5年前にこんな記事を書きました。 この時はPython2系と3系の共存(というか、Anaconda環境構築のベストプラクティス)に苦労していました。 rnakato.hatenablog.jp 今はほとんどPython3系のみで事足りますが、依然としてdependenciesの問題は解決されていません。 特に、bioconda から多数のツールをインストールしようとするとconflictが多発します。conda-forge と比べて、登録されたツールのdependencyがきちんと管理されていないような印象です。 また、Pythonの公式ライブラリも後方互換をあまり重視していない感じであり、Python3.7で書かれたツールをPython3.9にインストールしても動かないというようなこともあります。 私のようなサーバ管理者からすると、不特定多数の一般ユーザが共有できる解析環境をサーバ上に構