博士の学位を取得しました。 - Yasuo Tabeiの日記
9月に博士の学位を取得しました。審査を担当してくださった先生方、ありがとうございました。 テーマは、RNAの構造アライメントアルゴリズムです。アライメントとは、配列の類似度を測る手法のことで、類似した配列発見や進化の解析などでバイオインフォマティクスでは必要不可欠な技術です。過去に提案されたRNAのアライメントアルゴリズムにSankoffのアルゴリズムがありましたが、O(n^6)の時間とO(n^4)のメモリーが必要で実用には耐えられませんでした。そこで、修士課程の時に、ステムの比較による高速かつ高精度な構造アライメントアルゴリズムを提案したのですが、博士課程では、それをマルチプルアライメント手法（複数本の配列を同時に比較する手法）とローカルマルチプルアライメント手法（局所的に保存されたRNAをアライメントに基づき発見する手法）へと拡張しました。そこでは、条件付き確率場などの機械学習法を使っ
Preferred Infrastructure(PFI)のインターンに参加してきました。 - Yasuo Tabeiの日記
8月と9月の二ヶ月間, Preferred Infrastructure(略してPFI)のインターンに参加してきました。 PFIは、主に情報検索やレコメンデーションソフトウェアーを開発しているベンチャー企業です。PFIについては、http://preferred.jp/index.htmlを参照してください。 7月の終わりにインターンの募集があります。インターンに応募すると、まず書類選考があり、それに通過すると面接があります。面接時間は約30分で、２つの問題が出題されます。今年は、以下の問題が出題されました。 １．現在の情報検索のランキングについて調べて、その利点と欠点を述べよ。 ２. 整数の集合を格納するデーター構造、及び、検索アルゴリズムを記述せよ。 1に関しては、事前に出題(といっても5日ぐらい前)されます。2に関しては、その場で出題しその場で解きます。問題からわかるとおり、面接では
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