sayamatcherのブックマーク (13,277)

  • The BridgeDb framework: standardized access to gene, protein and metabolite identifier mapping services - BMC Bioinformatics

  • GitHub - ConesaLab/SQANTI3: Tool for the Quality Control of Long-Read Defined Transcriptomes

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    sayamatcher 2023/03/10
    "SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification"
  • GitHub - PacificBiosciences/pbbioconda: PacBio Secondary Analysis Tools on Bioconda. Contains list of PacBio packages available via conda.

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    sayamatcher 2023/03/10
    “PacBio Secondary Analysis Tools on Bioconda”
  • Lima Home

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    sayamatcher 2023/03/10
    The PacBio Barcode Demultiplex Primer Remover
  • いちいちシェルコマンド思い出せないので、ChatGPTで自然言語からスクリプトを生成するツールつくった - Qiita

    いちいちシェルコマンド思い出せないので、ChatGPTで自然言語からスクリプトを生成するツールつくったPythonOpenAIChatGPTlangchain はじめに ChatGPT APIが出たので早速さわってみました。せっかくなので何か便利なものをということで自分向けに使えそうなツールをつくっていたら 良いかんじに動作したのでご紹介します。 つくったものは、「ChatGPTを用いた自然言語によるシェルコマンドランチャー」です。百聞は一見にしかずと言うことでまずは動作するところをみてください。 概要 wannaコマンドは、ChatGPTを用いた自然言語によるシェルコマンドランチャーです。自然言語によって、bash scriptを生成し、名付けし、管理できます。 コマンドライン上での操作は簡単に多くのことを行うことができるため、非常に便利です。しかし、多くのコマンドやオプションの組み合わ

    いちいちシェルコマンド思い出せないので、ChatGPTで自然言語からスクリプトを生成するツールつくった - Qiita
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    sayamatcher 2023/03/08
    これは…いいかも!
  • New & Improved NCBI Datasets Genome and Assembly Pages - NCBI Insights

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    sayamatcher 2023/03/08
    “In June 2023, NCBI’s Assembly and Genome record pages will be redirected to new Datasets pages as part of our ongoing effort to modernize and improve your user experience”
  • 3月8日「みつばちの日」。ミツバチの社会から私たち人間が学ぶべきこととは(季節・暮らしの話題 2020年03月08日) - tenki.jp

    3月8日は「3=みつ 8=はち」で、「みつばちの日」。 全日はちみつ協同組合と日養蜂はちみつ協会(現、一般社団法人日養蜂協会)が制定しました。ミツバチは、およそ一万年前の新石器時代の洞窟壁画にも採蜜の様子が描かれているほど遠い昔から人類に利用されてきました。5000年前には養蜂もはじまっていたとされ、人類にとってもっとも重要な家畜昆虫だといえます。 ミツバチが人にもたらす恵みは、蜂蜜は言うまでもなく、蝋燭や医療製品、化粧品、美術工芸品と幅広い用途を持つ巣の構築材の蜜蝋、花粉から精製されるローヤルゼリー、優れた防腐・殺菌効果があるプロポリス…さらには世界中の農作物の主要農産品の70%の受粉をミツバチが媒介していると言われ、人間にとってミツバチは計り知れないほどの「大恩虫」なのです。 ミツバチはミツバチ科ミツバチ属に属し、世界には11種、日には在来種でトウヨウミツバチ(東洋蜜蜂 Api

    3月8日「みつばちの日」。ミツバチの社会から私たち人間が学ぶべきこととは(季節・暮らしの話題 2020年03月08日) - tenki.jp
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    sayamatcher 2023/03/08
    本日。
  • 東京農工大学が「部局長・副学長の半分」を女性に ニュースイッチ by 日刊工業新聞社

    東京農工大学は部局長・副学長のうち、女性比率を2027年に4割、30年に5割とする目標を掲げた。学長指名ポストだけでなく、学部長など教員の意向投票を経る選出で実現する。これに向けて40代の4人の女性学長補佐と、研究室補助の女性特任助教を組み合わせて育成する制度を実施。組織運営経験と研究実績を高め、学内構成員の後押しを得られるリーダーに育てる。女性が少数派の理系大学での踏み込んだ策として注目される。 東京農工大学が今回、ターゲットとする10ポストのうち、副学長全5人と国際研究の部局長1人は学長指名で選ばれる。従来は女性がこのポストで1人というのが最多だった。 対して農・工学研究院、生物システム応用科学府、連合農学研究科の部局長候補者4人の選考は、教員の意向投票で行われ、学長はその中から部局長を決める。女性での就任例はない。同大全学の常勤教員の女性比率は17・1%で、理系大学では高いものの、組

    東京農工大学が「部局長・副学長の半分」を女性に ニュースイッチ by 日刊工業新聞社
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    sayamatcher 2023/03/08
    “東京農工大学は部局長・副学長のうち、女性比率を2027年に4割、30年に5割とする目標を掲げた”
  • 研究者人材データベース JREC-IN Portal : バイオデータ研究拠点特任教員(特任教授または特任准教授相当)募集

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    sayamatcher 2023/03/07
    “ バイオデータ研究拠点特任教員(特任教授または特任准教授相当)募集 / 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 バイオデータ研究拠点” 古巣の公募っぽいが、DBCLSとは一言も書いてない…
  • プラチナバイオ、「バイオDX」プロジェクトを始動!

    ゲノム編集技術のプラットフォーマーであるプラチナバイオ株式会社(社:広島県東広島市、代表取締役CEO:奥原 啓輔、以下「PtB」)は、あらゆる生物でのゲノム編集のために、ゲノム配列解読とゲノム編集標的遺伝子の探索を行い、各産業で求められる生物資源のデジタル育種を実現する「バイオDXプロジェクトを始動します。 ■ 背景 気候変動による料問題、新型感染症対策、脱炭素など、社会課題の解決が急務となる中、国のバイオ戦略では、「2030年に世界最先端のバイオエコノミー*社会を実現すること」を目標に、バイオコミュニティの形成を進めています。 PtBは、生物がもつ遺伝情報を解読・解析する生物のデジタル化とゲノム編集による生物のプログラミングを組合せて生物機能をデザインする「Bio-Digital Transformation(バイオDX)」のコンセプトを提唱し、国家プロジェクトであるCOI-NEX

    プラチナバイオ、「バイオDX」プロジェクトを始動!
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    sayamatcher 2023/03/06
    “プラチナバイオ、「バイオDX」プロジェクトを始動! ~各産業で求められる生物資源のデジタル育種を実現~ PtBio Inc. 2023年3月6日 10時00分” 自分の写真が出てて、ちょっと恥ずかしい
  • ゲノム編集により開発した天然毒素低減ジャガイモを紹介 <br>~大阪大学大学院 工学研究科生物工学専攻 村中研究室 編~

    2023.03.03 ゲノム編集により開発した天然毒素低減ジャガイモを紹介 ~大阪大学大学院 工学研究科生物工学専攻 村中研究室 編~ ●農林水産省では、科学ジャーナリストや科学コミュニケーターの方々に国内のゲノム編集研究施設を取材していただき、ゲノム編集研究開発事例の解説資料を紹介しています。 ▼▼▼ 今回は、科学技術振興機構(元日科学未来館 科学コミュニケーション専門主任)の森田 由子さん1)が、大阪大学の村中 俊哉先生2)に取材を行い、ゲノム編集により開発した天然毒素低減ジャガイモの研究開発について紹介しています。 ジャガイモの毒素はどのような代謝経路で作られているのか、ジャガイモのゲノム編集ならではの苦労とは?など、イラストや写真をまじえながら分かりやすく解説されています。 ぜひ、ご覧ください。 ■農林水産省 農林水産技術会議事務局サイト 代謝を制御して新しい価値を生む~ジャガイ

    ゲノム編集により開発した天然毒素低減ジャガイモを紹介 <br>~大阪大学大学院 工学研究科生物工学専攻 村中研究室 編~
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    sayamatcher 2023/03/04
    “ジャガイモの毒素はどのような代謝経路で作られているのか、ジャガイモのゲノム編集ならではの苦労とは?など、イラストや写真をまじえながら分かりやすく解説されています”
  • レガシィ アウトバック | SUBARU

    Close レガシィ アウトバックの お支払い例 愉しさも安心も、お届けしたいから。 月々のお支払い額を抑えて、 安心のカーライフを送っていただけるプランを ご用意しました。

    レガシィ アウトバック | SUBARU
  • 広島バイオテクノロジー推進協議会

    2024/8/14 令和6年9月12日 (木) 午後1時30分 に、広島バイオテクノロジー推進協議会主催「令和6年度広島バイオフォーラム」を、広島大学 東千田キャンパス 地域連携フロア SENDA LABにて開催いたします。 誰でも参加できますので、パンフレットに記載のURLもしくはQRコードから、事前申込みによりご登録の上、参加をお願いいたします。 2024/8/14 令和6年8月30日 (金) 10時30分から、広島バイオテクノロジー推進議会第15回Web講演会を開催いたします。 今回は、ルイジアナ州立大学生物科学科准教授 兼 Microalgae LLCプレジデント 加藤 直洋准教授を講師にお迎えし、「微藻類による生分解性プラスチックと薬剤生産」をテーマに、お話しいただきます。 また、このお話共に日や広島とのつながりを紹介いただけるとのことで、業務多忙と思いますが、ぜひご参加くださ

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    sayamatcher 2023/03/01
    “2023年3月17日 (金) 「広島大学きてみんさいラボ」で,「ひろしまバイオDXフォーラム(ハイブリッド)」を開催/今回,「ひろしまバイオDXコミュニティ」が内閣府の「地域バイオコミュニティ」に認定されたことから…”
  • 英国のROTHAMSTED RESEARCHが、欧州初のゲノム編集コムギの屋外試験を完了

    2023.02.24 英国のROTHAMSTED RESEARCHが、欧州初のゲノム編集コムギの屋外試験を完了 2023年2月13日 英国のROTHAMSTED RESEARCHが、アスパラギンを低下させたゲノム編集コムギの屋外試験を完了したことを発表しました(参考資料1)。 CRISPR/Cas9を用いて、アスパラギン合成酵素であるTaASN2を改変することで、穀物中のアスパラギンが低下したコムギを開発しました。アスパラギンが減少することで、加熱調理する際に発生するアクリルアミド(参考資料2)の低下にもつながります。 コムギは2021年8月3日に、英国 環境・糧・農村地域省(Department for Environment, Food & Rural Affairs)より、一部制限や条件に従った上での屋外利用について同意を受けており(参考資料3)、英国ハートフォードシャー州にて試

    英国のROTHAMSTED RESEARCHが、欧州初のゲノム編集コムギの屋外試験を完了
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    sayamatcher 2023/02/26
    “CRISPR/Cas9を用いてアスパラギン合成酵素であるTaASN2を改変することで、穀物中のアスパラギン酸が低下したコムギを開発/アスパラギン酸が減少することで、加熱調理する際に発生するアクリルアミドの低下にも”
  • What is NCBI and who works here? - NCBI Insights

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    sayamatcher 2023/02/25
    “Ever wonder who is behind all the data at the National Center for Biotechnology Information (NCBI)? Who is developing and managing the NCBI website, as well as our various products, tools, and resources?” 35th anniversary!🎂
  • 「昆虫食」市場急拡大も...根強い拒否反応 なぜ受け入れられない?識者に聞いた理由と打開策

    糧問題の解決策として世界的な注目を集める「昆虫」。先進的な取り組みとしてマスメディアなどでしばしば取り上げられるものの、世間からの風当たりはまだまだ強い。外市場の調査・研究機関「ホットペッパーグルメ外総研」の調査によれば、回答者のうち約9割が昆虫を避けると回答したという。 昆虫が世間から受け入れられるためにはどのようなきっかけが必要になるのか。J-CASTニュースは、昆虫に関する情報発信などを行う用昆虫科学研究会に詳しい話を聞いた。 国内の昆虫に対する注目は2020年辺りが転換点 ホットペッパーグルメ外総研は2023年1月19日、「『避ける』と思われている品・技術」についてアンケート調査した結果を発表した。全国20~60代男女を調査対象にしており、有効回答数は男性517件・女性518件の合計1035件。調査期間は昨年11月18~20日。 調査結果によれば、さまざま

    「昆虫食」市場急拡大も...根強い拒否反応 なぜ受け入れられない?識者に聞いた理由と打開策
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    sayamatcher 2023/02/20
    "(1)昆虫があくまでも嗜好品であると認知されること(2)美味しい昆虫が広く食べられること――が重要だという"
  • 既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH - macでインフォマティクス

    2019 6/17 インストール追記 2020 5/15 help追加 2020 7/9 ローカルでの実行例記載 2021 5/13 v6について追記 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物(Natural products)は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分子でもある。さらに、分子生物学および細胞生物学の多くの側面を研究する化学プローブとして科学研究に重要な役割を果たす。多くの微生物ゲノムがこのような分子の産生をコードする複数の生合成遺伝子クラスター(BGCs: biosynthetic gene clusters)を含んでいるという科学的洞察は、天然産物研究のパラダイムシフトにつながった: ここ10年で、バイオアッセイおよびケミストリー主導の古典的な天然産物の探索手法(論文より ref.1)を補完する目的でゲノムマイニングが重要な技術として確

    既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH - macでインフォマティクス
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    sayamatcher 2023/02/18
    “生合成遺伝子クラスター(BGCs: biosynthetic gene clusters)”
  • 北欧の人は日本が羨ましい? デンマークのすごい「自然のプール」が教えてくれたこと | Yahoo! JAPAN SDGs - 豊かな未来のきっかけを届ける

    北欧諸国のひとつであるデンマーク。この国を訪れた時、目の前に広がる幸せな光景に私は思わず「いいなぁ」とため息が漏れてしまいました。 訪れたのは、首都コペンハーゲン港内の海沿いに位置するハーバーバス(Harbour Bath)。都会のど真ん中に、まるでリゾート地のような開放感あふれる自然のプールがあるのです。 夏の太陽のもと、水着で寝転がり、ビール片手に談笑する声。ザブン!という景気のいい音と共にダイブする人。ここはコペンハーゲン市民が短い北欧の夏を謳歌する最高のスポットとなっています。 デンマークの中で一番栄えている都市に、こんなにも自然と人の距離が近くて幸福な光景があることは、私にとって衝撃でした。 ですがもっと驚くべきは、昔はこの一帯が、ヘドロと悪臭でとても人が泳げるような場所ではなかったこと。水質改善を重ね、2003年にハーバーバスとしてオープンしたのです。 「昔と比べて東京の川も綺

    北欧の人は日本が羨ましい? デンマークのすごい「自然のプール」が教えてくれたこと | Yahoo! JAPAN SDGs - 豊かな未来のきっかけを届ける
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    sayamatcher 2023/02/12
    “事例を日本の地域などに導入する場合は、日本の伝統的な文化やいいものを壊さないよう、日本流にきちんと置き換えて入れることが大切 / 技術や設備なども大切ですが、一番大切なのは新しい技術を使っていく人々”
  • 公益社団法人 日本生化学会 » Blog Archive » 生物科学学会連合から報道機関関係者の方々へのお願いについて

    この度、日のメディアが論文をリンクしないからAltmetricスコア上がっていないと思われるという問題提起を分子生物学会から受けました。 運営委員会で検討し、添付の書類を主要メディアに流しますが、各加盟団体の先生方には、各会員が成果をプレスリリースする際には、メディアに引用元の論文を明記していただけるよう、強く要望していただきたいと思います。 「日の科学力」が正当に評価を受けるためにも、とても重要な点かと思いますので、何卒ご協力をいただければ幸いです。 生科連運営委員会

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    sayamatcher 2023/02/10
    “成果をプレスリリースする際には、メディアに引用元の論文を明記していただけるよう、強く要望していただきたいと思います。 「日本の科学力」が正当に評価を受けるためにも、とても重要な点かと思いますので、何
  • 東京オフィスに「katsuo gallery」がオープンしました

    東京オフィスに、写真家として大活躍中の仁科勝介さん(経済学部2020年卒)による「katsuo gallery」がオープンしました。 会議室の壁一面に飾られたのは、東広島キャンパス内の建物屋上から撮影した大パノラマ写真。あたかもオフィス内に鏡山の景色が広がっているようで、圧巻です。 ファミレススタイル席には、西条らしい雪景色を展示中。東広島キャンパス付近、ブールバールからフェニックスタワーを望む風景を、四季ごとに飾る予定です。 みなさま、「katsuo gallery」にぜひ一度お立ち寄りください。 仁科勝介さん ポートフォリオサイト ※外部サイトが開きます ふるさとの手帖※外部サイトが開きます 経済学部4年の仁科勝介さんが日一周の旅を終えました <お問い合わせ先> 広島大学東京オフィス TEL:03-6206-7390 E-Mail:tokyo(AT)office.hiroshima-

    東京オフィスに「katsuo gallery」がオープンしました
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    sayamatcher 2023/02/09
    “会議室の壁一面に飾られたのは、東広島キャンパス内の建物屋上から撮影した大パノラマ写真。あたかもオフィス内に鏡山の景色が広がっているようで、圧巻です”