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分散コンピューティング技術を使った医療研究プロジェクト「Folding@home」はこのほど、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の解析に対応したと発表した。専用ソフトをPCにインストールして起動すると、CPUやGPUの処理能力を使って解析に参加できる。 Folding@homeは米スタンフォード大学を中心としたタンパク質構造解析のための分散コンピューティングプロジェクト。ネット接続された世界中のコンピュータの処理能力を集めて巨大なスーパーコンピュータを形成し、アルツハイマー病、がん、パーキンソン病などの治療に関する解析やシミュレーションに活用している。専用ソフトの対応OSはWindows、macOS、Linuxなど。
世界中で感染が拡大している新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)を分散コンピューティングで解析するプロジェクトが「Folding@home」や「BOINC」などのプラットフォーム上で行われています。プロジェクトに参加することで自分のコンピューターの余った計算リソースを寄付することができるので、実際にプロジェクトに参加して新型コロナウイルスの解析に協力してみました。 Folding@home – Fighting disease with a world wide distributed super computer. https://foldingathome.org/ BOINC https://boinc.berkeley.edu/index.php Rosetta@home https://boinc.bakerlab.org/ Unraid | Help Take the Fi
HOMEInfo遅ればせながら、Folding@home のタンパク質構造解析プロジェクトに参加させていただくことにしました。 こんにちわ。せじまです。 今日はMySQLの話ではありません。 はじめに こちらのスライドなどでも触れておりますが、弊社では、一部のサービスでオンプレミス環境の物理サーバを使っています。それらは仮想化せずに、消費電力効率などを改善することで、コストの最適化を図っています。 具体的に言うと ピーク時の最大負荷を想定してベンチマークを実行し、そのときの消費電力を測定する。 ラック内にあるすべてのサーバに最大の負荷がかかった状態でも、何台かは修理交換やOSのアップデート作業などが実施可能になるよう、突入電流を想定して電源のマージンを確保する。 といった観点で、ラックごとの構成を設計しています。消費電力の試算をし、弊社のワークロードや(わたしが考える)InnoDBに最適な
こんにちは。Necoの@dulltzです。 サイボウズでは、オンプレミス機材の一部を活用してFolding@homeによるCOVID-19のタンパク質構造予測に貢献することにしました。 ご自身で動かしてみたいというかた向けに、我々が使っているKubernetesマニフェストも記載しているのでぜひご覧ください。 Folding@homeとは みなさんはFolding@homeを知っていますか? Folding@homeとは、タンパク質構造予測に必要な計算処理を、世界中の有志による分散コンピューティングで推進するプロジェクトです。 10年以上昔の話になりますが、PlayStation 3を活用したプロジェクトを覚えている方も多いかと思います。 最近Folding@homeのブログにて、COVID-19の治療薬開発に使われるタンパク質構造予測を行っているという旨の記事が公開されました。 FOLD
サービスサイト > さくらのクラウド TOP > クラウドニュース > さくらのクラウドの未使用リソースを活用したFolding@homeの新型コロナウイルス タンパク質構造解析プロジェクトに参加しました 世界中で猛威を振るう新型コロナウイルスを起因とする感染症におかれましては、お亡くなりになられた方にお悔やみ申し上げると共に、現在治療に当たられている皆様の快復を心よお祈り申し上げます。 さて本日さくらのクラウドでは、Folding@homeにて実施中の新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のタンパク質構造解析プロジェクトへの参加を行いました。 さくらのクラウドをはじめとするIaaS型クラウドサービスでは、利用者が必要な時に必要な量のリソースを提供できるよう常に需要予測に基づいた余剰ハードウェアリソースを確保していますが、今回はさくらのクラウドが保有するお客様未提供のハードウェアリソー
<このプロジェクトに参加する有志は2月時点の3万台から70万台へと大幅に増加。Folding@homeは、現在、世界最大級のネットワーク型スーパーコンピュータとなっている......> 米スタンフォード大学を中心とする分散コンピューティングプロジェクトFolding@home(フォールディング・アット・ホーム)は、2020年3月以降、オフィスや家庭から寄付された余剰のCPUやGPUの処理能力を活用し、分子動力学シミュレーションによる新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のタンパク質の動的構造の解析に取り組んでいる。 このプロジェクトに参加する有志は2月時点の3万台から70万台へと大幅に増加。Folding@homeは、現在、世界最大級のネットワーク型スーパーコンピュータとなっている。その演算能力は4月14日、2.4EFLOPSに達し、既存のスーパーコンピュータ上位500台を合わせた演算
「Folding@home」は、世界中の家庭にあるPC・ゲーム機・スマートフォンなどの身近なマシンの演算能力を合算する分散コンピューティングによってたんぱく質の立体構造を解析するというプロジェクトで、新型コロナウイルスの分析にも力を発揮しています。世界規模の新型コロナウイルスパンデミックによりFolding@homeに注目が集まった結果、Folding@homeの演算処理能力は、世界ランキングTOP500のスーパーコンピューター全てを足し合わせたよりも優れた性能に達しました。 With our collective power, we are now at ~2.4 exaFLOPS (faster than the top 500 supercomputers combined)! We complement supercomputers like IBM Summit, which r
専用ソフトのインストール まずは専用ソフトをインストールする必要があります。Windows/macOS/Linux に対応しています。 下記Webサイトにアクセスしてインストーラをダウンロードします。ここでは Windows 10 で進めていきます。 ダウンロードした実行ファイルを開いてインストールします。 規約を読んで同意して進む。 インストール方法の選択です。 Custom Install を選択すればインストール先ディレクトリやデータの保存先や実行タイミングなどが自分で選択できるようになります。特にこだわりがなければ Express Install にしましょう。 これでインストールは完了です。 専用ソフトを起動して解析に協力するFirewall で警告が出たら許可しましょう。 同時にブラウザが開いて、匿名で参加するか、アカウント作成するかの選択とスタートボタンが出てきます。(裏では
分散コンピューティングプロジェクトのFolding@homeが新型コロナウィルスの解析支援を呼びかけ 編集部:荒井陽介 分散コンピューティングプロジェクトのFolding@homeが,PCユーザーへ新型コロナウィルス(COVID-19)の解析支援を呼びかけている。 Folding@homeは世界中の人が使うPCの計算能力を借りる形でさまざまな病気の解析にあたっているが,現在,クライアントソフトのカテゴリーを「ANY」に設定すると,COVID-19の解析作業が優先されるとのことだ。 Do you want to help us fight #COVIDー19 ? Download our client from https://t.co/55uKn0rJem -> Install -> Set category to "ANY" #COVID19 is prioritized. GPU an
Microsoftは、「Windows 10」ユーザーが「Folding@home」プロジェクトにコンピューターの余剰演算能力を安全に提供するためのPowerShellスクリプトをリリースした。分散コンピューティング技術を活用して疾病研究を行うプロジェクトである「Folding@home」は現在、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の解析に取り組んでいる。 既に多くのユーザーが、Folding@homeのタンパク質動力学シミュレーションを支援するために、macOSやWindows、Linuxにこのソフトウェアのクライアントをダウンロードしている。 Microsoftの今回の取り組みは、Windows 10のユーザーが、Windowsサンドボックスを利用して安全に演算能力を提供できるようにするものだ。 Folding@homeプロジェクトは、生化学と分子生物学が専門のワシントン大学セ
自分の家にスーパーコンピューターがある人はいないだろう。それでも、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)と戦う世界最速のコンピューターの隊列に加わることができないわけではない。ボランティアプロジェクト「Folding@home」では、誰の家にもあるようなごく普通のPCを大量に組織し、この感染症を引き起こすウイルスの大規模なデジタルシミュレーションをバイトサイズの大量のブロックに分割して実行している。 Folding@homeではボランティアらのPCにより、このようなアニメーションが生成される 提供:Greg Bowman/Folding@home Folding@homeの目的は、病気のメカニズムを分子レベルで解析し、治療に利用できる弱点を突き止めることにある。このプロジェクトが提供しているソフトウェア(「Windows」版、「Linux」版、「macOS」版が用意されている)は、F
緊急事態宣言が発令され、緊迫感が増してきた新型コロナウイルス感染症(COVID-19)。現在、その治療法や治療薬、ワクチンの開発に向けてさまざまな活動がなされているが、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)についての研究はまだまだ足りていないという段階だ。早急な対策としては、手洗いにうがい、外出自粛、十分な食事と睡眠、健やかな精神状態を保つことが有効な例として紹介されている。しかし、連日の報道で不安な日々を過ごし、息苦しい生活に焦燥を募らせる人も多いかと思う。少なくとも筆者はそうだ。 「このまま家でじっとしているだけだと息が詰まる」、そんな方に今回ご紹介したいのが、分散コンピューティングプロジェクト「Folding@home」だ。分散コンピューティングとは、単独のコンピューターではとても処理しきれない膨大な量の計算を小さなタスクに分散し、世界中のコンピューターに処理を託す仕組みのこと。
分散コンピューティングプロジェクト「Folding@home」が新型コロナウイルス(2019-nCoV)の解析に協力することが発表されているが(過去記事)、さくらインターネットがクラウドサービス「さくらのクラウド」などで確保している余剰ハードウェアリソースをFolding@homeに提供することを発表した。 同社では需要予測に基づいて余剰ハードウェアリソースを確保しているとのことで、そのうち顧客に提供していない分のハードウェアリソースをFolding@homeに提供するという。
分散コンピューティングによってタンパク質の分子動力学シミュレーションを実行する「Folding@home」は、世界中で猛威を振るう新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のタンパク質構造を解析し、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の治療法開発を推進するプロジェクトに取り組んでいます。そんなFolding@homeの解析プロジェクトに、新しく低分子スクリーニングシミュレーションが追加されたことが発表されました。 New COVID-19 small molecule screening simulations are running on full Folding@home! – Folding@home https://foldingathome.org/2020/03/30/covid-19-free-energy-calculations/ .@foldingathome
Alternative Downloads Additional platforms Docker for GPUs vSphere
はじめに この手法はあくまでもワークアラウンドです。パッケージの依存関係を意図的に汚染している点にご注意ください。 2000年から稼働を開始したFolding@homeという名前の分散コンピューティングプロジェクトがあります。 このプロジェクトは、ある特定のタンパク質がどのような立体構造に折りたたまれるか1、という課題を解決するために全世界の余剰計算資源を使って分子動力学シミュレーションを走らせるものです。 このプロジェクトの一部には、昨今世間を悪い意味で賑わせている新型コロナウィルス(SARS-CoV-2)に対する取り組みも含まれており、2020年4月初頭においても急激に参加者が増えている現状です2。 一方で、Linux環境用のFolding@homeクライアントは、サポート終了したPython2系の依存関係を含んでおり、Ubuntu 16.04 LTS/18.04 LTS以外のUbun
分散コンピューティングプロジェクト「Folding@home」が、新型コロナウイルス(2019-nCoV)の解析に協力することを表明した。Folding@homeプラットフォームによる演算リソースを、新型コロナウイルスの治療薬開発に提供する。 Folding@homeは分散コンピューティング技術を使ってタンパク質の折りたたみ構造を解析するプロジェクト。クライアントソフトウェアは無償で配布されており、誰もが計算リソースを提供できるようになっている。
Did you know: the first machine to break the exaflop barrier (one quintillion floating‑point operations per second) wasn’t a huge dedicated IBM supercomputer, but a bunch of interconnected PCs with ordinary CPUs and gaming GPUs. With that in mind, welcome to the Folding@home project, which is targeting its enormous power at COVID-19 research. It’s effectively the world’s fastest supercomputer, and
(Image credit: Shutterstock)Propelled by average enthusiasts in their shared quest to defeat COVID-19, the Folding@Home network is now pushing out 470 PetaFLOPS of raw compute power. To put that in perspective, that's twice as fast as Summit, the world's fastest supercomputer, making the network faster than any known supercomputer. It's also faster than the top seven supercomputers in the world, c
COVID19(コロナウイルス)の脅威は全世界の問題にまで発展しており、ブラウザの先だけのバーチャルな世界ではないことが実感できます。 そんな筆者が協力できることといえばこれでしょう。ということで、Folding@Homeのインストールの仕方を記事に書き起こします。 2020年3月28日更新:GPUが動かない場合を追記しました COVID19対策のためにCPUとGPUパワーを! 手順1:Folding@HomeクライアントDL 手順2:Folding@Homeクライアントをインストール 手順3:最初のステップ 手順4:Folding@Homeクライアント実行 GPUが動かない場合(追記) 関連情報 Did you ever feel like you were a superhero just waiting for your true calling? Well, turns out y
We need your help! Folding@home is joining researchers around the world working to better understand the 2019 Coronavirus (2019-nCoV) to accelerate the open science effort to develop new life-saving therapies. By downloading Folding@Home, you can donate your unused computational resources to the Folding@home Consortium, where researchers working to advance our understanding of the structures of po
今、世界は新型コロナウイルス(COVID-19)の感染拡大で重大な危機に直面しています。不要不急の外出は自粛をという要請を各国政府が出しており、自宅待機の方も多いのではないでしょうか。そんな自宅からあなたが世界を救える手段があります。Folding@home です。 Folding@homeとは Folding@home は分散コンピューティング技術を使ってタンパク質の折り畳みを巡るメカニズムを解析して医学に役立てようというプロジェクトです。最近はタンパク質の折り畳みから派生してアルツハイマー・癌・エボラ出血熱などの難病研究の解析が行われています。そして今回新たに新型コロナウイルス(COVID-19)の解析がプロジェクトに追加されました。 パソコンやサーバーなどの計算機資源を持っている人ならば誰もがプロジェクトに参加することができます。解析はこちらのページからアプリケーションをインストール
This is an update on Folding@home’s efforts to assist researchers around the world taking up the global fight against COVID-19. After initial quality control and limited testing phases, Folding@home team has released an initial wave of projects simulating potentially druggable protein targets from SARS-CoV-2 (the virus that causes COVID-19) and the related SARS-CoV virus (for which more structural
こんにちは、ドイツのモナです〜 新型コロナウイルス(Covid-19)が全世界に広がってしまい、今多くの人の生活をひっくり返しています。ウイルスの伝播を抑えるために様々な対策が既に実施されていますが、長期的にCovid-19を克服するには研究が必要です。 研究と言えばラボの風景などが浮かぶと思いますが、そればかりではありません。例えば、ウイルスタンパク質の立体構成の折りたたまれ方(フォールディング)の研究ではコンピューターシミュレーションを使用しますが、それに大規模なコンピューティングパワーが必要です。そこで、分散システムとしてパソコンを含むたくさんのコンピューターを利用するプロジェクトがいくつかできました。その中の一つを今回紹介したいと思います。 Folding@Homeの概要 Folding@Homeの名前通り、おうちでもフォールディングの研究に協力できます。有名なスタンフォード大学で
2月末より新型コロナウイルスの構造の解析を始めた分散コンピューティングプロジェクト「Folding@home」の開発チームが、約3週間後の3月19日、海外フォーラム「Reddit」に寄せられたユーザーからのさまざまな質問に答えた。 アメリカのスタンフォード大学を中心に研究が進められている「Folding@home」は、タンパク質のおりたたみ構造を解析することで、がんやアルツハイマー病など、さまざまな病気の治療に役立てることを目的としている。利用するのは世界中のパソコンやスマートフォンで、かつてはPlayStation 3からも参加できた。専用のソフトウェアがインストールされたPCは、処理能力の一部が折りたたみ構造の解析に使われる。 ウイルスもタンパク質を持ち、人間の免疫能力を抑制したり、自己の複製のために利用している。ウイルスの持つタンパク質がどのように作用するかを解析し、活動を止めるため
TL;DR: We’re simulating the dynamics of COVID-19 proteins to hunt for new therapeutic opportunities. Scroll to the bottom of the page to see a list of ways you can help. Proteins are molecular machines that perform many functions we associate with life. They sense the environment (e.g. in taste and smell), perform work (e.g. muscle contraction and breaking down food), and play structural roles (e.
Folding@homeに参加して新型コロナウイルスの治療薬作成を支援する by YAMAMOTO Yuji on March 22, 2020 ↓こんなプロジェクトがあるということで、私も参加してみました: 新型コロナウイルスの解析、分散コンピューティングで誰でも参加できるように 「Folding@home」が対応 - ITmedia NEWS Folding@homeは米スタンフォード大学を中心としたタンパク質構造解析のための分散コンピューティングプロジェクト。ネット接続された世界中のコンピュータの処理能力を集めて巨大なスーパーコンピュータを形成し、アルツハイマー病、がん、パーキンソン病などの治療に関する解析やシミュレーションに活用している。 基本的にやることはStart folding – Folding@homeからクライアントのインストーラーをダウンロードしてインストールするだけ
This repository will contain all input files and generated datasets for the Folding@home efforts to better understand how the SARS-CoV-2 virus that causes COVID-19 can be targeted with small molecule and antibody therapeutics. This repository will be continuously updated to share results that are being generated on Folding@home. You can follow along with news updates on the Folding@home blog and F
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