内閣官房、マイナポータル環境設定プログラムに脆弱性と公表、再インストール求める内閣官房は2017年1月20日、マイナポータル環境設定プログラムに「複数の特殊な条件下でご利用のPCにおいて不具合を起こす可能性のある脆弱性が発見された」と公表した。再度インストールを求めている（図）。 発表によると、1月20日17時に当該プログラムの修正をしたという。既にプログラムをインストールした場合、再度ダウンロードの上、インストールを求めている。 また、1月17日以降にマイナポータルへのログイン時などで「Java実行環境のアップデート」を促すメッセージが表示されることがあり、最新のJavaバージョンをインストールした場合にマイナポータルへログインができない事象があるという。この場合も、マイナポータル環境設定プログラムの再度のインストールで問題を解消できるという。
