大規模フィンガープリント類似検索のための簡潔マルチビット木の実装を公開しました - Yasuo Tabeiの日記
以前のブログで紹介した簡潔マルチビット木のc++による実装 (Succinct Multibit Tree (SMBT)) を公開致しました。ソフトウェアーはgoogle codeからダウンロードすることができます。 http://code.google.com/p/smbt/ SMBTは去年のWABIで発表した内容にもとづいています。 簡潔マルチビット木に関するブログ記事 : http://d.hatena.ne.jp/tb_yasu/20120808/1344415559 論文 : Yasuo Tabei: Succinct Multibit Tree: Compact Representation of Multibit Trees by Using Succinct Data Structures in Chemical Fingerprint Searches, Workshop
MLAB2012で大規模化合物フィンガープリントの類似度検索のための簡潔データ構造に関する研究発表を行いました - Yasuo Tabeiの日記
8月6日,7日に北海道大学で開催された、機械学習とバイオインフォマティクスのワークショップMLAB2012にて研究発表を行いました。 http://www.cris.hokudai.ac.jp/takigawa/mlab2012/ 発表内容は大規模化合物フィンガープリントデータベースのための新しい簡潔データ構造を提案するというものです。フィンガープリントとは、化合物の部分構造や性質をバイナリーのベクトルとして表現したのもで、自然言語処理におけるbag-of-words (BOF)と同じデータ表現です。化合物類似度検索分野ではフィンガープリントの類似度として、Jaccard (Tanimoto)類似度が標準として使われています。 2009年にKristensenらが高速な類似度検索を可能にするマルチビット木(Multibit Tree)というデータ構造を提案しました。マルチビット木とは、近年
MinHashを用いたSketchSort - Yasuo Tabeiの日記
MinHashを用いたSketchSortの論文がMolecular Informaticsに採択されました。 論文は下のサイトからダウンロードすることができます。 Yasuo Tabei and Koji Tsuda: SketchSort: Fast All Pairs Similarity Search for Large Databases of Molecular Fingerprints, Molecular Informatics, 2011. Link ソフトウェアをgoogle codeにて公開しています。 本論文では、以前紹介したCosine距離に基づく高速な全点間類似度検索法(SketchSort)をJaccard-Tanimoto距離に基づく手法に拡張しました。このため、以前は与えられた任意の２点間のCosine距離をハミング距離で保存したままバイナリ文字列へとハッ
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