大抵のCRISPR座位には、cas遺伝子群、先行配列、リピート・スペーサー列の3要素が存在している。しかしその順序はここに示したとおりとは限らない[40][41]。また、CRISPR-Casシステムを構成するCasタンパク質群の種類や、作用機序の違いに応じてI型、II型、III型に大きく分類され、各CRISPR-Casシステムはそれぞれいくつかのサブタイプに分類される[42]。 リピートとスペーサー[編集] CRISPRリピートの要素は24から48塩基対で[43]通常は回文配列を含み、stem-loopヘアピン構造を形成する[44]。このリピート要素の間に似たような長さのスペーサーが介在している[43]。スペーサーの配列はプラスミドやファージの持つ配列と同一であったり[8][9][10]、あるいは自身のゲノム中の配列と同一(self-targeting spacers)であったりする[45
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