気象庁は今回の地震で、熊本県益城町で震度7、熊本市・玉名市・宇城市・西原村で震度6弱を観測したと発表。揺れの強かった地域では家屋の倒壊や土砂災害のおそれがあり、今後の余震活動にも十分な注意が必要としている。 九州内の鉄道各路線に関して、地震発生直後から山陽・九州新幹線やJR九州のすべての在来線などで運転見合わせが報じられ、熊本市内の九州新幹線で回送中の列車(6両編成)が脱線したことも報道された。乗客はなく、けが人は確認されていないという。九州新幹線は現在も博多~鹿児島中央間の上下線で運転見合わせとなっている。 JR九州の在来線では、熊本県内の鹿児島本線玉名~八代間、豊肥本線熊本~赤水間、三角線宇土~三角間、肥薩線八代~白石間の上下線で終日運転見合わせとなった。その他の在来線も地震の影響で大幅な遅延・運休が発生し、一部区間で徐行規制も行われている。熊本電気鉄道、肥薩おれんじ鉄道、くま川鉄道も