1949年(昭和24年)の国家行政組織法施行前は、事務次官の役職名は単に「次官」であったため、会議名称は「次官会議」であった。これが国家行政組織法により次官は「事務次官」と改められたため、会議名称も「事務次官会議」と改められた。 さらに1957年(昭和32年)7月30日の閣議決定により、総理府総務長官が閣議に陪席することとされた[13]ため、総理府の事務方トップである総務副長官が事務次官会議の構成員となり、会議名称に「等」が挿入されて「事務次官等会議」と改称された。なお総理府総務副長官の参加以前にも事務次官以外の構成員は存在したが、その時点では「等」は挿入されていなかった。 次官会議は、内閣制度が創設された1886年(明治19年)頃から、法令上の根拠がない非制度的機関として存在した。当時、同会議を主宰するのは内閣書記官長であった[14]。 戦前の次官会議は、基本的に週1回木曜日に開催される