HPVワクチン副作用（仮）とHLA遺伝型との遺伝的関連についてのメモ - aggren0xの日記
HPVワクチン副作用の話。 以前から話題になってはいたみたいなので（http://togetter.com/li/906273）す。このtogetterには「HLA-DPB1*0501が92%（11人）だった」、とあるので、この時点で調べたのは12人くらいだったのかな。 それから最近これが出て http://mainichi.jp/articles/20160317/k00/00m/040/109000c 研究班は信州大と鹿児島大で、ワクチン接種後に学習障害や過剰な睡眠などの脳機能障害が出た１０代の少女らの血液を採り、遺伝子「ＨＬＡ−ＤＰＢ１」の型を調べた。 その結果、「０５０１」の型の患者が信州大で１４人中１０人（７１％）、鹿児島大で１９人中１６人（８４％）を占めた。 「０５０１」は一般の日本人の集団では４割程度とされ とある。 「7~8割」と減っているのだけれど、サンプルサイズが増えた
日本人の血筋を追っていったら・・・ - aggren0xの日記
日本で、ランダムに1000人くらいの血筋を追っていったときに、その先祖あっ.. 分子生物学の知見ならびに遺伝学の法則の教えるところによると、父親または母親の持つ遺伝情報のうち子に伝わるのは半分である。祖父から孫に伝わる遺伝情報は1/4で、曽祖父からひ孫へは1/8である*1� 。たった3代前について、「その代に偉大なる名家の血を継いだひいおじいちゃんがいたおかげで私が優秀なのである！」なる可能性について考える。二つの可能性があって、 常染色体上のたった1つの遺伝因子+環境因子で優秀さが決まるとするならそれが自分に伝わる確率は��1/8なのであって、自分の世代の兄弟・いとこのうちその優秀遺伝因子が影響するのは8人いたら1人しかいない。 もし常染色体上のN個の（少なくともN > 100くらいの）遺伝因子+環境因子によって決まるとするならば、遺伝的組換えが起こることを考えるとそのひいおじいちゃんの
笹井先生の会見 - aggren0xの日記
率直な感想として、「正直に言い訳した」って感じで面白かったです。 笹井先生ご自身は、うわさに聞く通り優秀な方なのだなぁと思いました。会見を聞いていて楽しかった。 大衆の意思を操作することで、科学の世界をねじ伏せようとする小保方会見のような恐ろしさや凄みはなく、いらだちも感じませんでした。 Natureクラスの論理骨子はすでに崩れているが、まだ見込みはあるので再度構築したいというのが笹井先生の言いたいことでした。 それはそれでいいんじゃないでしょうか。まあ分野の近い専門家の方はまた違うご意見をお持ちのこともあるでしょうが。 もちろんまだまだ疑義は残っているし、会見でごまかしているところも見受けられたけど、いまでもNature論文だと思うとそういうのが大変気に入らないでしょうが、実質的にはすでにそんな栄誉を与えられた研究テーマではないわけで、学会でもよく発表されるような単なる数ある仮説の一つで
ランダー・グリーン・アルゴリズム（５） - aggren0xの日記
こういうのはですね、途中で間をあけると飽きて終わりになっちゃうのでですね、書ききってしまおうかと。 エルストン・スチュワート・アルゴリズム ランダー・グリーン・アルゴリズムの前段階である、エルストン・スチュワート・アルゴリズム*1について説明します。 前回、全家系の尤度を得ました。 しかしこれは、各個人すべての可能な遺伝型について全ての組み合わせを見ており、大変なだけではなく無駄があります。これを、ループのない（近親婚のない）家系においては情報量を失わずに計算量を大幅に減らすのがエルストン・スチュワート・アルゴリズムです。peeling algorithmとも呼ばれます。 この図の家系で考えてみます。 この図について、前回ご紹介した尤度を用いると次のような計算になります。 総当りしてるわけですね。大学入試の確率の問題を力技で解く要領です。式の改行は私の環境に合わせてやりました。 ここで、和
環境省ゲノムのやつ - aggren0xの日記
福島県住民のゲノム検査断念の理由を ゲノムの解読過程で機械的な誤りが生じるため、専門家からは「親子間に違いがあったとしても放射線の影響なのか、他の要因なのかも区別できない」と妥当性を疑問視する声が続出。さらに、実子ではなかったことが解析で明らかになった場合の倫理的な課題も指摘されていた。 http://mainichi.jp/select/news/20130312k0000m040022000c.html と書かれていますが、ちょっとよくわからないです。 まず第一に後者の倫理面の問題ですが、これは確かに重大な課題ですが、これ自体が計画全体を中止させるものとまでは言えないと思います。とはいえこの問題点の指摘は正当です。 最初のやつ『ゲノムの解読過程で機械的な誤りが生じるため、専門家からは「親子間に違いがあったとしても放射線の影響なのか、他の要因なのかも区別できない」』というやつなんですけど
「遺伝的プライバシー」という話 - aggren0xの日記
なにかNatureにちょっとした記事があったので要旨をまとめてみました。 Genetic privacy needs a more nuanced approach これは、最近Scienceに発表されていた、匿名化されたゲノム情報について、いくつかの表現型情報（年齢など）、それから無料の公的データベースを使うだけで、名字を推定できるという研究*1を受けたものです。 日本でもバイオバンクやらゲノムコホートがいくつも走るようになってきていて、個人のゲノムデータが収集されています。日本では、一般的には非公開でやっていることが多いのですが、欧米では公開されたデータベースも多い。当然匿名化されていますが、しかし上述の論文によれば、この中にあるデータが誰のものであるか、がわかってしまう可能性があるということです。このような時代において人はどのようにゲノム研究に参加するべきか・・・もしくはしないべきか
放射線のせいなのか？そうではないのか？ - aggren0xの日記
甲状腺がんのお子さんがいらっしゃったとのことです。ちなみにぼくは内分泌外科専門ではございませんのでそこら辺の話については話半分で聞いておいて下さい。 http://mainichi.jp/select/news/20120912k0000m040046000c.html 癌種は報道されていないものの髄様癌とかいうおかしな癌だったりリンパ腫、未分化癌だったりしたらその癌種自体が報道対象になるはずなので多分乳頭癌でいいのでしょう。手術をされるにしても経過観察になるにしても、それほど悪い予後はあまり想像できないと思います。手術をされるなら、無事終わることをお祈りしたいと思います。 乳頭癌だとしたらおそらく疫学者や医者のほとんどがこれ放射線じゃないっぺ〜と思うとは思いますが（疫学者はともかく医者の場合、進行が遅い癌は発症から検出されるまでも遅いものだという直感の問題だと思います）、反原発過激派はも
妊婦のダウン症検査の話、陽性的中率 - aggren0xの日記
オーダーメイド医療シリーズを書くと言いながら止めておきながらこんなことをして少し後ろめたいですが、頭の体操として。 妊婦血液で出生前検査 異常９９％判明 http://www3.nhk.or.jp/news/html/20120829/t10014608571000.html これにおいて 「検査の対象は、胎児の染色体異常のリスクが高まる３５歳以上の高齢出産妊婦などとしたうえで」 制限つける必要あるのかねえ というid:wdnsdyさんのコメントが現時点で一番スターが多くついています。ですがこれは絶対必要な条件です。成育医療センターと昭和大の先生方は適切にもこの年齢制限を設定した、というべきです。その理由は知っていさえすれば特に難しいことはなく、ブコメ欄にもいくつも手がかりとなるコメントを残している方はいますが、わかりやすく説明できるかどうかを試みてみるものです。 個人から見た検査の精度
フランスには「理系」と「文系」とあとひとつある - aggren0xの日記
わたしは「アメリカではこうで日本はそうではない。日本は異常だ」「ヨーロッパはこうなのに日本はおかしい」「おフランスはこんなにすごい」とかそういう考え方は基本的に大っ嫌いな人間であります。生理的に受け付けない。 でも、そうではなくて国際的に客観的に違いを見るのは有意義だと思っております。 なんの話をしたいかというと「理系」と「文系」のはなし。この辺りを読ませていただいたので。 http://d.hatena.ne.jp/dlit/20110323/1300908667 「理系と文系をわけるのはおかしい」っていう話は基本的にはアメリカ的視点ではないかと僕は感じるんですよね。あの国ないよね。別にこのご紹介した記事が、アメリカかぶれであると言いたいわけではありませんよ、念のため。 ここであたくしおフランス在住でございますので披露いたしましょう。フランスには三つあるのでございます。「理系」「文系」そ
朝日新聞さん、僕はそのやり方はどうかと思う - aggren0xの日記
まず最初に申し上げますが、わたしは自分が中道よりリベラルだと思っています。朝日新聞や毎日新聞の姿勢はどちらかといえば好ましい報道姿勢だと思っております。 前回投稿にて朝日新聞記事に対し、「朝日新聞はインフルエンザウイルスの感染様式を、本来飛沫感染であるところ空気感染であるように書いていておかしい。特に今回記事のタイトルの書き方では、まるで遺伝子変異が導入されることによって飛沫感染から空気感染に変化するかのようだ」と批判したところ、新聞社に問い合わせていただいた方がいらっしゃいました。 朝日新聞の窓口に問い合わせてみました。 - 記事掲載にあたりインフルエンザの専門家にうかがったところ、 「インフルエンザの場合、咳やくしゃみによって飛び散った体液による飛沫感染のほか、 咳やくしゃみなどで体外に出たウイルスが空気中を漂う塵にくっつくなどして、 その塵などを介しての空気感染もあり、飛沫感染か空気
空気感染と飛沫感染と - aggren0xの日記
あのねえ、何度も書いてますけど私はゲノム科学者ですよ。でも一言申さずにはいられない。 人に感染すると致死率が５割以上の高病原性鳥インフルエンザウイルスは、一つの遺伝子が４カ所変異するだけで哺乳類の間で空気感染するようになることがわかった。 http://www.asahi.com/science/update/0503/TKY201205020671.html ええっ！なんだってっ！インフルエンザウイルスといえば当然飛沫感染様式droplet transmissionを示す病原体ですが、遺伝子変異によってなんと空気感染airborne transmissionに変化するのですか？これは恐ろしい！（・・・なんて、んなわけねーだろ、と思いながら書いてるわけですけど） この病原体の「感染様式」なるものは基本的に感染予防のために分類されています。標準予防策Standard precautionなど
「科学の曖昧さや不確かさに対する皮膚感覚の欠如」を改善するには、なにか素敵な言葉が必要なのではないだろうか - aggren0xの日記
池田信夫さん、いいこと書いてる*1。 http://ikedanobuo.livedoor.biz/archives/51761854.html また、ここで引用されている「科学の曖昧さや不確かさに対する皮膚感覚の欠如が、理系に対する文系、専門家に対する市民、原発現場に対する東電本社、電力会社に対する規制当局や投資家など、様々なレベルで生じたことが、今般の原発危機の原因や対応、除染などの極端な反応の背後にあった。」という齊藤誠さん（先生？）という方のtweetには、もちろん全体として3月からずっと感じていたことではあるけれど、きれいな文章で表されたなと思った。「皮膚感覚の欠如」かあ、と。「欠如モデル」という言葉が一時期話題になっていたことがあったと思うけど、欠如しているのが知識ではなく皮膚感覚ならばなにか対処のしようがありそうなものだ。 http://twitter.com/#!/mako
ゲノム研究から見た血液型占い - aggren0xの日記
血液型占いはあたるかどうか、という話。まあもちろん「あたりませんよ」と言いたいわけだが、その根拠についての話である。まあ赤子の手をひねるような話ではあるが、こういうつまらない話は例によってウケは悪いのでしょうが・・・ 血液型は、ヒトゲノム上の遺伝子によって決定される 血液型というのはヒトゲノムによって決定されるものである。正確には、ゲノムDNA上にコードされているのは糖転移酵素で、赤血球上のH抗原をA抗原に変えるタイプの転移酵素と、B抗原に変える酵素と、酵素の機能が失われているためH抗原のままおかれるタイプが、遺伝子レベルでコードされている。ヒトによって、ゲノム上に持っている酵素のタイプが異なり、これがA、B、Oの血液型の原因となる。たとえば遺伝子型AOというのは、片親由来の染色体上にAに変える抗原を持っているが、もう片親由来の染色体上の酵素は機能が失われている。結果としては、Aに変える酵
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えええ！ - aggren0xの日記