flake8 のドキュメントを読むと、 警告を抑止する NOQA コメントについて lines that contain a # noqa comment at the end will not issue warnings. (訳: 末尾に # noqa というコメントがある行は警告されません) と説明されています。 しかし、実際にはすべての警告を抑止できるわけではありません。 例えば、インデントのスペースの数を数える警告(E111)は NOQA コメントの効果がありません。 $ cat test.py name = 'Taro' if name: print 'Hello,', name # noqa else: print 'Hello world' # noqa $ flake8 test.py test.py:3:3: E111 indentation is not a mult