wat-arrayでラクラク実装☆FM-Indexの作り方 - EchizenBlog-Zwei
というわけで大変便利なライブラリwat-arrayを使ってFM-Indexを簡単に実装してみるよ。本格的なライブラリは既にFM-Index++という良いものがあるので、本記事では仕組みの解説を目的とする。 参考資料: FM-index++を公開しました - tb_yasuの日記 An alphabet-friendly FM-index (P. Ferragina, G. Manzini, V. Makinen, G. Navarro, 2004) なお、本記事では前回の記事で実装した(ってほどでもないけど)text2bwt()とLF()を使っている。 話題のwat-arrayを使ってBurrows-Wheeler変換(BWT)してみた - EchizenBlog-Zwei 今回もテキストとしてmississippi#を使う。まずテキストから任意のキーの出現回数を得る関数get_rows(
FM-index++を公開しました - Yasuo Tabeiの日記
FM-indexのC++による実装 FM-index++を公開しました。 http://code.google.com/p/fmindex-plus-plus/ FM-index[1〜4]とは、圧縮全文索引の一種でO(n)時間とO(nlgσ)メモリー(n:テキスト長、σ:文字種類数)で構築することができます。最近では、テキスト処理ばかりでなくゲノム検索[5]など、いろいろなところで応用されています。今回は、クエリーに対する検索操作の内、exact検索、ハミング距離による検索、編集距離による検索の３つを実装しました。それぞれの計算時間は、qがクエリーの長さとすると、exact検索がO(q)時間、 ハミング距離による検索がO(q^σ)時間、編集距離による検索がO((q \times q)^σ)時間です。よって、４文字種のDNAや２０文字種のタンパク質など、文字種類数が少ない対象にはハミング距離
中学生にもわかるウェーブレット行列 - アスペ日記
id:echizen_tm さんの記事「ウェーブレット木の効率的で簡単な実装 "The Wavelet Matrix"」から始まったウェーブレット行列ブームから半年以上が過ぎ、すでに枯れた技術として確立されつつある感があります。 …嘘です。 日本以外ではあんまり来ていません。 理由としては、やはりアルファベット圏では単語境界が明確であるため、こちらの記事で書かれているような「キーワード分割の難易度」といったことがあまり問題にならないということがあるかもしれません。 まあ、そういうわけで局所的に来ているウェーブレット行列ですが、日本語をはじめとする単語境界のない言語圏にとっては重要なネタであると思うため、解説記事を書き直して*1みようと思います。 ウェーブレット行列でできること 主となる操作は、文字列に対する 定数時間の rank() と select()*2 です。 rank() は、「文
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