こうした取り組みを通じて考えるということは、ある程度きまりきったかたちに収束してしまう……というのは、最近のニュースに敏感な人でなくとも容易にイメージできるかもしれない。 所員は参加が義務付けられている。 それでも、所員の方で決してその意義を低く見ているわけではない。 事実、所内で近年ある事案があ
査読システムと増えた捏造 - 殺シ屋鬼司令II
いま所属している研究所では研究不正にかかわる講習をうけることが研究者全員に義務付けられている。これはNSFという機関からお金をもらっている機関はすべてそうみたいである。 私の受けたその講習では主に画像処理のかんがえかたとImageJ（というかそのバリエーションのFIJI）というレタッチソフトの使い方を中心に説明を受けた。フリーソフトだから利用者も多いからである。 とりわけ興味を引いたのは、研究画像の不正というのはやはり増えている傾向らしい。それはImageJやPhotoshopを始めとするレタッチ画像処理ソフト*1を利用した、研究画像データのデジタル処理が全面化した時期と相即するのだという。疑わしいと報告され研究画像のうち、1993-1994には4.1%が調査の結果認定されていたのが、2007-2008には68%に増加している、と。 この傾向はたくさんの要因が絡んでいるだろうが、なんといっ
とらドラ！ - 殺シ屋鬼司令II
基本的には大河の可愛さ、特に序盤の「大河、だって」の愛らしさで全話見て全巻読み通すことになった。 けっして主人公が異世界で戦うとかタイムリープするという物語ではなく、高校二年生の日常が一年間進行していくという点ではきわめて普通のシチュエーションである。ところが普通のラブコメとは構造は逆転していて、主役の二人が既に一緒にいるところからはじまり、そしてお互いの関係を、本人たちを含めて全員に承認された状態に持って行くところがこの物語のクエストになっている部分は日常が舞台でもしっかりしたファンタジーなのだと思う。またメインキャラクターの異能も、そしてちゃんと各人の弱点のアキレス腱も機能している。 このクエストにおいて第一のルールになっているのが、キャラクターが自分の内心とはいつも逆のことを他のキャラクターに伝える。ツンデレが典型的であるが、ツンとしてそっぽを向くのでなくても、例えばフレンドリーでも
無料のDNA配列整列・連結（アセンブリ）ソフトGeneStudio - 殺シ屋鬼司令II
研究室で学生から 「PCR断片配列を両側からシーケンスしたのを、ひとつに合わせたいんですけど……」 という質問を受けることが時々ありました。 この質問は暗黙の了解として「（フリーソフトでGUIで……）」というのを含んでいます*1。サンガーシーケンスで読んだ少数（数個）の配列リードを、ちょいちょいっと繋ぐようなフリーソフトがあればいいということです。 【重要】【追記 2015/06/27】Macユーザは迷わずApEを使いましょう。 ApEでシーケンスアライメント - ニュートラルな研究者のメモ GeneStudioというWindows用ソフトをおととい知りました。上の質問に対する回答だと思ったので紹介します。 http://genestudio.com このソフトウェアに含まれているContig Editorという機能は、ABIのサンガーシーケンスで産出されたAB1ファイルを読み込み、クオリ
ピペットマンのリバースモード - 殺シ屋鬼司令II
分子生物学実験でピペットマン（メカニカルピペッター）という器具を使う。 ペットボトルは500 mL、計量スプーンはその数百分の一のcc(=mL)程度のところ、ピペットマンは0.5 µLから1,000 µL程度の液体を精確にはかりとるために使用する。 このところ、96穴PCRプレートにマスターミックスを分注することがある。日本に居たときは連続分注器はふつうのピペットチップを使うものだったのが、いま駐在している研究室はどうも特殊な消耗品を使うようだ。これはかなわんと思い、リバースモードという手法の存在を知って、使ってみた。 リバースモードでの分注操作では、ブロウアウトストロークを吸引時に使用します。液体の吸引時に、吐出したブロウアウト分のエアーと同量の液体が追加されます。このブロウアウト分の液体が、吐出時にチップ内壁に膜として残る液体を補正します。 「粘性の高いサンプルを精度よく分注するには？
Kindle書籍の安売りは「いま」読みたくて読む時間もあるのでなければ買わないほうがいい - 殺シ屋鬼司令II
Kindleの書籍が週替りで安く売られるのでつい購入する人もあるのだろうと思われる。 安いから、という理由で買っておくのは経験上おすすめしない。 ひとつは、Kindleの素晴らしいところというのが、任意の読みたいときに品揃えがあれば買って即座に読めるというところにあるからである。 前にも書いているけれど、即読にまさる速読はないからである。気がノッて、いま読みたい！という時、関心が高まっているときに読むのが理解も深まりしかも速い。 これを技術と市場として実現しようというこころみがKindleだ。 ところが「いつか読むだろう」と買って積んでおくのはとてもよくない。埋もれて忘れさえする度合いもまたKindleでは多い。 紙束のものであれば積ん読の唯一の存在意義がある。絶版・品切対策である。 紙束の本は、「お金を稼げるようになってから買う」という戦略が無効だった。なぜなら数日で書店店頭から消えて品
ライフサイエンス統合データベースを知っていますか - 殺シ屋鬼司令II
きのう、或る場で「統合データベース」って知っていますかという話になった。 そのライフサイエンス統合データベース http://lifesciencedb.jp は、日本（語）におけるNCBIを目指した動きである。さまざまなレベルの生物学的情報を、日本語でも利用しやすくする手引きがいっぱい詰まっている。 非常に価値の高い活動で、自分の研究で日常的に扱うのがゲノム情報なので、所収されている手引きに一再ならずお世話になった。 多くの人が利用しているのだろうと勝手に思っていたのだけれど、実はほとんど知られていなかった。というより、個々のサービスは知っていても、バックボーンとして想定されている「統合データベース」という動きそのものは意識されていなかったのかもしれない。 もし個々のサービスもあまりしられていないとすると大変もったいないことなので、これだけは知っておくと非常に助かる（実際助かっている）サ
初心者が見落とす4つの実験の勘所｜論文あるのみ - 殺シ屋鬼司令II
Fantastic four - young students ignore while experts adore -ここのところ、これまで大学院生のあいだに散発的に行った実験をまとめ、なんとか統一的な視座を表明しようとしている。 散発的なものだから、データはハードディスクの中でバラバラに入っているだけではない。さまざまなバージョンのものが重複しておいてある。しかも、それに対応する実験ノートの記述もバラバラで、何冊もの実験ノートをニシヘヒガシヘ、なんとかして「完成まであと一歩」に漕ぎ着けた。*1 大学院にはいりたての年若い生物学徒には、是非、以下の四件は強調してもしすぎることはない。 コントロール（対照区） 条件検討 再現性 実験ノート 「どれもあたりまえじゃないか」 「いくつか相互におなじものじゃないか」 と、賢い方は仰るに違いない。しかし、私はここで、いま賢さを涵養している最中の初学
『人生がときめく片づけの魔法』のほんとうにスゴい内容について
2012/11/19追記：本記事は、2010年刊行の『人生がときめく片づけの魔法』（１）に関するもので、続編で2012年刊行の『人生がときめく片づけの魔法２』は扱っておりません。 長年の友人が「成功者というのはこの人の事をいう」と評していた、近藤麻理恵『人生がときめく片づけの魔法』をiOSアプリ版で読みました。この本は面白い。ひとことで言うと ガチ 2ch風にいうと、2レス目に思わず「マジキチ」って書かれるレベル（もちろん、いい意味で）。 読んでいるさなかから、記述が詰まっていることにおどろきました。膨大な片づけ指南経験の具体例にリアリティがある。ありきたりな叙述で流していく凡百の指南書ではない。たいていのハウツウ本にかぎらず、世に流通しているノンフィクションは一般に、通説を紹介しているうちにいつのまにか、びちゃびちゃの薄い記述になってしまうのに辟易していました（それでページ数は稼ぐので分
読んでおかないといけない科学の本を、あらためて考えた - 殺シ屋鬼司令II
まぐれ―投資家はなぜ、運を実力と勘違いするのか 作者: ナシーム・ニコラス・タレブ,望月衛出版社/メーカー: ダイヤモンド社発売日: 2008/02/01メディア: 単行本購入: 28人 クリック: 585回この商品を含むブログ (174件) を見る有名な『ブラック・スワン』の著者が『ブラック・スワン』以前に書いた本です。私自身が『ブラック・スワン』を読んでいないので紹介するのは避けました。表裏一体の本であると思いますが、『まぐれ』は一巻本ですので紹介しやすいと思いました。 人間が「予測する」ということの限界を、これでもかと突きつけてきます。希望はその風景の中で探していくしかないのです。 桜吹雪の前に黒鳥が舞った3月も終わります。この本から読んでみてください。ミトコンドリアが進化を決めた 作者: ニック・レーン,斉藤隆央出版社/メーカー: みすず書房発売日: 2007/12/22メディア:
学部の実習は大事！ - 殺シ屋鬼司令II
私の卒業した生物学科では、平日の午後は実習だった。理学部や工学部等の多くの学科がそうだろう。 昼食後から夕方まで、学科の研究室が持ち回りで、それぞれに関連した分野・アプローチの作業を学部生に指導する。個別の作業もあるものの、数人のグループに分かれて作業することが大半だろう。内容は、良くてその研究室がおこなった発見の追試である。普通はもっと基礎的なDNA配列を決定したり、その辺の池*1の水をとってきて微生物を観察する等、学部生自身にとっては「三途の川に石を積む」ように思われる作業をして、レポートを書く。その反面、ある作業を完璧に一人でこなせるようになるには、作業量が圧倒的に少なすぎる。 学部生の時は、誰もが実習を楽しいものと考えているわけじゃない。嫌なものと考えている人はたくさんいる。好悪は保留したとしても、せいぜい必要だからと我慢している人だっている。量も質も拍子抜け、帯に短し襷に長し、と
広がった前途・避けえぬ死。『ミトコンドリアが進化を決めた』 - 殺シ屋鬼司令II
ミトコンドリアが進化を決めた 作者: ニック・レーン,斉藤隆央出版社/メーカー: みすず書房発売日: 2007/12/22メディア: 単行本購入: 4人 クリック: 88回この商品を含むブログ (32件) を見るたぶん @iwasakiw から最初に教わったのだと思うけれど、今になってしまった。もっと早く読んでおくべきだった。 読んでから、時々思い出して考えてみたり、また読みなおしたりしている。それぐらい思い入れはある。 タイトルが示すとおり、生物が進化する中でミトコンドリアが果たした役割を追求し、全体像を描き出そうという意欲がみなぎっている。ミトコンドリアは細胞内共生でできました、ミトコンドリアが酸素呼吸でエネルギーを作ります、ミトコンドリアは母親から伝わります、ミトコンドリアがプログラム細胞死（アポトーシス）を起爆させます……なんて、生物学者にとってはおなじみのトピックだろ？ とあなど
私のいまの文献の管理法について - 殺シ屋鬼司令II
目次 はじめに 管理のブレイクダウン Evernote: 貪欲な文字認識と検索 追記・Evernoteタグの付け方 Zotero: ファイル添付機能を捨象し、書誌情報に特化させる はじめに Mendeleyがとても人気です。EndNoteが定番です。あれこれの意見はある。そして、収束しない。もちろん収束しなくて何の問題もない。常にソフトウェアはアップデートされ、新しいソフトウェアが登場する下克上の戦国時代です。 でも最近、私は論文等の文献管理方法に関しては発想の転換があったんです。 目的別ソフト（サービス）を分ける：ファイルの蓄積＝検索化と、書誌クエリーの集積＝自分が執筆する論文の引用文献として出力する 蓄積＝検索化はEvernote 書誌情報は、あまり気にしない クエリーの集積＝公刊準備はFirefoxアドオンのZotero ZoteroデータベースファイルはDropboxでマシン間共有
私の百冊 - 殺シ屋鬼司令II
ホントのところ、「大学新入生」と銘打っているものの、わたしのためのブックリストなのだ。 大学教師が新入生にすすめる100冊: わたしが知らないスゴ本は、きっとあなたが読んでいる というのに触発されました。この「読んできたやつ、未読のやつ、読みたいやつ」を抽出して、ごたまぜに並べるという趣向は自由でとてもいい、と思い、私もやってみました。 一冊だけ、ほとんど読まれていないようだがなかなかの佳品だ、と思う多田富雄「懐かしい日々の想い」をプッシュしておきます。要するにお医者さんが脳梗塞で倒れ、奥様（もまたお医者さんだ）のケアで一命を取り留め、半身不随になってしまってリハビリする、という体験記です。こういう本はハズレがありません。高度な教養を備えた人物がプロフェッショナルとして長い経験を積み重ねた上で、老いて生死の境をさまよった末に紡ぎ出された本というのは簡単に書けるものではなく、ひとしずくひとし
Gmailを用いた文献ファイル管理 - 殺シ屋鬼司令II
主にPDFで流通している論文のファイルをGmailで管理するといくつかの利点があります。 はやりのクラウドコンピューティング。ウェブに接続できればどこからでも論文を見られる 超強力な検索機能。お好みでタグもつけられる。 一つの論文に関連するファイルを、20 MBまでなら添付ファイルとしておまとめ可能。 というわけで私の方法を公開します。 論文のウェブページに行って全文をHTMLメールファイル形式で本文にコピペ。全文がHTML形式になかったら、論文PDFの全文をAdobe Readerでコピペする。 同じくウェブページから、FigureのJPEGファイルをダウンロードして、添付する。 宛先はabracadabra+articles[at]gmail.comみたいな感じで、フィルタしやすくする。 送信。フィルタを作ってタグを設定して完了。 例をご覧下さい。 左: 本文。HTMLメール形式になっ
そろそろ東大受験用ノートについてヒトコト言っておくか - 殺シ屋鬼司令II
最近、ドット入り罫線ノートというのがコクヨから発売されて、「東大合格生のノートの分析から生まれた…」ということで話題になっている。本郷の生協にもこのノートとともに東大合格生のノートはかならず美しいが平積みになっていた。 「ドット入り罫線」が一体何であるのかは合格してないとしても東大受験生でありさえすれば分かっているはずのことだ。いや、合格したらばさらによく分かっているだろう。というか「コクヨひでえな」（というのは言い過ぎかもしれないが）と思うはずである。高校生でも東大模試を受ける頃にはだんだんわかるだろう。 東大合格生のノートと、過去に集めた100人の高校生のノートを比較し、どういった工夫ができるのか、必死で考えました。そして、研究を重ねた結果、横罫に小さな「ドット」をあしらった「ドット入り罫線」に行き着きました。 開発ストーリー - ドット入り罫線シリーズ - コクヨ ステーショナリー
どうしても見過ごせない歌詞 - 殺シ屋鬼司令II
合唱で筑後川という組曲を練習しているんですが、その3曲目「銀の魚」（ぎんのうお）の歌詞がけしからん。 銀の魚 しずかにしずかに 楠の木かげを漕ぎだした 川の男の たくましい胸板 あたらしい棹を入れる 川の女の 清らかなうなじ。 朝の川面に 投網がふくらむ。 さざなみが湧く。 さざなみがひろがる。 深い川の深い心を いきのよい魚をとらえるのだ。 朝日にはねよ銀の魚 http://www.kisc.co.jp/donge/test/ginnosakana.htm（リンク先音楽注意） どこがけしからんかというと「川の男の/たくましい胸板/あたらしい棹を入れる/川の女の/清らかなうなじ。」の部分です。私なりに解釈すれば「胸板たくましい男が、清らかなうなじの女に川辺で棹を入れる」ということです。新しい棹ということですから、……新しいのでしょう。 こうなると、その前後ももう穏やかではなくなってきます。
てっきり研究はお止めになったものと思っていたのだけれど - 殺シ屋鬼司令II
モシャモシャモギーのひらめくオリア。 2009年混沌の先 バブルはひらめき、脳科学で読み解く経済危機：日経ビジネスオンライン 私は茂木健一郎という人の本をいくつか読みました。かつては「クオリア日記」も読んでいました。 何かと「クオリア」の「ニセ科学」者として名高い茂木ですが、しかし、私はいちおうちゃんとした神経科学者だったと思っていますよ。というのは、彼は著書の中では「クオリア」というのを持ち出してきはするんですが、そして読者の方もそっちにつられて「で？ あなたその研究は進んでるの？」というわけです。でも彼の研究テーマは神経細胞ネットワークの発火パターンをシミュレートすることで、それで（かつては）学生と論文を書いて、学術誌に発表していた。 そういう手続きを踏んでいたうえでは、彼は科学者なのですよ。かつて、少なくとも東工大の兼任教員だったはずで、そこで学生に研究指導していたのは知っていました
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