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bioに関するhoxo_mのブックマーク (37)

  • 「Excelのおせっかい」のせいで人間の遺伝子の名前が変更を余儀なくされる

    Excelで「1-1」のように入力するだけで自動的に「1月1日」と変換してくれる機能は時には便利ですが、単純に「1-1」と入力したかった場合はおせっかいに感じることも。実際に、この機能による「人間の遺伝子の略称を勝手に日付に変換してしまう」という問題が遺伝子学者を悩ませており、ついに科学者側が根負けして遺伝子の名前が変更されることになったと報じられています。 Scientists rename human genes to stop Microsoft Excel from misreading them as dates - The Verge https://www.theverge.com/2020/8/6/21355674/human-genes-rename-microsoft-excel-misreading-dates Excelが文字列を勝手に変更し、使用者の意図しない表記

    「Excelのおせっかい」のせいで人間の遺伝子の名前が変更を余儀なくされる
    hoxo_m
    hoxo_m 2020/08/07
    あの問題にもう悩まされなくなる
  • すい臓がん発見の検査キット開発 NHKニュース

    がんの中でも早期発見が難しいすい臓がんを、血液を調べるだけで高い確率で見つけ出せる検査キットを国立がん研究センターのチームが開発し、3年後をめどに実用化を目指すことにしています。 チームでは、すい臓がんの患者の血液の中で「apoA2アイソフォーム」というたんぱく質の濃度が低下していることを発見し、このたんぱく質を測定する検査キットを開発しました。そして、検査キットと従来からある血液マーカーを組み合わせ、がん患者と健康な人の血液合わせて653人分を調べたところ、早期のすい臓がんの患者を97%から100%の高い確率で見つけ出すことが出来たということです。 すい臓がんは、がんの中でも早期発見が難しいがんで、進行してしまうと5年後の相対生存率が10%未満になってしまうのが実態です。チームでは今後、神戸大学などと協力し、さらに5000人分の血液で検査の有効性を確認し、3年後をめどに医療現場で広く使え

    すい臓がん発見の検査キット開発 NHKニュース
    hoxo_m
    hoxo_m 2015/11/09
    どっかで見たと思ったら TED で同じような話を聞いたんだった。https://www.ted.com/talks/jack_andraka_a_promising_test_for_pancreatic_cancer_from_a_teenager?language=ja
  • 東芝、全ゲノム受託解析サービスを年内開始へ

    東芝は、2015年内に全ゲノム受託解析サービスの開始を目指す。これに向けて、同社のライフサイエンス解析センター(宮城県仙台市)に米Illumina社の最先端次世代シーケンサー「HiSeq Xシリーズ」を国内で初めて導入、試験運用を開始した。 東芝によれば、HiSeq Xシリーズの導入により、約30億塩基対の高品質な全ゲノム受託解析サービスを従来よりも低価格で提供できるという。ゲノム研究においては、疾患関連遺伝子の研究や薬物応答に関連した遺伝子の研究などが、近年世界中で進められている。この研究をさらに加速させるためには、ゲノム配列中の変異箇所や発生頻度をまとめたデータベース「ゲノムリファレンスパネル」の精度向上や、全ゲノム解析の低価格化が求められている。 国内では、日医療研究開発機構がゲノム研究基盤の整備とオールジャパン体制の構築を推進。特にゲノム解析については、品質の確保された業務を実施

    東芝、全ゲノム受託解析サービスを年内開始へ
    hoxo_m
    hoxo_m 2015/07/16
    まじでか。
  • タコ「うー、寒い寒い、ちょっとRNA書き換えとこ」 - 蝉コロン

    2013-05-28 タコ「うー、寒い寒い、ちょっとRNA書き換えとこ」 Octopuses Rewrite Their RNA to Beat the Cold - ScienceNOW DNA-mRNA-タンパク質がいわゆるセントラルドグマで、DNAの配列の違いが、そこからできるタンパク質の構造の変化につながり性質が変わってくわけですが、その途中、mRNAのところでちょいちょいっと編集しちゃおうというのがRNA編集です。この分野の研究者がプレゼンをするときスライドにスペルミスなんかがあっても「あーこっちも編集されちゃいましたね」と言うとウケます。少なくともアメリカでは。 今回ご紹介するのは一年前の論文だけど、南極あたりに住むタコがとあるタンパク質を低温でも働けるようにRNA編集するという仕事です。上記ScienceNowの記事では、タコは寒くても「手袋してない」とアメリカンジョーク

    hoxo_m
    hoxo_m 2013/05/29
  • 『おもしろ遺伝子の氏名と使命』 – HONZ

    珍しい、面白い、役に立たない。三拍子揃った珠玉の一冊である。屋で見つけて中身を数ページめくった後、思わずガッツポーズが出た。 DQNネーム、キラキラネームなど、ネーミングにまつわる問題が深刻化して久しい。その流れを受けたわけでもないのだろうが、アカデミックの世界でもネーミング周りが大変な状況になっているようだ。 書で取り扱っているのは遺伝子の領域。地道な研究が実を結び、未知の遺伝子や変異体などを発見した研究者は、自分自身で名前を付けることが出来る。その遺伝子が体内で何をしているのか、人類にとってどのように役立つのか、そんな深い思いを込めてネーミングは付けられているが通常だ。 ただ中には、そのネーミングに小ネタを仕込んでくる研究者もいるのだという。そんな偉業の中に潜む遊び心を、いくつか紹介してみたい。 ショウジョウバエの生殖に関する研究のさなか、ある変異体が見つかった。その変異体は、メス

    『おもしろ遺伝子の氏名と使命』 – HONZ
  • World Fusion Co., Ltd.

    hoxo_m
    hoxo_m 2013/04/12
    主な15種類の癌腫とがんナビでよく利用される12種類の抗癌剤について、米国医学図書館(NLM)で公開されている過去5年間のヒトに関する論文をマイニングし、関連のある文献を毎週アップデートして配信していきます。
  • ヒト・マイクロバイオム・プロジェクト - HONZ

    『完全なる証明』『フェルマーの最終定理』『バースト!』『宇宙創成』『暗号解読』『ビッグバン宇宙論』『世界でもっとも美しい10の科学実験』『代替医療のトリック』「不思議宇宙のトムキンス』『悪霊にさいなまれる世界』『DNA』……。挙げればきりがないほどの名著の翻訳を手がけている、サイエンス・ノンフィクションにおける日一の翻訳者、あの青木薫さんの連載が、いよいよHONZで始まります。題して「青木薫のサイエンス通信」。海外の科学記事から気になるトピックを取り上げ、ちょいとゆるい感じで紹介してくれます。 第一弾では、「人体に住まう細菌ワールド」を取り上げます。うーん、興味深い……。 ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー ところで(唐突(^^ゞ)近年、アメリカのヒト・マイクロバイオム・プロジェクト(ヒトゲノムの後継計画)の関係もあって、マイクロバイオムの話題がいろいろあるよ

    ヒト・マイクロバイオム・プロジェクト - HONZ
  • 昔のDNAシーケンス法の思い出

    Jun Yasuda @jyasuda1 久しぶりにツイートする。今日は爺臭く昔話など。私が研究の世界に入って今度の4月で満22年になる。最初にやっていたのがDNAシークエンスの実験だった。 Jun Yasuda @jyasuda1 (昔のシークエンス)当時はラジオアイソトープ標識によるサンガー法が主流で、いまだPCRも使用されていなかった。標識各種は32Pと35Sがあったがプロに愛好されていたのは35Sのほうである。その理由は35Sのほうがきれいに読めるからだ。 Jun Yasuda @jyasuda1 (昔のSeq2)今にして思えば32Pはエネルギーが強すぎてバンドが太くなったりとか、コントラストがつきすぎて薄いバンドを読むにはプライマーの近傍が読めないとかあったので、35Sのほうが良かったのだろう。昨日まで気管挿管とか心臓マッサージしかしてなかった私にはそんなことは想像外。

    昔のDNAシーケンス法の思い出
    hoxo_m
    hoxo_m 2013/03/25
  • ヒトゲノム計画のリーダーだけど何か質問ある? | AMAの世界

    こんにちは。私の名前はエリック・ランダー。ハーバード大学とMITが共同で運営している、ブロード研究所の所長であり創設者だ。私はヒトゲノム計画のリーダーの一人であり、国際ゲノムプロジェクトの中核を指揮していた。(訳注: ヒトゲノム計画は2003年に完了した) また2008年から、オバマ大統領の科学技術諮問委員会(PCAST)の共同委員長を務めている。科学技術に関してホワイトハウスにアドバイスをするところだ。健康問題、高度生産システム、エネルギー政策、情報技術、ナノテクノロジー、そして国家安全保障などについて。 自身の研究のほかに、MITで生物学入門の講義を20年間担当している。もうすぐ、大学とK-12の科学教師との連携に関する教育実験を始める予定だ。 ここ5ヵ月は、MITとハーバードが共同で行なっているEdXの一部であるオンライン講義の改訂を準備してきた。オンラインで無料で受講できる、初の基

  • OP Bio Factory

    海洋生物資源収集 日各地で収集する独自性の高い海洋生物資源 海洋調査会社で培った高度な採集技術、各地の海を知り尽くした地元のダイバーや漁業者との強力なネットワーク、大学との共同研究により、独自性の高い天然素材を収集しています。 また、お客様のご要望に基づく素材を収集も承っています。例えば「歴がある海藻」や「特定の物質を含む貝」といったご要望も承ります。これらの素材は抽出物用のほか、微生物の分離源としてもご利用いただけます。 干潟、サンゴ礁、海底洞窟、深海底などを含む多様な海洋環境のほか、陸上での収集についてもご相談を承ります。 すべてのサンプルは法令を遵守した上で採集していますので安心してご利用いただけます。 スクリーニング技術 あらゆる領域のスクリーニングに対応 お客様のご要望を詳細にお聞かせいただき、ご要望に沿ったアッセイ系を構築、運用してまいりました。16年間の実績の中で、製薬、

  • はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました - はてなの告知

    はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました 以下のエントリの通り、今年末を目処にはてなグループを終了予定である旨をお知らせしておりました。 2019年末を目処に、はてなグループの提供を終了する予定です - はてなグループ日記 このたび、正式に終了日を決定いたしましたので、以下の通りご確認ください。 終了日: 2020年1月31日(金) エクスポート希望申請期限:2020年1月31日(金) 終了日以降は、はてなグループの閲覧および投稿は行えません。日記のエクスポートが必要な方は以下の記事にしたがって手続きをしてください。 はてなグループに投稿された日記データのエクスポートについて - はてなグループ日記 ご利用のみなさまにはご迷惑をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。 2020-06-25 追記 はてなグループ日記のエクスポートデータは2020年2月28

    はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました - はてなの告知
  • Amazon.co.jp: 生命とは何か: 物理的にみた生細胞 (岩波文庫 青 946-1): シュレーディンガー (著), 岡小天 (翻訳), 鎮目恭夫 (翻訳): 本

    Amazon.co.jp: 生命とは何か: 物理的にみた生細胞 (岩波文庫 青 946-1): シュレーディンガー (著), 岡小天 (翻訳), 鎮目恭夫 (翻訳): 本
  • [PDF]サブトラクション法を使った組織特異的遺伝子の単離と構造解析

    hoxo_m
    hoxo_m 2013/01/21
    Subtractive Hybridization
  • 終止コドンをもたないノンストップmRNAの除去メカニズムを解明! | 特集記事 | Nature Careers | Nature Portfolio

    終止コドンをもたないノンストップmRNAの除去メカニズムを解明! 2012年6月14日 東北大学大学院 薬学研究科 稲田 利文 教授 ノンストップmRNAの末端で停滞したリボソームはDom34/Hbs1複合体によって解離されると、エキソソームによって速やかに分解される。 | 拡大する ヒトの遺伝子は2万ほどしかないが、ここから作られるタンパク質の種類は、その数十倍にも達する。遺伝子がいったんmRNAに転写あとで、mRNAの一部が切り取られたり、つなげられたりといった加工(スプライシング)がなされるためだ。数百種はあるとされるヒトの細胞が、それぞれの機能を果たせるのは、このように加工されたmRNAをもとに多種多様なタンパク質が合成されるからだといえる。このほど、東北大学大学院 薬学研究科の稲田利文 教授は、転写や加工の途中でエラーをおこした「異常なmRNA」に対し、分解をうながす新たなしくみ

    終止コドンをもたないノンストップmRNAの除去メカニズムを解明! | 特集記事 | Nature Careers | Nature Portfolio
    hoxo_m
    hoxo_m 2013/01/18
    ノンストップmRNA っていうのかー。おもしろい
  • バイオのきつい点を俺なりに考察すると

    バイオのきつい点を俺なりに考察すると、技術的な問題・バイオテクノロジーでしか作れないかと思われていたものが、あるいは同等の機能を有するものが化学合成ができてしまった。・大腸菌や酵母に作らせた蛋白が、天然物から精製ほど効かない例が多い。要するに有効成分が一つではなく、いくつかの微量成分の相互作用が重要だったり、アミノ酸配列だけでなく糖鎖の修飾が重要だったりで、結局大量生産にいきつけてない。厚労省、農水省の締めつけが凶悪・欧米のような巨大製薬企業がなく、開発環境が貧弱。しかし、厚労省が設ける安全性に関するハードルは世界でトップクラス。・農林水産省は既存の農業従事者の保護を最優先なので、希少価値を高めてブランディングしたいらしく、収量を飛躍的に伸ばすとか興味がない。収量が高まると価格が落ちるし、かと言って輸出できるほどの競争力はないし。・狭い国土で農業に競争力を与えるための唯一にして最終手段の「

    hoxo_m
    hoxo_m 2013/01/11
  • DIYbio

    DIYbio.org was founded in 2008 with the mission of establishing a vibrant, productive and safe community of DIY biologists.  Central to our mission is the belief that biotechnology and greater public understanding about it has the potential to benefit everyone. Join mailing list or facebook group DIYbiosphere  — take a journey through the sphere of DIYbio-related activities worldwide Find local gr

    DIYbio
  • 細胞分裂系譜図 - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ

    受精卵から卵割を繰り返してできる2分岐木を四分円域内に描くとしよう 四分扇の片方の露出半径は生殖細胞系列群で、次世代につながっていく # 卵割性代数 k <- 11 # ノードIDを世代別に格納 v.list <- list() v.list[[1]] <- c(1) # エッジは卵割の母-2娘細胞間 e.list <- NULL # 座標は極座標 # thetaは角度 theta.list <- list() theta.list[[1]] <- c(0) # 半径 rs <- (1:k)-1 # デカルト座標も xy <- matrix(c(0,0),ncol=2) # 出生前と出生後を色分け col.prebirth <- 2 col.postbirth <- 3 cols <- c(col.prebirth) # 出生世代指定変数 birth <- 6 for(i in 2:k){

    細胞分裂系譜図 - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ
    hoxo_m
    hoxo_m 2012/12/07
    おもしろい表現。
  • http://www.sciencef.com/app/PipetteGuide/index.html

    hoxo_m
    hoxo_m 2012/12/04
    この発想はなかったw
  • ひらく、ひらく「バイオの世界」 - 株式会社 化学同人

    豊富なイラストと写真を交えたQ&A形式で,最先端のバイオテクノロジーを中高生向けに平易に解説.これを読めば,DNA・ゲノム・バイオエタノール・iPS細胞などなど,ちょっと難しいバイオの言葉が,ぐんと身近に感じられる.日生物工学会設立90周年記念出版. 訂正表(1刷) Part1 バイオテクノロジーの基 Q.1 バイオテクノロジーって何だろう? Q.2 バイオではどんな生物を研究するの? Q.3 役に立つ生物をどうやって見つけるの? Q.4 細胞ってどんな役割をしているの? Q.5 DNAは体のどこにあるの? Q.6 アミノ酸ってどんな物質なの? Q.7 タンパク質にはいろいろな種類があるの? Q.8 体の中でタンパク質はどうやってつくられるの? Q.9 細胞の中でも化学反応が起こっているってホント? Q.10 タンパク質の形を変えられるってホント? Q.11 どうしてご飯をべなくちゃ

    ひらく、ひらく「バイオの世界」 - 株式会社 化学同人
    hoxo_m
    hoxo_m 2012/11/09
    うーむこれはちょっとほしい。
  • 生物種固有のはずの「16S rRNA」が異種生物のものと置換可能 - 産総研など

    産業技術総合研究所(産総研)は10月30日、大阪大学(阪大)の協力を得て、生物種に固有と考えられてきた「16SリボソーマルRNA(rRNA)遺伝子」を異種生物由来のものにより置き換えることが可能であることを発見したと発表した。 成果は、産総研 生物プロセス研究部門 合成生物工学研究グループの宮崎健太郎研究グループ長、同・安武義晃主任研究員、阪大大学院 情報科学研究科の北原圭研究員(前・産総研特別研究員)らの研究グループによるもの。研究の詳細な内容は、日時間10月30日付けで米国科学雑誌「米科学アカデミー紀要(PNAS)」にオンライン掲載された。 画像1。リボソーム30Sサブユニットの立体構造。リボソーム30Sサブユニットは、16S rRNA(緑)と21のタンパク質(白)から構成される超分子複合体だ リボソームは全生物が持つ細胞小器官であり、核酸にコードされた遺伝情報を機能(タンパク質)へ

    生物種固有のはずの「16S rRNA」が異種生物のものと置換可能 - 産総研など
    hoxo_m
    hoxo_m 2012/10/31