AlphaFold: a solution to a 50-year-old grand challenge in biology
Research AlphaFold: a solution to a 50-year-old grand challenge in biology Published 30 November 2020 Authors The AlphaFold team In July 2022, we released AlphaFold protein structure predictions for nearly all catalogued proteins known to science. Read the latest blog here. Proteins are essential to life, supporting practically all its functions. They are large complex molecules, made up of chains
新型コロナウイルス全変異株に有効な医薬向け抗体（ナノボディ抗体）を公開(７月６日オンライン掲載、英国Communications Biology誌）
新型コロナウイルス全変異株に有効な医薬向け抗体（ナノボディ抗体）を公開(７月６日オンライン掲載、英国Communications Biology誌）ウイルス変異を克服するためのアルゴリズムを開発し次世代のバイオ創薬を推進 新型コロナはRNAウイルスであるため、当初から変異型の出現が予想されていました。株式会社COGNANO（京都市左京区、代表取締役CEO・伊村明浩）は、この課題を克服する技術を開発し、4大学との共同研究により、全変異型に対し感染防御活性がきわめて高い抗体を樹立しました。これは、ワクチン接種したアルパカから得られる大量の遺伝子情報を学習し数学的分析によって得られた成果です。オミクロン株出現の1年以上前から、あらゆる変異を克服していた要因は、バイオエキスパートとITエンジニアが協力する体制でした。加えて、クライオ電子顕微鏡解析により、これらの抗体はウイルスタンパク質の深い溝（変
AlphaProteo generates novel proteins for biology and health research
Research AlphaProteo generates novel proteins for biology and health research Published 5 September 2024 Authors Protein Design and Wet Lab teams New AI system designs proteins that successfully bind to target molecules, with potential for advancing drug design, disease understanding and more. Every biological process in the body, from cell growth to immune responses, depends on interactions betwe
E.O. Wilson, a Pioneer of Evolutionary Biology, Dies at 92 (Published 2021)
transcript The Last Word: E.O. WilsonIn a never-before-seen interview, E.O. Wilson sat down with The New York Times in 2008 to talk about his lifelong quest to explore and to protect the planet’s biodiversity. “Future generations are going to forgive us our horrible genocidal wars, because it’ll pass too far in history. They will forgive us all of the earlier generations’ follies and the harm. But
RNAコロナワクチンは細胞内で逆転写される: current issues in molecular biologyに掲載された論文から｜荒川央 (あらかわ ひろし)
RNAコロナワクチンは細胞内で逆転写される: current issues in molecular biologyに掲載された論文から コロナワクチンに使われているスパイクタンパクは血管毒性を持ち、肺や心臓、脳にも障害を起こす事があります。スパイクタンパクは血流を循環し、さらにエクソソーム上のスパイクタンパクは４ヶ月以上も全身を巡る事が報告されています。RNAコロナワクチンは1-メチル-シュードウリジンで修飾されており、簡単には分解されません。しかし、なぜスパイクタンパクが数ヶ月以上も体内に残るのか、あるいはスパイクタンパクの生産が体内で続くのか等、疑問は多く残っています。 以前、細胞株内でコロナウイルスが逆転写されゲノムに組み込まれるという内容の論文を紹介しました。その論文内で解析されたものはコロナウイルスのRNAゲノムについてでしたが、今回紹介するのは内在性のLINE-1によってRN
スパイクタンパクとヘルペスウイルス: Communications Biologyに掲載された論文から｜荒川央 (あらかわ ひろし)
前回に続き帯状疱疹について話していきたいと思います。潜伏感染は持続感染の一種であり、臨床的に認められる症状を示さずに体内に病原体が存続している状態です。ヘルペスウイルスに一旦感染してしまうと、症状が治った後もウイルスは神経節に移動して潜伏感染します。この状態では新しいウイルスは作られず、また抗ウイルス薬なども無効です。宿主の免疫低下に伴って再活性化し、初感染した部位の近傍に病巣を発症します。 潜伏感染しているヘルペスウイルスの再活性化によって起こる病気の１つが帯状疱疹です。帯状疱疹は痛みをともなう皮膚湿疹であり、潜伏感染している水痘・帯状疱疹ウイルスの再活性化が原因です。 カポジ肉腫もヘルペスウイルスによって引き起こされる病気のひとつです。エイズ患者の末期に発症する事でも知られています。免疫力が極度に低下したヒトの血管内皮細胞にカポジ肉腫関連ヘルペスウイルス (ヒトヘルペスウイルス8) が
Early Career Researcher Toolbox: Free Online Molecular Biology Tools
Early Career Researcher Toolbox: Free Online Molecular Biology Tools By Beth Kenkel Primer design. Plasmid mapping. DNA sequence analysis. We all have our favorite tools for tackling these particular tasks, but they tend to be scattered about the internet. To help you keep your virtual molecular biology toolbox organized, today’s post features a list of free online molecular biology tools all in o
PLOS、“PLOS Computational Biology”にコード共有ポリシーを導入 | 科学技術情報プラットフォーム
PLOSは、3月31日、ジャーナル"PLOS Computational Biology"にコード共有ポリシーを導入したと発表した。 本ポリシーは、既存のデータシェアリングとソフトウェアのポリシーを補完するもので、3月30日以降に投稿されたすべての論文に適用される。 PLOSは、コード共有ポリシーについて、コミュニティーのニーズおよびオープンサイエンス実践を促進するイニシアチブをサポートするためだと説明。また、本ジャーナルの41％の論文ではすでに自発的にコードが共有されていたことなども紹介した。 ［ニュースソース］ Supporting community needs with an enhanced code policy on PLOS Computational Biology ― PLOS 2021/03/31 (accessed 2021-04-05) Code Availa
Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing - Genome Biology
Research Open access Published: 20 January 2020 Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing Koki Tsuyuzaki ORCID: orcid.org/0000-0003-3797-21481,2, Hiroyuki Sato ORCID: orcid.org/0000-0003-1399-81403, Kenta Sato ORCID: orcid.org/0000-0002-6569-55741,4 & …Itoshi Nikaido ORCID: orcid.org/0000-0002-7261-25701,5 Show authors Genome Biology volume 21, Article nu
GitHub - prathyvsh/formal-systems-in-biology: Application of formal systems to model biological systems
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Learn biology through stories told by the world's top scientists. We present biology as detective work, focusing on the process of science. Authors: Jennifer Doudna, Ron Vale, Bonnie Bassler
Article: 同種造血細胞移植後のヒト細胞傷害性T細胞におけるレパートリーの多様性と遺伝子発現の特徴 Features of repertoire diversity and gene expression in human cytotoxic T cells following allogeneic hematopoietic cell transplantation doi: 10.1038/s42003-021-02709-7 同種幹細胞移植（allo-HCT）あるいは臓器移植の後のサイトメガロウイルスの再活性化は重要な問題である。今回、仲宗根秀樹たちは、allo-HCT後の免疫再構築についての我々の理解を深めるために、臨床的に移入されたT細胞のレパートリーの多様性と遺伝子発現における変化を調べた。
Ancient Jomon genome sequence analysis sheds light on migration patterns of early East Asian populations - Communications Biology
After the major Out-of-Africa dispersal of Homo sapiens around 60,000 years ago (60 kya), modern humans rapidly expanded across the vast landscapes of Eurasia1. Both fossil and ancient genomic evidence suggest that groups ancestrally related to present-day East Asians were present in eastern China by as early as 40 kya2. Two major routes for these dispersals have been proposed, either from the nor
Deep learning on computational biology and bioinformatics tutorial: from DNA to protein folding and alphafold2 | AI Summer
AlphaFold 2 paper and code is finally released. This post aims to inspire new generations of Machine Learning (ML) engineers to focus on foundational biological problems. This post is a collection of core concepts to finally grasp AlphaFold2-like stuff. Our goal is to make this blog post as self-complete as possible in terms of biology. Thus in this article, you will learn about: The central dogma
健康：電気刺激を加えることで疲労を軽減する携帯デバイス | Communications Biology | Nature Portfolio
頸部の皮膚から迷走神経に電流を流す携帯デバイスが、断眠させた人の疲労を軽減し、マルチタスク能力を向上させるために役立つ可能性のあることを報告する論文が、Communications Biology に掲載される。迷走神経は、気分や幸福感と関連していることがこれまでの研究によって明らかになっており、脳と消化器系と数種類の重要器官の間で信号を伝達する役割を果たしている。 疲労は、反応が遅くなったり注意が散漫になったりすることで事故やミスを起こすリスクを増大させ、医療、交通機関、軍隊などに関係する専門職にとって深刻な問題となり得る。電流を使って迷走神経を刺激すると、記憶と学習が向上することが、これまでの研究で示されている。今回、Lindsey McIntireたちの研究チームは、皮膚に電流を流して片頭痛や頭痛を治療するために承認を受けた市販の装置を使用し、迷走神経を刺激して疲労を軽減できるかを検
Earwig fan designing: Biomimetic and evolutionary biology applications | PNAS
Earwig fan designing: Biomimetic and evolutionary biology applications View ORCID ProfileKazuya Saito, View ORCID ProfileRicardo Pérez-de la Fuente, View ORCID ProfileKôichi Arimoto, View ORCID ProfileYoung ah Seong, View ORCID ProfileHitoshi Aonuma, View ORCID ProfileRyuma Niiyama, and View ORCID ProfileZhong You aFaculty of Design, Kyushu University, 815-8540 Fukuoka, Japan;bOxford University Mu
宇宙生物学：月での植物栽培に向けた小さな一歩 | Communications Biology | Nature Portfolio
月で植物を育てる計画の実行可能性を調べるためにシロイヌナズナを栽培する実験が行われ、アポロ計画のミッションで採取された月の土壌試料で栽培したものの方が、地球上で採取された火山灰で栽培したものよりも成長が遅く、ストレスの兆候が多く見られることが示された。この知見について報告する論文が、Communications Biology に掲載される。今回の知見は、月の土壌で植物を効率的に育てるためには、植物と月の土壌の相互作用についてさらに研究を進める必要のあることを強調している。 今回、Robert Ferlたちは、アポロ11号、12号、17号の月探査ミッションで採取された12点の土壌試料を使って、ユーラシアやアフリカが原産の被子植物であるシロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）を栽培し、月の土壌で植物の生存が維持されるかを検証した。これらの土壌試料は、それぞれのミッションで、
Voluntary control of semantic neural representations by imagery with conflicting visual stimulation - Communications Biology
Neural activities in the visual cortex reflect both externally driven bottom-up sensory information and internally generated top-down signals, such as mental imagery1,2 and attention3. Neural decoding using machine-learning techniques has revealed relations between top-down signals and bottom-up information by evaluating their neural representations in the visual cortex. Perceived images can be in
基礎生物系の博士課程を今年ようやく終える。本RTAのレギュレーションは 筆頭国際論文3本(アクセプト済み) 筆頭国際論文1本(投稿中) 標準年限(3年) でした。完走した感想ですが(激寒)色々と失ったものも多いのでぼやきとして書き残しておきます。短縮する余地は大いにあって、まず今年が閏年だったので一日ロスしているのと、早期卒業制度があるのでもっと早く馬車馬のように働いて成果出して早期卒業したら良かったと思うよ。再走はしませんが、やるとしたら異分野でやります。これ、興味ない人は読まなくていいよ、内輪向けです。飲み会で別ラボのB2の子に「いつもブログ読んでます！ DCの記事好きです！」って言われて(名前明かしてないんだけど)って思いながらも、読んでくれる人がいるならちゃんと書き残しておいてもいいかなと。泥酔で、それも深夜2時に書いているので誤字脱字は許して。 大学受験の失敗と学部入学 高校時代
Amplification-free RNA detection with CRISPR–Cas13 - Communications Biology
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古生物学：ひげを使って餌を見つけていた可能性が高いアザラシの古代の近縁種 | Communications Biology | Nature Portfolio
現生のアザラシの近縁種で、今から2300万年以上前に生息していたポタモテリウム（Potamotherium valletoni）は、カワウソのような外見をしており、ひげを使って餌を探したり、水中環境を探索したりしていた可能性が高いことを示した論文が、Communications Biologyに掲載される。この知見は、古代のアザラシが陸上生活から水中生活に移行した過程に関する新たな手掛かりとなる。 現生のアザラシは、海洋環境に生息し、ひげを使って水中の振動を感知して餌を探しているが、古代の近縁種の大部分は、陸上環境か淡水環境に生息し、その一部は、前肢を使って周囲を探索していた。アザラシとその近縁種がひげを使って餌を探すようになった時期については、今回の研究まで分かっていなかった。 今回、Alexandra van der Geerらは、ポタモテリウムの脳構造をイタチ科動物、クマ、アザラシの
A protein’s shape relates closely to its function. To take one example, antibody proteins fold into shapes that enable them to precisely identify and target foreign bodies, like a key fitting into a lock. As another example, enzymes—proteins that speed up biochemical reactions—are specifically shaped to bind with particular molecules and thus catalyze particular reactions. Understanding the shapes
AASJホームページ > 新着情報 > 論文ウォッチ > ５月２９日 ネアンデルタール人は安産だった（５月２１日 Molecular Biology and Evolution 掲載論文） ネアンデルタール人ゲノムを最初に解読し、私たちホモ・サピエンスにもネアンデルタール人のゲノムが遺産として伝わっていることを初めて明らかにしたのは、今年日本国際賞を受賞したSvante Pääbo さんだ。この発見のおかげで、私たちのゲノムに流入したネアンデルタール人ゲノム断片の機能を、私たち自身の形質の違いから推察することが可能になった。すなわち、ネアンデルタール人の形質を、私たち人類の多様性の中から拾いだして再構成できる。 今日紹介するSvante Pääboさんたちの論文はネアンデルタール人ゲノム解析と、英国のバイオバンクの情報を結びあわせてネアンデルタール人が安産だった可能性を示す研究でMolec
believe believe biology don't in in just love people Some They | ならべかえ 英語 リスニング
believe believe biology don't in in just love people Some They
生物科学研究所（長野県岡谷市） Laboratory of Biology, Okaya, Nagano, Japan
辰野町の外来種ホタル問題 長野県上伊那郡辰野町の松尾峡は，かつては自然のホタルの名所だったが，観光目的で，国内最大規模の外来種ゲンジボタルを移入養殖し，生物多様性撹乱を引き起こしている地である。2019 年現在も，有効な在来種ホタル保護の対策を取らずに，有料でホタル見学をさせている観光地である。 辰野の移入（外来）ホタル 生物多様性の喪失へ 長野県辰野のホタル再考：観光用の移入蛍で絶滅した地元蛍 松尾峡ほたる祭りの背景にあるもの 辰野町松尾峡ほたる童謡公園と駐車場による生物多様性喪失 Ellen Haugan さん（ノルウェー・オスロ大），辰野町松尾峡へ ドラマ神の舌を持つ男・殺しは蛍が見ていた，辰野町がモデル 辰野町からホタルを移入した大月ホタルの里（新潟県南魚沼市） 地域ぐるみによるホタル保全活動の促進に関する研究（滋賀県立大卒論） 辰野のホタル 町おこしと保護の課題 - 滋賀県守山市
Proliferating coacervate droplets as the missing link between chemistry and biology in the origins of life - Nature Communications
Construction in a laboratory of a model protocell, which is an artificial supramolecular system that expresses the essential properties of life, would be an important step in identifying the pathway by which life originated1,2. In the 1920s, Oparin3 and Haldane4 independently proposed an origin-of-life scenario, and in the 1930s they claimed that a protocell, i.e., a primitive cell, was a prolifer
単語をならべかえて英文を完成させよう(レベル6)「a biology degree has in She」「彼女は生物学の学位を持っている。」#英語学習 | ならべかえ 英語 リスニング
ウイルス学：複数種のコロナウイルスの特性解析がもたらしたSARS-CoV-2の進化に関する手掛かり | Nature Structural & Molecular Biology | Nature Portfolio
ウイルス学：複数種のコロナウイルスの特性解析がもたらしたSARS-CoV-2の進化に関する手掛かり Nature Structural & Molecular Biology 2020年7月16日 Virology: Coronavirus structures provide clues to SARS-CoV-2 evolution doi: 10.1038/s41594-020-0468-7
AASJホームページ > 新着情報 > 論文ウォッチ > 10月15日 なぜ強度の低い、低周波の超音波が脳を刺激できるのか（10月21日 Current Biology掲載論文） 先日パーキンソン病の患者さんから、超音波によるディスキネジアの治療が始まっていることを聞いた。正直、全くフォローしていなかったので調べてみると、高いエネルギーの超音波をMRIで決めた場所に集中させ細胞を障害する方法（おそらく患者さんが日本で行われていると教えてくれたのはこの方法だろう）と、深部刺激の代わりに用いる低いエネルギーで低い周波数の超音波で刺激する方法(LILFU)の２種類があることがわかった。 しかし後者の方法が深部刺激の代わりになるということは、超音波が神経刺激を誘導することになる。磁気照射なら理解できるのだが、この程度の低いエネルギーの音でなぜ神経を刺激できるのか、理解が難しい。 今日紹介する韓国科
A coronavirus vaccine may not arrive for at least a year—so what are the chances of finding a useful therapy that could stave off the worst effects of the virus in the meantime? Earlier coronavirus outbreaks like SARS and MERS raised warning flags for public health officials. Fortunately, they also alerted the biological research community that this large family of viruses was worth studying in mo
Identification of TCR repertoires in functionally competent cytotoxic T cells cross-reactive to SARS-CoV-2 - Communications Biology
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I should have loved biology By James Somers I should have loved biology but I found it to be a lifeless recitation of names: the Golgi apparatus and the Krebs cycle; mitosis, meiosis; DNA, RNA, mRNA, tRNA. In the textbooks, astonishing facts were presented without astonishment. Someone probably told me that every cell in my body has the same DNA. But no one shook me by the shoulders, saying how cr
What Is an Individual? Biology Seeks Clues in Information Theory.
More than half a billion years ago, during the Ediacaran Period, a surreal world of life overran the ocean floor. Its bizarre, soft-bodied animals had physical forms that defy the imagination: quilted blobs and ribbed discs, segmented tubes and upturned bells, tapered spindles and slender cones. They were perhaps the planet’s first large multicellular organisms — but they soon went extinct without
CASP14: what Google DeepMind’s AlphaFold 2 really achieved, and what it means for protein folding, biology and bioinformatics | Oxford Protein Informatics Group
Disclaimer: this post is an opinion piece based on the experience and opinions derived from attending the CASP14 conference as a doctoral student researching protein modelling. When provided, quotes have been extracted from my notes of the event, and while I hope to have captured them as accurately as possible, I cannot guarantee that they are a word-by-word facsimile of what the individuals said.
AASJホームページ > 新着情報 > 論文ウォッチ > ７月２７日 ２万年以上前に東アジアでおこったコロナウイルス流行の爪痕（８月２３日号 Current Biology 掲載予定論文） 以前、ペーボさんたちが発表した、ネアンデルタール人由来のcovid-19重症化に関わる遺伝子多型（https://aasj.jp/news/lifescience-easily/13992）、および抵抗力に関わる遺伝子多型（https://aasj.jp/news/watch/15012）について紹介した。これらの論文は、我々の遺伝子が強い感染圧力の元で進化してきたことを示唆している。しかし、これら遺伝子多型がネアンデルタール人で起こったコロナウイルス流行の爪痕である可能性は低いと思う。 では、かって人類が遭遇したコロナウイルス流行の爪痕を知るための方法はないのだろうか。今日紹介するオーストラリア・アデ
今日は朝から読売新聞の以下の記事でもちきりだった。 【独自】政府、博士課程１０００人に年２３０万円支援へ…先進分野の研究支援 政府は、博士課程に進学する大学院生に対し、支援を拡充する方針を固めた。先進分野を専攻する院生約１０００人に、生活費や研究費として１人あたり年２３０万円程度を支給する。 https://www.yomiuri.co.jp/national/20201215-OYT1T50084/ 前回、学振の記事の最後に「年180万円程度を上限に1000人程度を対象に給付奨学金を～」と書いてあった通り、前回出た話よりも増額した上で枠はそのままという単純に話が良い方向に進んでいることがわかる。 先進分野を専攻する大学院生 さて、ここで批判の的となっていたのが先の引用にもある通り「先進分野を専攻する院生約１０００人に」の部分である。 言わずもがなであるが、研究とは常に先進的でなければなら
These walls are literally bleeding in spots and fit perfectly because they were cut Moist.....My claims about Giant creatures being landscape is truly new an...
biology tips - 高校生物のワンポイント解説 -
今回は、染色液についてまとめていきます。 おなじみの染色液から、少々マニアックなものまで並べていきます。全部知っていたら、なかなかのものです。 染色とは まずは「染色」ってそもそも何だったのかからおさらいしましょう。 ...
生態学：ハイイロオオカミが寄生虫に感染すると群れのリーダーになる確率が高くなる | Communications Biology | Nature Portfolio
米国ワイオミング州のイエローストーン国立公園に生息するハイイロオオカミ（Canis lupus）は、トキソプラズマ症の原因寄生虫であるトキソプラズマ原虫（Toxoplasma gondii）に曝露されると、群れのリーダーになる確率が、未感染個体の46倍以上に達することが研究で明らかになった。この知見によって、寄生虫感染がオオカミの意思決定や行動に影響を与えることが初めて実証された。今回の研究について報告する論文が、Communications Biologyに掲載される。 今回、Connor Meyer、Kira Cassidyたちは、イエローストーン国立公園に生息するハイイロオオカミを調査し、リスクを負う行動とトキソプラズマ原虫の感染との関連を調べた。トキソプラズマ原虫の感染は、健常な個体の適応度に悪影響を及ぼすことは少ないが、若齢個体や免疫抑制状態にある個体にとっては、命取りになること
OpenPoseという人間の骨格を推定する機械学習ライブラリがある。 Ubuntu18.10にopenposeをインストール(環境構築) OpenPose for Unity で人の動きを二次元に落とし込む これによって例えばMMDで動かすためのVMDに変換するなどのソフトウエアパイプラインソフトが開発されていたりするのだが、直接そのOpenPoseの結果を解析したいということもあるだろう。 JSON形式のまま解析できる人はスルーしてほしいが、CSVで欲しいっていう人もいるのでそのために変換ソフトを開発した。 今回はOpenPoseの出力形式であるJSONをCSVに変換するだけのスクリプトを掲載しておく。 OpenPoseで出力を得るには？ OpenPoseで出力を得るには引数に –write_json [保存するディレクトリ] をつけてやるだけでいい。JSON形式のファイルがフレーム数だ
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基礎生物系博士課程の感想〜課題と今後の展望〜 – Kim Biology & Informatics
The Next Frontier For Large Language Models Is Biology
５月２９日 ネアンデルタール人は安産だった（５月２１日 Molecular Biology and Evolution 掲載論文） | AASJホームページ
a biology degree has in She | ならべかえ 英語 リスニング
10月15日 なぜ強度の低い、低周波の超音波が脳を刺激できるのか（10月21日 Current Biology掲載論文） | AASJホームページ
COVID-19: The biology of an effective therapy
jsomers.net | I should have loved biology
７月２７日 ２万年以上前に東アジアでおこったコロナウイルス流行の爪痕（８月２３日号 Current Biology 掲載予定論文） | AASJホームページ
博士後期課程への支援が令和3年度から”桁違いに”増える話 – Kim Biology & Informatics
How Biology Petrifies as Mudfossils vs Mudflood Fossils a Complete Analysis
OpenPoseのJSON形式をCSVに変換する – Kim Biology & Informatics