ランダー・グリーン アルゴリズム（１） - aggren0xの日記
お気に入り経由で以下の記事を読んでとてもおもしろかったのですが、 http://ama.an-pan-man.com/archives/814 原文も読んで確認もしたんですけど、エリック・ランダーが自己紹介するにあたって「ランダー・グリーンアルゴリズム*1」について一言も触れてない。 これはとても美しいアルゴリズムで、隠れマルコフモデルの遺伝家系データへの適用で、最初にこれを思いついたのは天才だと私は思う。今でもこのアルゴリズムは応用されており、たとえば次世代シーケンサーのデータにおいても行われるハプロタイプの相決定や、imputationアルゴリズムと言ってヒトゲノム上数十万のマーカーデータから、相関構造を利用して一千万以上のマーカーデータを推定するというのに使われます。 わたしは数学出身ではありません。EMアルゴリズムのDempster論文も、なんとか読み終えることは出来ましたというレ
ゲノム研究から見た血液型占い - aggren0xの日記
血液型占いはあたるかどうか、という話。まあもちろん「あたりませんよ」と言いたいわけだが、その根拠についての話である。まあ赤子の手をひねるような話ではあるが、こういうつまらない話は例によってウケは悪いのでしょうが・・・ 血液型は、ヒトゲノム上の遺伝子によって決定される 血液型というのはヒトゲノムによって決定されるものである。正確には、ゲノムDNA上にコードされているのは糖転移酵素で、赤血球上のH抗原をA抗原に変えるタイプの転移酵素と、B抗原に変える酵素と、酵素の機能が失われているためH抗原のままおかれるタイプが、遺伝子レベルでコードされている。ヒトによって、ゲノム上に持っている酵素のタイプが異なり、これがA、B、Oの血液型の原因となる。たとえば遺伝子型AOというのは、片親由来の染色体上にAに変える抗原を持っているが、もう片親由来の染色体上の酵素は機能が失われている。結果としては、Aに変える酵
「遺伝子」と「遺伝」の違い - aggren0xの日記
下記報道に対するみなさんのはてなブックマークでの反応が完全に間違っていたのでとても気になった。これはみなさんの責任ではなく、報道側の責任である。ひいては残念ながらわれわれ遺伝学者の責任であるとも言える。 http://www.afpbb.com/article/life-culture/health/2767480/6341100 何が間違っているかというと、うつ病の原因と考えられる「遺伝子」を発見したと報道しているのだが、みなさんの反応はうつ病の「遺伝」の原因を発見したと捉えているようなのだ。しかし「遺伝」と「遺伝子」は違う。英語で考えると、遺伝子はgeneだが、親から子へ受け継ぐ遺伝、正しくは「遺伝的継承」はinheritance。違うでしょ？ここで、遺伝学はgeneticsじゃないかと思うかもしれない。しかし親から子へ受け継ぐ遺伝をさしてgeneticsとは言わない。genetics
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