1999年(平成11年) 3月22日:能登半島沖不審船事件発生。護衛艦「みょうこう」の航海長の伊藤祐靖の下に臨時の臨検部隊が編成されるも臨検は実施されず。この教訓を契機に海上自衛隊が特殊部隊創設を決定する。 12月:横須賀基地内に編成準備室が発足する。 2000年(平成12年) 2月~3月:江田島第1術科学校にて、前年に選抜された基幹要員が招聘したイギリス海兵隊の特殊舟艇部隊(SBS)教官から基礎訓練を受ける。 2001年(平成13年) 3月27日:江田島基地において開隊。 6月20日より約1ヶ月間、江田島にてアメリカ海軍ネイビーシールズの特殊戦グループ1(NSWG-1)から訓練を受ける。 12月22日:奄美沖で九州南西海域工作船事件発生。日本国政府から出動待機命令発令。出動体制に入るが、その前に不審船が自沈した為、初出動にはならなかった。 2004年(平成16年) 整備担当課である海上幕