開幕からしばらくは下位に低迷した。ストイコビッチ自身も判定に対する苛立ちから審判に食ってかかり、出場停止が明けては退場処分を繰り返し、負けが続いたチームの足を引っ張った[36]。しかし、5月の中断期間に行ったキャンプでベンゲルの戦術が再確認され、1stステージは15勝11敗(中断期間後は9勝1敗)の4位でシーズンを終えた。ベストイレブン投票ではミッドフィールダー部門最多の得票を集めて選出された[37] 2ndステージ開幕戦のジュビロ磐田戦では1得点3アシストの活躍でマン・オブ・ザ・マッチに選ばれた[38]。ファンは彼のプレーに魅了され、応援団のコールで叫ばれる名前は「ストイコビッチ」から「ピクシー」に変わった[38]。ヴェルディ川崎との直接対決に敗れて優勝は果たせなかったが、17得点29アシストの活躍を見せ、得点王の福田正博に大差をつけてリーグ最優秀選手に選ばれた[39]。天皇杯ではヴィッ