医療統計で使える８つのソフトの特徴と違いとは？比較しました【フリーソフトもどうぞ】
医療統計を実行するための８つのソフトを比較しました医療統計では統計解析を行う必要があります。 統計解析自体は、ソフトを使うことで、手軽に行うことが可能です。 医療統計用では、無料のものから有料のものまで、様々なソフトが使えます。 EZR(Easy R)StatMate（エクセル）SPSSStataJMPR, BUGSSASStatViewといったものがございます。 以下では、これらについてまとめていきたいと思います。 (1), EZR『EZR(Easy R)』は、自治医科大附属さいたま医療センターで管理されるフリーソフトです。 EZR(Easy R) は、フリーの統計解析ソフトの「Ｒ」を母体として、 マウスでポチポチしながら操作するための「Ｒコマンダー」に加え、 医療分野で必要となる統計解析を加えた、 初学者でもつまずかない フリーの医療用統計解析ソフトとなっています。 より詳しい内容につ
Rで学ぶ離散選択モデル
25. • 選択行動を決めた要因は観測要因xと非観測要因εに分け られる • h(x, ε) とはx, εを与えることで選択行動y(実現値)を決 定する関数とする • ただし、非観測要因は観測できないので、代わりに確率 変数を用いて表現する • y = h(x, ε) が成り立つ場合に1、成り立たない場合には 0を返す指示関数Iを利用すると 1. 離散選択モデルの導入 離散選択モデルの導入 26. • 選択行動を決めた要因は観測要因xと非観測要因εに分け られる • h(x, ε) とはx, εを与えることで選択行動y(実現値)を決 定する関数とする • ただし、非観測要因は観測できないので、代わりに確率 変数を用いて表現する • y = h(x, ε) が成り立つ場合に1、成り立たない場合には 0を返す指示関数Iを利用すると 1. 離散選択モデルの導入 離散選択モデルの導入 27. •
TeraPad で R を実行する - hiratake55 の作業メモ
今週末は Tsukuba.R #5 ですね。 R 使いにはなぜか Mac 信者が多い気がしますが、Windows ユーザだからといって遠慮する必要は全くありません。 確かに、Windows では、ESS も quickrun.vim も使えず不便です。しかしそれは、TeraPad から R を実行することで解決できるかもしれません。 1.「ツール」→「ツールの設定」 2.「追加」をクリック 3.下のように入力 「名前(N)」 適当に入力 「実行ファイル(E)」 「cmd /K C:\"Program Files"\R\R-2.9.0\bin\R.exe LANG=C」*バージョンに注意 「コマンドラインパラメータ(C)」 「--slave --vanilla < %f&pause&exit」 「作業フォルダ(D)」 グラフやデータが保存される場所。「D:\」や「C:\Users\Owner
Emacs で R 言語を利用するための設定メモ (ESS)
はじめに# 最近, 統計学と R 言語をさわり始めた. なぜなら, 本屋にいくとビッグデータやら, データマイニングやら, データサイエンティストやら, そんな単語がポンポン目に入るから. ということで, まずは Emacs で R 言語を快適に利用するための設定をしてみた. もちろん, RStudio なんて便利なものは知っているがね. ESS# Emacs を統計用 IDE にするツール. デファクトスタンダードと言えよう. Official: ESS - Emacs Speaks Statistics github: https://github.com/emacs-ess/ESS メチャクチャ詳しい: ESS - RjpWiki EmacsWiki: Emacs Speaks Statistics ESS で快適 R ライフ ~設定編~(2012 年度版) - あらびき日記 ESS
Rを使った季節変動の分析
こんにちは。リブセンスの谷村です。 今回は、KPI等の時系列値から、Rを使って季節変動を簡単に調べる方法を紹介したいと思います。 弊社の場合、例えばアルバイト求人サイトのジョブセンスでは、1年の中でも新生活が始まる春にアルバイトの応募者数が増加するなど、季節による変動があります。 このため応募者数の変化を調べる際には、前月比だけではなく、前年同月比などの数字を利用しますが、ここでさらに、応募数が季節によってどれくらい変動するのか把握出来ていると、より考察の幅が広がります。 以下、Google Trendsのデータを例として説明させていただきますが、応募者数の場合も同じ方法で分析しています。まずGoogle Trendsで、検索キーワード「バイト」の2007年以降のトレンドをダウンロードしました。 ダウンロードしたデータでは不要な行が含まれていますので、時系列データ以外の行を削って下さい。
R-Source
apply() ファミリー 関数 apply() ファミリーには apply(), mapply(), lapply(), sapply(), tapply() が用意されている．一つの関数を複数のオブジェクトに適用して得られた結果をベクトルや行列，リストとして一括で返す．例えば m × n 行列 X の全ての要素に 1 を足す場合，R では繰り返し文 (for や while) を使わなくても X <- X+1 で手軽かつ高速に実現できるが，この apply() ファミリーに属する関数の機能もこれに似ている．すなわち，C や JAVA ならば複数オブジェクトを個別に与えて繰り返し文で回さなければいけないような場面でも，apply() ファミリーの関数を使えば簡潔な記述で高速に計算できる場面が出てくるということである．
Rで統計: *.Rソースファイルの読み込みと実行 – source()関数
これまでの例は数行のコマンドでしたのでプロンプトに直接を打っていましたが、何十行というロジックをプロンプトに順々に打っていくのは非効率です。今回は、予め外部のテキストファイルにソースコードを書き、そのファイルをプロンプトから呼び出す手順を次の例で示します。 以下のソースコードを拡張子Rのテキストファイルで保存し、プロンプトから読み込んで実行してみましょう。 test.R batting2007 <- c(193, 204, 172, 177, 175, 155, 122, 118, 120, 139) print(batting2007) このテキストファイルを作業ディレクトリにおきます。なお、作業ディレクトリの設定方法はこちらをご覧ください。→作業ディレクトリの設定と確認 - setwd()、getwd()関数 プロンプト > source("test.R") [1] 193 204 1
RESAS-APIをRで使ってみる - Qiita
RESASのRESAS-APIをPythonやRubyなどでテストした記事はあったがRでの記事がなかったので、基本的な使い方だけだが記述してみる。 c.f. 地域経済分析システム（RESAS：リーサス） API を使ってみる（１） RESAS-APIからRubyで都道府県の情報を取得してみる データの取得からデータフレームにするまで まず、都道府県一覧を取得してみる library(RCurl) library(rjson) url<-'https://opendata.resas-portal.go.jp/' api<-'api/v1-rc.1/prefectures' api.key<-'XXXXXX' #←RESAS APIサイトに登録し取得したAPI-KEY getdata.json<-getURL(paste(url, api, sep = ''), httpheader = p
マイクロソフトが「Microsoft R Server」を公開
米マイクロソフトがビッグデータ解析プラットフォーム「Microsoft R Server」（正式名称は「Revolution R Enterprise」、略称はRRE）のダウンロード提供を開始している学生、教員、および教育機関はDreamSpark経由でダウンロードできる。2016年1月6日（英国時間）、英マイクロソフトのテクニカルエバンジェリスト Lee Stott氏が公式ブログで情報を発信している。 Microsoft R Serverは、同社が買収したRevolution Analyticsの統計用オープンソースソフトウェア「R」のエンタープライズ版。R言語のソースコードをクラスタ並列処理で実行でき、探査型データ解析（Exploratory Data Analysis：EDA）、モデル構築などの多様な解析機能を備える。 同プラットフォームが稼働する環境は以下の通り。 Windows
因子Tips大全 - RjpWiki
因子 Tips 大全 前置き：初級Q&Aでデータフレーム中の因子変数の件で悩まれていた方がいらしたので、関連知識をまとめてみました。確かに、因子は実体とその見掛けの表現が異なるという意味で、困惑させられる概念です。要するに、表と同じく値が同じケースをグループ（カテゴリー）化するわけですが、各グループの代表値が水準集合で別個に保管・表現されているわけです。 Rの因子(factor)は整数値ベクトルの一種類と考えられるが，その真の値は対応する水準ベクトル(文字列ベクトルです)に より間接的に表現される．結果として、同じ値を持つケースがグループ化されるとともに、大きなサイズの文字列変数の保管メモリを少なくする効果もある。データフレーム中の文字列変数は原則因子として扱われる． 因子は統計モデル関数で特に重要(help(contrasts)参照)になる． ベクトルを因子にする factor()† 関
53. グラフィックスパラメータ（弐） - R-Source
グラフィックスパラメータの一時的変更 この節で紹介するグラフィックスパラメータは，関数 par() で設定することが出来るし，関数 plot() や多くの高水準作図関数の引数としてグラフィックスパラメータを設定することも出来る．例えばプロット点の形を指定するパラメータ pch に関しては，以下の 2 通りの設定方法を用いることが出来る．ただし，関数 par() で設定した場合は，設定した後はもう一度パラメータ値を変更するまではそのままの設定値が使われるが，作図関数の引数としてグラフィックスパラメータを設定した場合は，そのときの作図の場合のみ設定値が使われる (それ以後は直前までの設定値が使われる) ． plot(1:10, pch="+") # 一時的にプロット点の形を "+" に変更する par(pch="+") # これ以後，プロット点の形をずっと "+" に変更する plot(1:1
R の merge 関数は結合キーを複数指定できる - Qiita
特に業務でのデータ解析なのでは，別々のデータを結合することが多い． たとえば，ユーザの属性データと行動データを結合して，デモグラ分析をするなどが典型的である． 個人的にいつも忘れてしまうのが，R の merge 関数の結合キーに複数指定できるということである． これはリファレンスにも書いてあるのだが，ついつい忘れてしまうのでメモとして記事を書く． データフレーム data.frame.x とデータフレーム data.frame.y のカラム clm1, clm2 の２つで結合したいときはつぎのようになる． 更に複数指定したいときは，by.x, by.y のベクトルにカラム名を追加するだけである． merge(x=data.frame.x, y=data.frame.y , by.x=c("clm1", "clm2") , by.y=c("clm1", "clm2") )
Rで地理空間データ分析（１）～ 拡張子shpのシェープ形式ファイルを読み込んで、地図に属性値情報を重ねて描画 - Qiita
地理空間データのファイル形式について 地理空間データのファイルには、いくつかのファイル形式があります 代表的なものの１つに、拡張子 .shp のシェープ（ shape ）形式ファイルがあります。 有名な地理空間データ解析ソフト（商用製品） ArcGIS を開発した ESRI 社が開発したファイル形式で、同社ウェブサイトを含めて、国土地理院 や 国立環境研究所 など、多くの官公庁・会社・団体のウェブサイトから、日本や世界各国の自治体境界線付き地理データファイルなどが、無料でダウンロードできます （リンク） RWiki 解説ページ シェープファイル（ESRI Shapefile）は、ESRI社の提唱した、公開されたベクタデータの業界標準フォーマットです。 ESRI・ERDAS製品はもちろん、多くのGISソフトウェアで利用が可能です。 しかし、無料のソフトを用いてシェープファイルの編集・加工をす
RgoogleMapsを使った放射線地図
RgoogleMaps はGoogle MapsをRから使うためのパッケージです。 options(repos="http://cran.ism.ac.jp") # 適当にCRANミラーを指定 update.packages() # 念のため install.packages("RgoogleMaps") # RgoogleMapsをインストール install.packages("RColorBrewer") # RColorBrewerをインストール Googleのスタティックな地図を取得する関数 GetMap() で言語指定するための hl オプションが壊れているので修正した GetMap.R を置いておきます。作者には連絡済みで，次のバージョンでは直るはずです。 @nnistar さんのまとめられた福島県のデータを全部取得して放射線地図を描いてみましょう。CSVで取得したら一つにつ
RでGoogle Mapsを使う - Qiita
Google Mapsから取得した静的な地図の画像上にRからプロットを重ねる方法を紹介します。 以下のライブラリを使います。 RgoogleMaps http://cran.r-project.org/web/packages/RgoogleMaps/index.html RgoogleMapsはR上でGoogle mapサービスを利用できる便利ライブラリです。 マニュアルはこちら http://cran.r-project.org/web/packages/RgoogleMaps/RgoogleMaps.pdf #install.packages("RgoogleMaps",dep = TRUE) # 初めての時はライブラリをダウンロードする library(RgoogleMaps) zoom<-14 #地図の倍率指定。大きいほど地図が拡大されます map = GetMap(c(lat
テキストマイニングの基礎
〜準備編〜 まずRをインストールしておくこと（不慣れな人は丁寧に解説したRインストールのページを参照のこと）。 Rでテキストマイニングをするために石田基広氏のウェブサイトよりRMeCab_0.90.zipというファイルをダウンロードする。ファイル名は変更されるかもしれないし、0.90というバージョンも変わるかもしれないので最新のものをダウンロードすること。なおダウンロードされた.zipファイル（圧縮されたファイル）は解凍する必要がなく、.zipファイルをそのまま適当なディレクトリ（フォルダ）に置いておけばよい。 Rのワークディレクトリ（getwd()とコマンドすれば確認できる）に、例えばzip_packagesという名前のフォルダを作成しておき、その中に保存しておくと分かりやすいだろう。 〜R上での準備〜 R上でRMeCabを利用するためには [パッケージ] -> [ローカルにあるzipフ
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R による文書分類入門 & KNB コーパスの文書分類 - あらびき日記