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バー理科室の備忘録 - FC2 BLOG パスワード認証
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TAKENAKA's Web Page: 有意性検定の無意味さ
The Insignificance of Statistical Significance Testing 統計学的な有意性検定の意味のなさ Johnson, Douglas H. 1999. The Insignificance of Statistical Significance Testing. Journal of Wildlife Management 63(3):763-772. Jamestown, ND: Northern Prairie Wildlife Research Center Home Page. http://www.npwrc.usgs.gov/resource/1999/statsig/statsig.htm (Version 16SEP99). この論文の存在は， 久保拓弥さん（北大）の ページで知りました． The Wildlife Soci
質量分離の原理
単収束扇形磁場型質量分析計 magnetic sector mass spectrometer 一定のエネルギー（電圧）で加速（加速電圧）された同じ質量電荷数比のイオンは、一様磁場の中を通過する時その方向に多少の開きがあっても同一点に収束させることができます。これを方向収束（Direction focusing）といいます。 一定のエネルギー（電圧）で加速（加速電圧）されたイオン群が一様磁場の中を通過すると、軽いイオンほど軌道が曲げられます（分散）。 そこで、それぞれの質量を持ったイオンが検出器に収束する様に磁場強度を走査することにより、質量スペクトルが得られます。 単収束の場合、イオン群の速度（加速電圧）にばらつきがある場合はそれぞれの速度毎に収束するため分解能が低下します（光の場合色収差と呼びます）。そこで速度の収差を補正するため（速度収束（Velocity focusing））に二重
落ち穂拾い - Apeman’s diary
すでにあちこちで指摘されていることですが、toledさんや hokusyuさんが（そしてそれを受けて私が）「持ちネタ」たるホロコーストをなんの必然性もないのに持ち出した…ということにしたがっている人に限って、fuku33氏がトリアージをひきあいに出す必然性があったのか、「ネタ」として扱ってなかったのか、をこれっぽっちも考えようとしていないことは実に興味深いです*1。ちなみに、他人を代弁することは避けて私自身についていうなら、「トリアージをネタ扱いするな」という趣旨での批判はしていません*2。これまた幾人もの方が、経営学における「資源の有限性がその合目的的な最適配分を促し、戦略性やリーダーシップや組織内の規範意識も意思決定も価値判断もそこから始まる」という発想を教えるうえでトリアージをひきあいに出すのはむしろ不適切なのでは、と指摘されていますが、少なくともトリアージ以外の例があり得たことは間
マネジメント、トリアージとドラッカー - 赤の女王とお茶を
ケーキ 「かわいそうなぞう」はなぜ「かわいそう」か 別に誰を批判というわけではなく、これらを読んでふと思いついたことですが。 fuku33さんのエントリにhokusyuさんがナチズムを持ち出してきて、確かにいきなりの飛躍のように思えるのですが、考えてみるとそもそもfuku33さんの教えておられる経営学、創始者はかのピーター・ドラッカー。 そしてドラッカーのキャリアはナチズムへの批判と分析から始まっていたりするのです。 ドラッカー名著集9 「経済人」の終わり 作者: P・F・ドラッカー,上田惇生出版社/メーカー: ダイヤモンド社発売日: 2007/11/16メディア: 単行本購入: 2人 クリック: 58回この商品を含むブログ (30件) を見るナチズムを体験したドラッカーはアメリカへ渡ってこの書を出版し、二度とあのような事態を引き起こさないための組織・社会運営の方法について考え始めます。
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GFPN1にIRESを入れてるので たぶん作りたいのは [目的遺伝子-ires-GFP] という構造なのですよね？ IRESは一般的に２次構造を作るのでIRESの 後ろのATGの位置が良くないとそのタンパクが ribosomeでの翻訳が始まりにくいのです。 そのため文献などでは1桁下がると書いてあるのです。 TK-1さんのおっしゃるとおりIRESの場合この手の話は多いのです。 もしIRES-GFPでこのままやりたいなら、自分でRNAのfoldingとかを計算してIRESの後ろにspacerを入れてATGの位置を工夫するとかすれば発現量は上がりますが、時間かかるからあんまりすすめません。 実験の目的が何なのでしょうか？ 発現させた細胞をFACSとかで回収したいのならば、IRES-mCD4とか 既にいっぱい世の中に出回ってるのを入手して抗体で集めて回収するとか、 In
人工の雷 in アクリル板 - doublet’s diary
雷の写真を撮ろうと試みること数回、いまだに達成できてない doublet です。こんにちは。 タイミングが合わず、カメラを向ける方向もわからないので雷の撮影は難しいのです*1。 写真がないとイメージがつかみづらいでしょうから、今日は人工の雷について紹介します。 原理はこの間書きましたが、電子流を加速して（数メガ電子ボルトという大きい運動エネルギーで）プラスチック板に叩き込み、これをアーシングして放電させるというものです。 用意するものは PMMA板（いわゆるアクリル板）、電子線照射施設、アースの付いた千枚通しです。 どちらの家庭にもありますよね。 まずはアクリル板です。厚さ１ｃｍは欲しいです。 幅は適当です。 けっこうアクリル板が高いんですよね。主婦の敵。 これに電子線を照射します。当てる時にチェレンコフ光が見えるので注意してください。 やりすぎると勝手に放電して絶縁破壊されちゃうので、「
多分世界で最初のとんかつ評論家 元木一朗のブログ:ブログでバイオ 第２７回「バイオ人材のキャリアパスを考えるためのウェブサイト、どうでしょう？」
「ブログでバイオ」に新しい方々が次々と参入してきてくれました。そろそろ僕も書いておかないと、フォローするのが大変になりそうです（笑）。さて、それぞれのパスに応えていきたいと思います。 まず、５号館のつぶやきさんの２２回「場外から乱入： 大学院生やポスドクたちは社長になりたいのか？」というエントリーについて。 ほとんどすべての大学院生・ポスドクが研究者指向である 僕はこの現状にこそ問題があると思っています。「研究者」という言葉の定義の問題もあるのですが（たとえばテクニカルスタッフは研究者なのか、といったところについて明確にしておかないと、議論が食い違う可能性があります）、研究者を「実験をやることによって食い扶持を確保する人」ぐらいに、あえて幅広く定義したとしても、この進路はあまりにも狭いと思います。 僕が学生だった頃は理科系の学生の文系就職が盛んで、僕の先輩達の中にも大学院を出て証券会社や都
My Tips
1. 怠け者のためのゲノムＤＮＡ抽出法 2. ４連ピペットと25レーンコーム を用いた アガロースゲルへの迅速ローディング 3. マーカー ＆ ローディングダイ 4. ベクター脱燐酸化の落とし穴 5. マルチテンプレートＰＣＲにおける組換えの抑制 6. 慌て者のためのコンピテントセル作成法 7. 安上がりコロニーダイレクトＰＣＲ 8. ４色蛍光シークエンスキット用 ＰＣＲダイレクトシークエンスのこつ 9. ETキットをABI3100（Win2000バージョン）で泳動する 10. ABI3100シークエンスけちけち大作戦 11. phred/phrap/consedを使う 12. BioEditを使う 13. Auto-primerのインストール （Linux版） （Windows版） 14. 小ネタパラダイス 15. ちょい便利ファイル 16. 旧ABI373用のTipsはこちら ここに書
横浜市
横浜市役所 〒231-0005 横浜市中区本町6丁目50番地の10 法人番号：3000020141003 所在地案内 組織案内 市役所開庁時間 月曜日から金曜日の午前8時45分から午後5時15分まで （一部の窓口では開庁時間が異なる場合があります） ※祝日・休日・12月29日から1月3日を除く お問合せは横浜市コールセンターへ 午前8時から午後9時まで（年中無休） 横浜市コールセンター 電話：045-664-2525 Q&Aよくある質問集で調べる 市政へのご意見・ご提案はこちらへ 市民からの提案 横浜市役所 〒231-0005 横浜市中区本町6丁目50番地の10 法人番号：3000020141003 所在地案内 組織案内 市役所開庁時間 月曜日から金曜日の午前8時45分から午後5時15分まで （一部の窓口では開庁時間が異なる場合があります） ※祝日・休日・12月29日から1月3日を除く
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最近、constructが終盤に差し掛かって、 ハタと気づきましたので、調べてみました。 promegaで以下のような記載がありました(抜粋)。 Kozak配列と呼ばれるコンセンサス配列は、開始コドンAUGを含むACCAUGGとされています。-3(AUGコドンから3塩基上流)に位置するプリン残基は、翻訳効率に顕著な影響を与えます。-3の位置にピリミジンがあると、-1／-2／+4の変更が翻訳効率に、より多くの影響を与えるようになります。-3の位置がプリンからピリミジンに変更された場合、発現レベルは最高95%まで減少します。+4の位置は影響が少なく約50%の減少が見られます。 ‐3位のプリン基(通常はA)が翻訳開始に決定的な役割を果たしており、このAが無い場合は+4位のGが重要になってきます。 自分の場合、GCCACCをATGの頭に付け直しましたが、ATGのあとのGは変えてませんので
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vectorとinsertの制限酵素処理をした後はゲルで切り出すことにしているので、脱リンは強力にガッツリやる派です TAKARAのカタログによるとTrisは濃い方がCIAPもBAPもききが良くなるようなので、制限酵素処理をした後にAlkaline Phosphatase bufferをさらに1/10量加え、そこにBAPも加えて65℃で30分でやってます 今までにスクリーニングで50遺伝子ほどクローニングしたり レンチウイルス用の大きなベクターもいじくったりと色々やりましたが この方法でしくじったためしがありません 今ではすっかりコロニーPCRも制限酵素処理して確認するのも金と時間と労力の無駄で馬鹿馬鹿しくてやりません コロニー一個つついて即シークエンスで終わりです
遺伝子オントロジー - Wikipedia
遺伝子オントロジー（いでんしオントロジー、英: gene ontology、GO）とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。 1990年代後半から、生物学における実験手法の革新（DNAシーケンサーやDNAマイクロアレイなど）や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、さらに異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。 実際のデータ[編集] 図1：AmiGOによるトップレベルGO Tremのグラフ化。 GOで定義された用語は、GO term と呼
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