広島県佐伯郡(現・廿日市市)で父・友七と母・トヨの間に生まれる(生家は厳島神社神主職を務めた佐伯氏の流れをくむとされる)。長じて上京し東京専門学校(現・早稲田大学)に入学して英文科(法律科とする説もある)に学び、1890年(明治23年)に卒業した。この間、19歳の時英国聖公会の東京築地の聖パウロ教会で洗礼を受けキリスト教徒となった[1]。卒業後、1893年アメリカに渡航したのち、当時英領であったカナダに移りトロント大学で言語学を専攻して英語・古典語の習得につとめ1895年卒業した。 翌1896年に帰国した佐伯は、母校・東京専門学校および和仏法律学校(現・法政大学)などの英語科に出講し、正宗白鳥らの学生を教えた。その後彼は矢田部良吉に認められ、1897年春、高等師範学校(現・筑波大学)に招かれ講師となった[1]。しかし1899年9月に同校を辞職し、かねてから尊敬していた内村鑑三が校長を務める