日本学術会議法では、同会議を「独立」した存在と規定し、会員は「内閣総理大臣が任命する」としているが、政府は1983年に当時の中曽根総理大臣が国会で、「政府が行うのは形式的任命にすぎません。したがって、実態は各学会なり学術集団が推薦権を握っている」と答弁。あくまでも形式的な任命制であって総理に任命の拒否権はないという解釈を維持してきた。しかし、今回の問題が起きる前の2018年に、その解釈を変更し、拒否権があるという新解釈に改めたというのだ。そして、その解釈に基づき今回、宇野重規東京大教授、加藤陽子東京大教授ら6名の任命を拒否した。
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