2018年8月3日(金) ～ 2018年8月5日(日)の記事・注目研究者 集計期間：2018-08-02 18:00 ～ 2018-08-05 17:59

By Ars Electronica Center 地球上の生き物の細胞内には一部のウイルスを除いて必ずDNAが存在していて、私たちの体を形づくる「設計図」が保管されています。DNAの解析が進むにつれてさまざまな病(やまい)との因果性が認められてきたことから、今度はDNAを分析することで自らの疾病の傾向を事前に把握し、将来のリスクに備えるという「DNA検査」を実施するケースが多く見られるようになってきました。そんな中、ある女性が家系からくる疾病リスクを把握するためにDNA検査を実施したところ、驚くべき事態に遭遇することになりました。 I Had My DNA Picture Taken, With Varying Results - NYTimes.com http://www.nytimes.com/2013/12/31/science/i-had-my-dna-picture-take

はじめに まさかのダイアリーもう一つ作ってみました。（い、いまさらー！！）*1 改めまして ちょうど今、調理冷凍食品からの農薬マラチオンの検出が話題です。 報道も加熱しておりますが、その中で「おやおや」と思うことがありましたので*2、何かわかりやすく説明できないかなー、と思ったのでやってみます。 はじめに：ppmとは parts per million の略。「100万分の」という感じです。 似たもので身近なのが%、(parts) per cent、「100分の」があります。こちらは日常的に使いますよね。ppmは%をさらに細かくしたもの、1% が10,000ppmとなります。 ホースでも羊羹でもなんでも良い、何か長いものを想像して、100個に切ったうちの一つが1%、もーーーっと細かく100万個に切ったうちの一つが1ppmという感じです。 で、このあたりの"なんとか分のなんとか"というものは

2014年、ブログへの初エントリー。ブログ初めということで2014年の予想話でもしようと思う。といっても、2014年のサイエンスにおける予想をNature誌が載せていたので、それを翻訳しつつ、自分の感想を加えて書く程度のこと。元の記事は以下になるので、詳しく読みたい方はどうぞ。 →　What to expect in 2014 : Nature News & Comment 遺伝子改変サル 慶応大学の岡野栄之教授のグループ（参考）を含む、いくつかのグループが免疫系や脳の疾患を持つ遺伝子改変サルの作成を目指しているとのこと。最初のキメラ猿の報告がたった2年前にCellに出たもの（参考）なので、次の段階の論文が出るのは時期尚早な気がするが、疾患解析を目的とした遺伝子改変サルの作成は、間違いなく世界の何処かで進行中だろう。 倫理的な問題をはらんでいるが、マウスよりもサルの方が近縁のため、人間の疾

ベイズ統計学の基礎概念からW理論まで概論的に紹介するスライドです．数理・計算科学チュートリアル実践のチュートリアル資料です．引用しているipynbは * http://nhayashi.main.jp/codes/BayesStatAbstIntro.zip * https://github.com/chijan-nh/BayesStatAbstIntro を参照ください． 以下，エラッタ． * 52 of 80：KL(q||p)≠KL(q||p)ではなくKL(q||p)≠KL(p||q). * 67 of 80：2ν=E[V_n]ではなくE[V_n] → 2ν (n→∞). * 70 of 80：AICの第2項は d/2n ではなく d/n. * 76 of 80：βH(w)ではなくβ log P(X^n|w) + log φ(w). - レプリカ交換MCと異なり、逆温度を尤度にのみ乗す

Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube ちょっと煽って言うなら「ゲノムの問題を理解して処理効率の良いプログラムを書ける人を雇うコスト＞＞＞プログラムなど書いたこと無いバイオの人に Perl で100倍遅いプログラムを書いて貰って実行するコスト」 2013-08-25 17:05:25 Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube というか、そもそもゲノムの問題を理解してくれる人が希少なので、Google に行くようなハイレベル人材じゃぜんぜんなくていいのです。TopCoderで言えば青コーダーぐらいでいい。この業界、青コーダーならトップ2-3%ぐらいだと思う。 2013-08-25 17:10:34

理化学研究所(理研)は12月26日、リンパ球の一種であるナチュラルキラーT細胞(NKT細胞)や、免疫反応の司令塔である樹状細胞を利用して、自然免疫と獲得免疫の両方を活性化させ特定のがんを抑制する「ヒト型人工アジュバントベクター細胞」によるがん免疫療法を開発したことを発表した。 同成果は、理研免疫・アレルギー科学総合研究センター 免疫細胞移植戦略研究ユニットの藤井眞一郎ユニットリーダー、東京大学 医学部付属病院腫瘍免疫学の垣見和宏 准教授、山口大学 共同獣医学部獣医内科学の水野拓也 教授、永井良三 前東大拠点長(現 自治医科大学学長)らによるもので、詳細は米国の科学雑誌「Cancer Research」オンライン版に近日掲載される予定だ。 生体防御を担う免疫系には、先天的な免疫システムでさまざまな種類の抗原を対象に初期防御を担う「自然免疫」と、抗体や多様な細胞性免疫応答によって特定の異物を強

人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される2012.12.26 12:3015,919 satomi ｢完璧な人間なんかいないさ｣と人を慰めることありますけど、あれって本当だったのね！ 英ケンブリッジ大学が179人のヒトゲノムを解読してみたら、本当に完璧な人間がひとりもいないことがわかりました！ DNAには欠陥があって無害なものもあれば病気となって現れる場合もある...というのはみなさんもご存知だと思いますが、｢平均的な人間はどれぐらいの欠陥を持ってるものなのか？｣という部分はこれまで曖昧なままでした。 ケンブリッジ大学のクリス・タイラー-スミス（Chris Tyler-Smith）博士はNPR放送にこう話してます。 ｢これは非常に面白い問題ですね。長年、間接的なアプローチによる推定の試みはなされてきました。重病が絡む変異体の推定数は、ほんの一握りしかないとい

最近情報系クラスタの人々と接触する機会が多かったのだが、彼らの多くは 楽しんでいろいろ試行錯誤して、意識しないままスキルが向上した のだろうな、という印象を持っている。きっかけはいろいろだろうが、通常人よりも時間を投入してきた人たちだと思う。 日本のインフラの力か、もしくはITという領域の特異性か、最新の技術で遊び、遊びから得た知識を応用して次の新しいものに手を付ける。たまに自分で新しいものを作ってみたりする。 それぞれが得意分野を持ってて、互いに一目置いている。その場のノリで僕から見たら神業としか思えないことをやってのける。 うらやましいことこの上ない。 彼らのやってることを僕の専攻でパラフレーズすると 「ところでこのシャーレをどう思う？」 「コロニーが生えてるな」 「こいつを手で暖めると…」 「ちょ…赤くなったwww なんぞこれwww」 「イソギンチャクのRFP (Red Fluore

西洋世界でもっとも無慈悲な資本主義者は誰だろうか？ 彼らの独占の仕方の前では、ウォルマートさえ街角の個人商店にすぎず、 メディア王マードックでさえ社会主義者に見える。 そのような候補者は限りなくあるだろうが、 私が一票を投じる先は銀行でも保険屋でもない。 学術出版社である。 科学や最先端研究を理解することが望ましいということには、誰もが賛意を惜しまない。 最新の知識を欠いては安定した民主的決定は不可能だ。 しかし出版社はその門の前に立入禁止の札を掲げる。 タイムズ紙やサンデー・タイムズ紙をアクセスするのに24時間あたり1ドルという、 マードック流の購読システムには飽き飽きしている人も多いだろう。 しかし、少なくともその期間内はいくつでも記事を読めるし、ダウンロードしておくこともできる。 エルゼビアの出版する学術雑誌では、1つの論文を読むのに31.50ドルかかる（原注１）。 シュプリンガーは

2012年2月4日 The Economist 雪崩は、たった一粒の小石によって引き起こされることもある。 1月21日、ケンブリッジ大学の数学者 Timothy Gowers が、 長年に渡ってエルゼビア社の論文誌をボイコットしている理由について、ブログに書いた。 オランダに本社を置く同社は、一流誌 Cell や Lancet をはじめとする定期刊行誌を2000誌所有している。 ノーベル賞の数学版とされるフィールズ賞を受賞した Gowers 博士は、この状況を望ましくないと考え、 今回のブログ記事が他の学者もボイコットに参加するきっかけになれば、と望んでいた。 実際、それが起こった。 Gowers のブログに感化されて、数学者 Tyler Neylon がオンライン署名サイトを設置し、 そのサイトを通じて研究者2700人以上（訳注：日本語訳執筆時点では5300人以上）が署名し、 自分の研究

同じ質量の綿と鉄はどちらが重いか。 この問題は簡単ではない。どんな質量の綿や鉄を想定するかによって答えは違う。例えば、1000億太陽質量の鉄と綿だったら両者とも即座にブラックホールだ。両者の終状態はほとんど変わらない。ブラックホールは元の天体が持っていた個性をベリベリと引き剥がしてしまう。 では、もっと質量を減らして１億地球質量だったらどうか。 1億地球質量の綿と１億地球質量の鉄、どちらが重い？ だいたい恒星質量の上限域に相当する。300太陽質量だ。 綿は自己重力で潰れていき、位置エネルギーの解放によってどんどん温度を上げる。中心部の温度は100万Kを超え水素の核融合が起こる。巨大な赤ちゃん星の誕生だ。莫大なエネルギーが発生し物質が宇宙空間に激しく流出する。ただし、綿は質量の大部分を炭素と酸素が占めており、恒星と白色矮星の中間のような組成だ。わずかな水素を使い果たすまでは延命すると予想はし

RとBioconductorでNGS解析: 2限 RNA-seq データ解析 はじめに この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」2限目「RNA-seq データ解析」の講義資料です。 この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。 対象 ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った RNA-seq