Markov Cluster Algorithm (MCL) - kwakita’s diary
Stein van Dongenの博士論文("Graph clustering by flow simulation")をぱらぱらと読んでいます。この論文のテーマは有向グラフをクラスタリングすることです。"Markov Clustering"の名称の由来は、グラフからクラスターを発見するのに、グラフ上のランダムウォークを利用したときに、グラフ上の遷移をMarkov過程としてモデルできるからです。グラフ上のランダムウォークとは、適当にノードを選択し、そこからエッジを無作為に選んで隣接するノードに向う移動を繰り返すことです。ランダムウォークを無限に繰り返したときに各ノードを訪問する遷移確率を利用してグラフからクラスターを発見するようです。 MCLの計算量はO(Nk2)です。ここでNはノード数、kはノードの平均次数。たぶん、O(Nk)の項は行列積を一回計算するのに必要な計算量で残ったO(k)は?
時系列イベント発見のための グラフクラスタリング手法の提案
情報処理学会論文誌 Vol. 49 No. 6 1942–1953 (June 2008) objects which consist of interactions as nodes. Our target is the graphs where weights associated with links are changeable while, on the contrary, the targets of conventional clustering methods are those where weights are fixed. In short, proposed method can divide those graphs whose weights can be defined as time functions into some subgraphs accor
Link Analysis and Related Topics - Home
2008年度 先端情報科学特論 II & IV リンク解析と周辺の話題 担当 新保 仁 shimbo@is.naist.jp 日時 2008/11/10, 11/17, 12/1, 12/8 (全 4 回) - 4限 15:10-16:40 場所 情報棟 L3 講義室 リンク解析は, グラフ (ネットワーク) データの構造から有用な情報を抽出するための, データマイニングの一研究分野です. この講義ではまず, リンク解析が取り扱う 2 種類の尺度 (重要度と関連度) について述べ, それぞれの代表的な計算手法を紹介します. 後半では, 近年機械学習分野で盛んに研究されているカーネルのうち, グラフ上の節点に対して定義されたカーネル (グラフカーネル) と, そのリンク解析への応用について紹介します. 第1回 11月10日 スライド 第2回 11月17日 スライド 第3回 12月1日
Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization
NRNB and Cytoscape Introduction to the National Resource for Network Biology How to Cite Cytoscape Cytoscape project needs your support! Please cite the original Cytoscape paper when you use Cytoscape. This is critical to sustaining our federal funding. Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, Amin N, Schwikowski B, Ideker T. Cytoscape: a software environment for integrated mod
Graphviz
Please join the Graphviz forum to ask questions and discuss Graphviz. What is Graphviz? Graphviz is open source graph visualization software. Graph visualization is a way of representing structural information as diagrams of abstract graphs and networks. It has important applications in networking, bioinformatics, software engineering, database and web design, machine learning, and in visual inter
Introduction to Information Retrieval
This is the companion website for the following book. Christopher D. Manning, Prabhakar Raghavan and Hinrich Schütze, Introduction to Information Retrieval, Cambridge University Press. 2008. You can order this book at CUP, at your local bookstore or on the internet. The best search term to use is the ISBN: 0521865719. The book aims to provide a modern approach to information retrieval from a co
Interactive Visualization of Large Graphs and Networks
Tamara Munzner Ph.D. dissertation, Stanford University, June 2000. Abstract Figures Table of Contents Printable Version Videos Software Related Papers Abstract Many real-world domains can be represented as large node-link graphs: backbone Internet routers connect with 70,000 other hosts, mid-sized Web servers handle between 20,000 and 200,000 hyperlinked documents, and dictionaries contain million
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世界の地下鉄網は「同じ形」：ネットワーク分析で判明
MCL - a cluster algorithm for graphs
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Robert Hanneman's Homepage
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遺伝子・タンパク質ネットワーク・グラフィカル表現の国際標準化
https://www.upriss.org.uk/fca/fca.html