お花見メタゲノムプロジェクト powered by NGS現場の会 第四回研究会NGS現場の会 第四回研究会 全員参加型セッション企画 お花見メタゲノムプロジェクト 日本全国ソメイヨシノの花の細菌叢を、みんなで集めて、シーケンスして、みんなで解析します。 サンプリングから解析・成果発表まで、あなたも参加しませんか？ 全国各地から、サンプルの送付をいただきありがとうございました。 ただいまシーケンスを行っています。データの配布までしばらくお待ちください。 サンプル情報の登録についてはこちら
実験医学別冊：次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY
エピゲノム研究はもとより，医療現場から非モデル生物，生物資源まで各分野の「NGSの現場」が詰まった１冊．コツや条件検討方法などWET実験のポイントが，データ解析の具体的なコマンド例が，わかる！ Ⅰ 基礎編 1 NGSのアプリケーションと今後の展望【渡辺 亮／野宮 唯／北岡文美代／中村正裕】 2 NGSの試薬選択ガイド【渡辺 亮／田中 梓／北野優子／桑原順子】 3 現行機種の長所・短所とその選択【中村昇太】 4 NGS解析の要 品質管理の重要性と方法【樽井 寛】 5 NGSデータ解析に必要なコンピューティングの基礎【二階堂 愛】 Ⅱ プロトコール メディカル・クリニカルシークエンス 1 メンデル遺伝性疾患の原因遺伝子を解明する Exome-seq【鶴﨑美徳】 2 遺伝子診断 ターゲットキャプチャ【才津浩智】 3 アンプリコンシークエンスのためのプライマーを自在に設計する【熊井広哉】 4 がん
アセンブルの指標であるN50とNG50の違い - Wolfeyes Bioinformatics beta
今回は配列をアセンブルするときの指標に使うN50とNG50について少しまとめてみようと思う． 前置き アセンブリというのはシーケンサで得られる短い配列から元のゲノム配列を復元する作業のことで，例えるならば膨大な数のジグソーパズルを形を頼りに完成させるとか，シュレッダーに掛けられて短冊になった書類を元に戻す作業といえる．これだけ聞くと頑張ればできそうな気がするが，実際には使える情報はATGCの配列だけと非常に限られており，場所によっては同じ文字が延々と続く箇所があったり，時々文字が間違っていたりと，手作業では不可能に近いし何より計算機を使ったとしても非常に難しい．それに加えて，そもそも元あった状態である解答を誰も知らないので，結果が合っているかどうかも分からず，答え合わせ（評価）がしづらいということがある． このアセンブリの評価に関しては，Assemblathonというゲノムアセンブラの精度
Bioinformatics.fr
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Silva
Welcome to the SILVA rRNA database project A comprehensive on-line resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data. SILVA provides comprehensive, quality checked and regularly updated datasets of aligned small (16S/18S, SSU) and large subunit (23S/28S, LSU) ribosomal RNA (rRNA) sequences for all three domains of life (Bacteria, Archaea and Eukarya). SILVA are the official data
ラボを立ち上げます
ひさびさのブログ更新です。明日は年度の始めで忙しそうなので、今日書いておきます。 2013/03/31をもちまして理研CDBを退職しました。4/1からは埼玉県和光市にある、理研本所の情報基盤センターにて、バイオインフォマティクス研究開発ユニットという研究室をユニットリーダーとして主宰することになりました。 DNAシーケンスのデータ解析の手法、ソフトウェア、そして実験技術の開発を中心に研究を進めつつ、理研内外の実験生物学者と共同で生命科学の問題を解いていきます。また理研のバイオインフォマティクスをどのように支え、発展させていくかを考えることも求められています。みなさまのお力をお借りすることもあるかと思いますので、これからもどうぞよろしくお願い致します。 ラボの公式ウェブサイトは以下にあります。 独立行政法人 理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット
昔のDNAシーケンス法の思い出
Ｊｕｎ Ｙａｓｕｄａ @jyasuda1 久しぶりにツイートする。今日は爺臭く昔話など。私が研究の世界に入って今度の4月で満22年になる。最初にやっていたのがDNAシークエンスの実験だった。 Ｊｕｎ Ｙａｓｕｄａ @jyasuda1 （昔のシークエンス）当時はラジオアイソトープ標識によるサンガー法が主流で、いまだPCRも使用されていなかった。標識各種は32Pと35Sがあったがプロに愛好されていたのは35Sのほうである。その理由は35Sのほうがきれいに読めるからだ。 Ｊｕｎ Ｙａｓｕｄａ @jyasuda1 （昔のSeq2）今にして思えば32Pはエネルギーが強すぎてバンドが太くなったりとか、コントラストがつきすぎて薄いバンドを読むにはプライマーの近傍が読めないとかあったので、35Sのほうが良かったのだろう。昨日まで気管挿管とか心臓マッサージしかしてなかった私にはそんなことは想像外。
Volume 14 Issue 2 | Briefings in Bioinformatics | Oxford Academic
Briefings in Bioinformatics, Volume 14, Issue 2, March 2013, Pages 129–130, https://doi.org/10.1093/bib/bbt017
ウェビナーフォームオンリー
微生物ゲノムシリーズ： 「16S ribosomal RNA遺伝子から始める腸内細菌叢解析」 森永乳業株式会社 食品基盤研究所 生物機能研究部 小田巻 俊孝 博士
Introductory references for NGS newbies
I am often asked for a good NGS reference, or references that explain the technology used in next generation sequencing experiments. I have gathered together a list of my favourites over the past few years and thought readers of this blog might like to see what I'd recommend. I would be very interested to hear if you think I should include other references and if so why. General reviews: Applicati
Developments in next generation sequencing – a visualisation
With this post I present a figure I’ve been working on for a while now. With it, I try to summarise the developments in (next generation) sequencing, or at least a few aspects of it. I’ve been digging around the internet to find the throughput metrics for the different platforms since their first instrument version came out. I’ve summarised my findings in the table at the end of this post. Then, I
Phredクオリティスコア - Wikipedia
トレースデータとPhred クオリティスコア Phredクオリティスコアは、自動DNAシークエンシング用のプログラムPhredに用いられているベースコールのスコアである。 Phredクオリティスコアはトレースからベースコールを行う際に、各塩基に付けられる。DNAの塩基配列の品質を表す指標としてPhredクオリティスコアは広く普及しており、シークエンシング手法間での精度の比較などにも用いられている。 また、Phredクオリティスコアが非常に重要な役割を果たす用途としては、クオリティを利用した配列アセンブリングがある。 歴史[編集] クオリティスコアの考え方は元をたどればSCF形式までさかのぼることができる。SCFファイル形式はStadenのグループが1992年に考案したものである。[1] 1995年にBonfieldとStadenは、DNAシークエンシングプロジェクトにおいて塩基単位のクオリ
Lucy DNA sequence quality and vector trimming tool
Lucy DNA sequence quality and vector trimming tool Lucy was designed and written at The Institute for Genomic Research (TIGR, now the J. Craig Venter Institute), and it has been used here for several years to clean sequence data from automated DNA sequencers prior to sequence assembly and other downstream uses. The quality trimming portion of lucy makes use of phred quality scores, such as those
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phyloseq: An R Package for Reproducible Interactive Analysis and Graphics of Microbiome Census Data
What is better: NCBI (blast n) or Ribosomal Database Project for analysis sequencing 16S rDNA?
mothur website
ShotgunFunctionalizeR
Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample - PubMed
Amazon.co.jp: 次世代シークエンサー: 目的別アドバンストメソッド (細胞工学 別冊): 菅野純夫, 鈴木穣: 本
http://genaport.genaris.com/GOC_sequencer_post.php?eid=00067