短鎖脂肪酸(たんさしぼうさん、英: SCFA、Short-chain fatty acid)は炭素数6未満の脂肪酸(fatty acid)で、C1ギ酸、C2酢酸、C3プロピオン酸、C4イソ酪酸、C4酪酸(ブタン酸)、C5イソ吉草酸、C5吉草酸(ペンタン酸)、C52-メチル酪酸を指す[1][2]。炭素数4以上では構造異性体を生じるため、同じ炭素数で複数の脂肪酸が存在する。炭素数6のカプロン酸なども短鎖脂肪酸に含める場合がある。一方、炭素数1のギ酸は含めない場合もある。 短鎖脂肪酸は、塩(salt)の形で炭素代謝(carbon metabolism)の中間物質としてしばしば生成する。例えば、ギ酸(formic acid)は炭素数1の最小のカルボン酸であるが、その塩であるギ酸塩(formate)は、各種生体物質の間で一個の炭素を単体もしくはメチル基の形でやりとりする一炭素代謝(1C metabo