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この記事はPerl Advent Calendar 2017の14日目の記事です。 先月始めにアドベントカレンダーを知ったのですが、どの記事も面白くてためになりますね！ その流れをぶった切って、Bio::Perlの苦い経験を書いてみました。 序盤の文章は、ほぼPerlと関係ありません。 ニッチな分野でにっちもさっちも行かなかった、消化不良な結果であることをご了承ください。 解決策がもらえると嬉しいです！ 始めに 現在、バイオインフォマティクス1という名のもとに、Ensembl2から取得したラットの塩基配列3のうち、snoRNA4群をNCBI5のサイト6でブラスト7しています。 今回は、ブラスト対象、被ブラスト対象がどちらもラットの塩基配列8でなければなりません（重要）。 この全自動化を試してみました。 理想郷 PlantUML文 以下、各アクションについて説明します。 1. Ensembl

Perl入学式 Advent Calendar 2017 > 12日目 年度が変わるとまた最初の資料に戻って新しい受講生を集めるPerl入学式のカリキュラムですが、運営側でたびたび議論をしてその内容に加除が発生することがあります。 今回は、2016年度にまるまる1回分の講義を無くして全5回にした時のお話。 全6回が全5回に Perl入学式が大阪で始まった2012年度の年間12回カリキュラムは例外的・実験的としつつも、その次年度2013年度から「隔月1回、全6回、1年間を通して学ぶ」というスタイルに落ち着きました。 このころは全6回だったのですが、2016年度に全5回となり、今に至ります。 このときはまるまる1回分の講義を無くしたのですが、それが当時の全6回のうちの「第5回」にあたる「モジュール／テスト編」の回でした。 ただ、2015年度は移行期間として、2014年度まで「第5回」で行ってい

この記事はPerl Advent Calendar 2017の11日目の記事です。 昨日はtsucchiさんのMinion についてでした。Minionはv8からadmin uiが付属するようになったらしいので使わねばと思っていたところでした。 さて今日は、先日僕がメンテナになりリリースしたMouseとText::Xslateについて なぜメンテナになりリリースしようと思ったか どういう変更をしたか を書きたいと思います。 なぜメンテナになりリリースしようと思ったか MouseはShawn M Mooreさん作のPerl5に本格的なオブジェクト指向プログラミングを導入するものです。 Text::Xslateはgfxさん作の高速なtemplateエンジンです。 この２つのモジュールはどちらも広く使われていて、Perl5が今後も実用的な言語であるためにはなくてはならないものです。一方でオリジナ

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こんちゃす。sironekotoroです。 このエントリは Perl入学式 Advent Calendar 2017 - Qiita 9日目のエントリが空いてたので、こそっと入れました。 さっき12月10日のアドベントカレンダー見たら perlを学ぶと彼女ができると教えてくれたので受講しました。 まじか沖縄行く ではなく、 perl入学式も中盤になったところからperlの参考書どれ買ったらいいのか、と考えていたとき とあり、そういえば、サポーターとしてお手伝いしてたPerl入学式 東京2017（上期）でも同じような質問があったなぁ、ということで、ここに個人的なオススメ本を紹介します。 重要開示 私はオライリーの「初めてのPerl」に挫折してます（3回くらい） 第5版を本で書い、挫折し、そのあと他の本で修行を積み、電子版で第6版を書って読破（というのか？）しました 以下で紹介するのは「はじめ

この記事は 「DeNA IPプラットフォーム事業部 Advent Calendar 2017」 11日目の記事です。 こんにちは。 @kaneU です。 マンガボックスという、スマホ向け電子書籍サービスのサーバーサイド/フロントエンドの担当をしています。 実はマンガボックスは、最近12月4日でサービス開始から4周年を迎えることができました。 ありがたやありがたや はじめに 深層学習や機械学習に関する記事や書籍を読むと、Pythonを使ったものが多いかと思います。 Python周りのライブラリの充実度を考えるとこのような流れは当然なのですが、 ここで僕は思うわけです。 「Pythonで出来て、Perlで出来ないわけはない！」 と。 実際、PerlにもPDLというNumPyに相当するモジュールが存在しています。 ちょこっと使う分にとても便利だし、もっと知られてほしいなと思っていたりします。 そ

Movable Typeで、バージョンアップをしたときや、新しいプラグインを追加したときに「Can't locate parent.pm in @INC...」というエラーが表示され、動作しなくなることがあります。 これは、Movable Typeコアもしくは追加したプラグインで利用する前提となっているPerlモジュール、「parent.pm」が利用中のサーバーに設置されていないことにより発生するものです。 Can't locate parent.pm in @INC (@INC contains: /home/path/to/movabletype/mt/plugins/mixiComment/lib /home/path/to/movabletype/mt/plugins/spamlookup/lib /home/path/to/movabletype/mt/plugins/Widge

この記事はPerl Advent Calendar 2017の8日目の記事です。 昨日は @masakyst さんでCarmelとcpmでした。cpm使っております！　Carmelも今度使ってみよっと。 はい、どうも、Perlは古臭いなんて言わせないの会の会員のマコピーです。 宣伝 12月末に発売されるWEB+DB Press vol.102のPerl Hackers Hubを担当させていただきました。内容はゲーム開発の話なんですが、その過程で生まれたモジュールであるTest::MasterData::Declareについてここで紹介させていただきます。 Test::MasterData::Declareとは Test::MasteData::Declare - metacpan Test::MasterData::DeclareはRDBMSや表計算ソフトのような行指向データ構造(と言いつ

Perl入学式 Advent Calendar 2017 > 8日目 2012年から開始されたPerl入学式ですが、最初の数年間の模索期間を経て、ここ1〜2年は運営フローもだいぶスムーズになりました。今回は「普段どんな感じで運営作業をしているの？」というお話です。 ツールのご紹介 今はだいたい以下のツールに落ち着いています。 チャット：Slack タスク管理：GitHub Issue 資料作成：GitHub Repository + Markdown ウェブサイト運用：GitHub Page その他：Google Drive 最近のIT業界やITコミュニティでもよく見るラインナップです。 以前使っていたツール ここに至るまで変遷があったツールもあります。 チャット：Lingr → Idobata → Slack（イマココ） タスク管理：Cybozu Live → GitHub Issue（

この記事は Perl Advent Calendar 2017 の7日目です。 6日は songmuさんによる、 えるしっているか、Lは便利 でした。 今日は、新しいCPANのモジュールマネージャー周りのお話をしたいと思います。 Perlでプロジェクト/ツールの開発をしよう！　という時に、モジュールマネージャー Carton を使われる場合が多いのではないでしょうか。 しかし、Perlでプログラムを書いていくと、依存するCPANモジュールが数百個...というのはよくある事で、プロジェクト作成毎に、数百のモジュールインストールを待つには人生は短すぎる、、、そう思われている方も多い事でしょう。 そんな時は、もう一つのモジュールマネージャー Carmel の出番です！ Carmelとは Cartonと同じ作者である、Tatsuhiko Miyagawaさんが開発されている新しいモジュールマネージ

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rand の返り値を固定してあげて、テストしたい時などに行う Perl の built-in 関数の上書きについて書いてみます 前置き まずは簡単な上書きの例を紹介してみます 重み付け抽選をしてくれる Data::WeightedRoundRobin を使うコードのテストを見てみます 次のコードは、rand を 1 で固定しているので、常に抽選結果はbar になります BEGIN { *CORE::GLOBAL::rand = sub { 1 } } use Test::More; use Data::WeightedRoundRobin; my $dwr = Data::WeightedRoundRobin->new([qw/foo bar/]); is $dwr->next, 'bar' for 0..10; # 何回回したって平気..!! done_testing;

2017年4月から12月に開催された「Perl入学式 in札幌」(全5回)に参加しました。 参加した動機 元々はいろいろやってたPHPプログラマでしたが１年近く入院しててブランクも長くなってしまって、社会復帰するのになにか新しい事をしたいと思っていたおりにPerl入学式が札幌でも開催されるとツイートを見て参加を決めました。 あと昔CMSKitというCMSを開発してた会社にいて、そこはPerlでも開発だったのですがデバッグを担当していてソースは一切触って無くて、いつかPerlを覚えたいと思っていたというのもあります。 内容 第1回の環境構築、第2回の構文基礎、第3回の配列/ハッシュ、第4回のサブルーチン/正規表現、第5回のWebアプリと、環境構築からフレームワークを使った簡単なWebアプリの制作まで基礎から順を追って学びました。 感想 テキストが整備されており、講師の方々の説明が分かりやすか

useの使い方がすんなり頭に入ってきます。レガシー！と言われるPerlなのに新しい言語で同じような記法を見つけるとなんだか嬉しいやら感慨深いやら不思議な気持ちになりました。 話はこれだけなのですが、小ネタすぎるのでuseに絡めて、import/exportネタでも。 （以下完全にElixirネタ） importディレクティブ Elixirにはimportディレクティブというのがありまして、指定モジュールのpublic関数にアクセスできるようになります。 importは名前どおり、Perl定番のExporterとは真逆のものです。 Exporterはライブラリ側が何をexportするのかを指定していましたが、importはライブラリを読み込む側が使うものになります。

Perl入学式 Advent Calendar 2017 > 5日目 2017年も Perl入学式 で様々な試みをしました。その一つがシーサー株式会社さん（以下シーサーさん）で行った「企業出張版」です。 企業とPerl入学式 全国各拠点のPerl入学式は以下のフォーマットで行っています。 無料 2016年度からは connpass を使ってオープンに受講生を募集している（大阪、東京、沖縄、札幌） 毎月1回、全5回（2015年度まで全6回） だいたい土曜日の午後行われる 「勤め先でPerlを書くことになったので受講しに来た」という方も結構いらっしゃりかつ歓迎しているのですが、いざ企業でPerl入学式の通常講義を正式に社員教育として使う場合にはデメリットもあります。 月1回はプロ養成の意味では悠長過ぎる 社員に休日（土曜日）の参加を要請できない・要請しづらい 全5回の約20時間のカリキュラムは

明文化されていないので、開発チーム内では自由だけど、自分は気をつけていることメモ チャットの個人チャンネルで仕事を進めない 仕事に関することは、関係者がいるところに書く。 Wikiの個人ページに仕事のことを書かない 他の人も編集する可能性がある内容は、みんなが見られるところに書く。 hotfixはmasterブランチから切る hotfixってそういうものだと思う。 hotfixはmasterとdevelopブランチにマージする hotfixってそういうものだと思う。 Gitコミットメッセージに「指摘反映」とか「fix bug」ではなく変更内容を書く Gitのコミットメッセージってそういうものだと思う。 Pull Request上で指摘された内容を反映させたときは、3行目に、「ref. https://xxx/xxx」として参照先を載せている。 サーバ内での作業時はscreenを使う インタ

これは Perl入学式アドベントカレンダー3日目の記事です。 こんにちは id:anatofuz です。ようやく寒くなってきた沖縄から失礼します。 そういえば去年もアドベントカレンダーに参加していて,あれから1年経ったのか…と思っています． あれから1年か…と思っているので，去年のアドベントカレンダーからの僕とPerl入学式について書いていこうと思います。その為後半になるに連れてエモさが加速していきます。色々とすいません。 Perl入学式in沖縄でメインスタッフした 昨年はin沖縄の受講生だったのですが，今年はin沖縄のメインスタッフとして講師したりしていました。(そういえば最後の入学式で id:papixさんから「次は運営だね(ﾆｯｺﾘ」的ななリプを貰ったような気がする…) 一部資料改正などにも携わることが出来て，初めてGithubでpull-requestを出すという経験をしたりしまし