BDGP: Splice Site Prediction by Neural Network
Please be patient--splice site prediction may take a while. Training set: Our training and test sets of human and Drosophila melanogaster splice sites are available to the community for testing splice site predictors. They can be obtained from our collection of representative, standardized data sets of human and D. melanogaster genes. Publication: Reese MG, Eeckman, FH, Kulp, D, Haussler, D, 1997.
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マイクロアレイ解析 | Thermo Fisher Scientific - JP
日本人に特化したApplied Biosystems™ Axiom™ ジャポニカアレイ🄬 NEO さまざまな人種に対応したAxiom PMDA Arrayなど 薬理ゲノミクス用Axiom PharmacoScan, PharmacoFocus Array SARS-CoV-2用ジェノタイピングアレイ Axiom Propel ワークフローソリューション 遺伝子発現解析 ジャポニカアレイ® は国立大学法人東北大学の登録商標です。 ジャポニカアレイ® NEO は、Life Technologies Corporation, part of Thermo Fisher Scientific Inc. が東北大学よりライセンスを受けて製造・販売しています。ジャポニカアレイ® NEO に搭載されている疾患関連 SNP マーカーはすべて研究用途です。
UCSC Genome Browser Home
Genome Browser - Interactively visualize genomic data BLAT - Rapidly align sequences to the genome In-Silico PCR - Rapidly align PCR primer pairs to the genome Table Browser - Download and filter data from the Genome Browser LiftOver - Convert genome coordinates between assemblies REST API - Returns data requested in JSON format Variant Annotation Integrator - Annotate genomic variants More tools.
Ensembl Homepage
Ensembl is a genome browser for vertebrate genomes that supports research in comparative genomics, evolution, sequence variation and transcriptional regulation. Ensembl annotate genes, computes multiple alignments, predicts regulatory function and collects disease data. Ensembl tools include BLAST, BLAT, BioMart and the Variant Effect Predictor (VEP) for all supported species. Ensembl Release 111
Web Promoter Scan Service
Function: Predicts Promoter regions based on scoring homologies with putative eukaryotic Pol II promoter sequences. The analysis is done using the PROSCAN Version 1.7 suite of programs developed by Dr. Dan Prestridge, Information on PROSCAN, including details on obtaining a copy, is maintained at the Advanced Biosciences Computing Center, University of Minnesota. A DNA sequence is all that needs
MethPrimer | Tools and Databases | The Li Lab
Peking Union Medical College Hospital (PUMCH), Chinese Academy of Medical Sciences Welcome to MethPrimer! MethPrimer is a program for designing bisulfite-conversion-based Methylation PCR Primers. Currently, it can design primers for two types of bisulfite PCR: 1) Methylation-Specific PCR (MSP) and 2) Bisulfite-Sequencing PCR (BSP) or Bisulfite-Restriction PCR. MethPrimer can also predict CpG islan
プライマーのＴｍ値
ようこそ。Ｔｍ値の計算のところへ。 オリゴヌクレオチドのＴｍ値の推定には微妙に違う色々な式があります。ここでは、"Current Protocols in Melecular Biology"に準拠した式で行ないます。 Ｔｍ(℃)=81.5+16.6*log[S]+0.41*(%GC)-(500/n) ...(1) [S] ：塩のモル数 (%GC) ：オリゴヌクレオチド中のＧＣ含量（％） n ：オリゴヌクレオチドの長さ(pb) 塩濃度[S]は通常Na+イオンのモル濃度を差すがＰＣＲ反応液の場合次のルールで計算する。 １）Ｋ+イオンはそのまま加算する。 ２）Trisイオンは0.65倍して加算する。 ３）Mg2+イオンは計算に入れない。 以下の表にあげた標準的なＰＣＲバッファーの塩濃度は 50mM KCl 10mM
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