2011-03-17
旅行が地震の影響で，飛行機が飛ばずキャンセルになったので，積ん読していた本を順に読んでいました．感想文です．4冊とも面白く読めました． ウイルスで有名な河岡先生と渡辺先生の本．今，研究者に進むか，会社に務めるか迷っている人（特に生命系）が居たら，読んでみることをおすすめします．研究者が必ずしも小さい頃から「その道」を選んでいるわけではなく，環境によって，色々進路が分かれてきた様子が見て取れます．特にII部の3章のネイチャーに載るまでの紆余曲折や，II部4章の研究者による研究者の紹介（人生談）は楽しかったです（この章に限らず，渡辺先生の章は，旦那さんとの会話など生活感があって，和みます．女性で研究者を考えている人は参考になる所があるかもしれません）． 「おわりに」の所で，河岡先生が実際に執筆した人の名前を出しているのは，多くの本がゴーストライター（と呼んで良いのか分かりませんが）を表に出さな
生命情報学系論文誌の傾向と対策 - Loud Minority
幸せなバイオインフォマティクス研究生活を送るために、論文誌の傾向と対策です。 バイオインフォマティクス（生命情報学、生物情報学）分野は幅広い生命科学分野をカバーしているので雑誌によって傾向があります。その傾向をまとめてみました。円の大きさは、その雑誌に載ったときの社会的なインパクトの大きさです。バイオインフォ関係の論文が掲載される雑誌は数多ありますが、ここで選択したのは以下の基準で選びました。 生物実験無しでコンピュータ及び数式的な解析だけで載る可能性が有る 種や現象に偏りすぎていない（そのため遺伝学系の雑誌や植物など種を特定したものを省いてあります） ざっくりとした傾向として、 一般的なキャッチーさが求められる雑誌 Nature, Science, Nature系列(Biotechnology, Genetics, Methods), Cell(上記図に忘れています), PNAS 生物学
サーバ管理を理解するための10の心得 - Loud Minority
「サーバ管理、お願い」「なにすればいいんですか？」 という質問に対しての答え文章です。具体的な作業は、その場その場で異なりますし、ネットに情報が繁茂しているので、ここでは心得的なものを示します。 1. 管理する状況を作ろう なんといっても、管理する必要に迫られる事が第1です。自分でWebで動くプログラムを作りたい、という積極的な目的があれば最高。会社や大学でサーバ管理してくれと言われた、という場合なら良い機会です。語学やプログラミング言語同様に、機会に恵まれた方が、サーバ管理は身につきます。 2. 管理対象を明確にしよう サーバと言っても色々な種類があります。Webサーバ、ファイルサーバ、メールサーバ、計算用クラスタなどなど。管理する対象がどれであるか明確にしましょう。一つの管理していくと、実は互いに密接に繋がっている事が分かると思いますが、はじめは何を管理するか目標があった方が分かりやす
Sun Grid Engine を使ってみた - Loud Minority
某所で使えたので、手を染めてみました。 まず、実行するプログラムの用意。最近のコンピュータは速いので、ちょっとした計算は直ぐに実行が終わってしまっておもしろくない。以下の様な（超無駄な）乱数を持った行列生成スクリプト make_rand_matrix.rb を用意。2行目(#$の行)は、後でqsubに実行シェルを渡すおまじない。 使い方 ./make_rand_matrix.rb 3 500結果。3x500の行列(各要素は1か-1)を生成して、各行の平均と標準偏差を計算する 0 -0.16 0.99713876380658 1 -0.16 0.99713876380658 2 -0.08 1.00691486781178 Start: Fri Apr 17 13:24:57 +0900 2009 End: Fri Apr 17 13:24:57 +0900 2009 Time: 0.000
インターネットでの日常的な情報収集 - Loud Minority
(2009/04/02改訂, 2010/02/21改訂） インターネットの情報収集は、できるだけ楽して、毎日自分専用の新聞の様なものを作るかだと思います。というわけで、私のやっていることを学生に公開した文章を転載。 - この文章は、現代の情報化社会で、インターネット上になどに掲載される情報から、意義有るページに少しでも早く、そして多くたどり着いて、ハッピーで刺激的な生活を送るためのガイドです。 インターネットの普及したことで、良い面としては、何かしら興味が有り、調べれば、様々な最新情報にたどり着けること、悪い面としては、何も興味が無ければなにも情報が得られないこと、また、インターネット上の情報のS/N比(Signal to Noise ratio。全体の情報量に対して、意味のある情報の事)が悪いかもしれない事があります。また、テレビなども含め、刺激が多すぎて、小難しい理論の文章をまじめに読
論文での情報収集 - Loud Minority
毎年、年度頭の挨拶でも書いた方が良いかとおもうのですが、形式張ったのもどうかとおもうし、研究室に新入生も入って慣れてくるころなので、何か自分のスキルから学生に役立ちそうなものを書いてみることにしています（昨年と今年）。 自分で公開するのも恥ずかしい、とんでもない駄文ですが、誰かの役に立てばと思い、研究室向けに公開した文章をこちらにも掲載します。今年は、論文の情報収集の話にしてみました。ちなみに、昨年は、インターネットの情報収集の話をしました。1年経って状況も変わったので、アップデートしてあります。http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20080404/p1 - この文章では、個人的には、なんだか当たり前の事を書いています。書いて公開するのを躊躇する位のレベルです。しかし、「この論文読んでみて？」とか「この章読んでみて？」とお願いした時や、輪講の時、その論文や本で参照さ
線形回帰、カーネル線形回帰をRで実装する - Loud Minority
http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20090401/p1 で紹介したカーネル多変量解析本の続き。 演習があるべきだ、と言ったが一般にカーネル法だと、与えられた点の数だけ次元を持つ正方行列を扱うので、演習を作っても手で解くのがつらい。だから、こんな風にソースコードを入れてみるのは、どうかと思ったので、このエントリを書いてみた。 線形回帰からカーネル線形回帰までをRで書いてみる(行列扱うのが楽なので）。式番号は、カーネル多変量解析の本に出てくる式番号である（まだ式番号をつけていないところが多いので、後日つけます付けました。2009/4/3）。 まずは単なるXYプロット。正規分布を鋭角にした感じの点20個。図1.3(P9)の点を真似た。 x1 <- c(-2,-1.69,-1.5,-1.3,-1.1,-0.9,-0.7,-0.48,-0.42,-0.05,0.09,0.
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