Rapache (mod_r) を使って R で CGI を書くよ。グラフ画像出力編
FASTQ/A file からシーケンスアダプター配列やプライマー配列を除くためのプログラムをまとめてみる。 まず、配列の除去には大別して2つの方向性がある。ひとつは、アダプター配列を含む「リード」を除いてしまう方法。もうひとつは除きたい配列をリードからトリムする方法である。後者のほうが有効リードが増えるメリットが、綺麗に除ききれない場合は、ゲノムへのマップ率が下がる。 気をつける点としては、アダプター/プライマーの reverse complement を検索するかどうか。paired end の際には大事になる。クオリティでトリムできるものや、Paired-end を考慮するものなどもある。アダプター/プライマー配列の文字列を引数として直接入力するものと、multi fasta 形式で指定できるももある。 From Evernote: シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめ TagDu
Rapache (mod_r) を使って R で CGI を書くよ。Hello, World編
みなさん、こんばとらー。仕事で遺伝子発現データベースを作っているのですが、表示するグラフが Pixiv が保有する全イラスト数である490万枚 (2009/06発表) を越えてしまいました、やりました!(なにが? 所内の内部向けなので、PVが数百ですがw むこうは2億PV。 画像を吐くために Sun Grid Engine で PC クラスタをぶんまわしたりしています、頭わるいですね。数値データをグラフにするだけなので、WWWサーバで on the fly でグラフを描画すべきなのですが、サーバが Celeron, メモリ 800MB というという有様だったので躊躇していました。今回は新しいサーバに引っ越したので、R で on the fly 描画にトライしたいと思います。 まずは mod_R, いわゆる rapacheというまぎらわしい名前のパッケージをセットアップし動作するところまでや
Rapacheを使ってRでCGI を書くよ。グラフ画像出力編
前回のつづきです。前回は rapache の設定と簡単なCGIを作ってみました。今度は画像を出力して表示する CGI を作ります。内容は、乱数を適当に作ってヒストグラムを作画するCGIです。画像はランダムなファイル名で保存します。 [html] # Functions header <- function(contenttype) { setContentType(contenttype) } html.head <- function(content) { cat("<head>\n") cat(content) cat("</head>\n") } html.body <- function(content) { cat("<body>\n") cat(content) cat("</body></html>\n") } randomFileName <- function(prefi
R + Rapache + brew + ggplot2 + RSQLite で作る遺伝子発現データベース
さて、新しいおもちゃを手に入れたら、遺伝子発現データベースを作ってみるというのは定石(主に俺の)なので、作ってみました。 SQLite に発現データをつっこんだデータを RSQLite で取り出して、ggplot2 でプロットし、brew でHTMLを出力しています。 Amazon EC2 上で動作しています。ggplot2 の描写が遅いため、かなりもっさりしていますねー。Amazon EC2 Small Instance は Xeon 1.0-1.2 GHz, 1.7 GB memory 相当らしいです。ggplot2 で画像を on the fly 生成するのは現実的ではなさそうですね。plot() などを使うか、Google Chart API を使うのが現実的かもしれません。また、時間があるときに、plotrix などほかのライブラリと速度の比較をしてみたいです。 Simple G
Rapache (mod_r) を使って R で CGI を書くよ。テンプレートエンジンBrew編
前回は寧n、いえ、なんでもないです、前回のコードでは、cat() を使ってがんばってHTMLタグを出力していました。これは気持ち悪いです。RのコードとHTMLのコードを分けておかないと、どちらかに変更があった場合に、お互いの影響に配慮しながら修正をしなければならなくなります。これは面倒ですね。 こんなときは、テンプレートエンジンを使って、HTMLを作る部分とRのコードをなるべく分けるのが良いですね。R にも Ruby でいうところの erb のようなテンプレートエンジンがあります。今回は、brew というテンプレートフレームワークを使います。 brewのインストールと設定 まず brew をインストールします sudo R install.pakcages("brew") q() 次に apache の設定をします。 sudo mkdir /var/www/brew sudo jed /e
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rApacheをためす: Taglibro de H
R: rapacheで東京電力の電力使用状況グラフをえがく: Taglibro de H
Ubuntu – Error
RでつくるWebアプリ～rApache編～