Nitrousに限りませんが、無償でNitrousを使っている場合には、ひとつのBoxの中で複数のアプリケーション開発することになります。この場合、各Railsアプリケーションは、それぞれのgemfileを通じてライブラリをインストール、利用することになりますが、すべてのライブラリが全てシステムフォルダ内に格納されます。 ~/workspace/xapp9(master)$ gem which rake /home/action/.parts/packages/ruby2.1/2.1.2/lib/ruby/2.1.0/rake.rb コンフリクトしたりすることは基本ありませんが、安全なアプリ開発をするために、各Railsアプリケーション内部にgemfileのライブラリがインストールされるように設定を変更します。方法は、bundle installを以下の通り、オプションをつけて実行するだけ