wat-arrayでラクラク実装☆FM-Indexの作り方 - EchizenBlog-Zwei
というわけで大変便利なライブラリwat-arrayを使ってFM-Indexを簡単に実装してみるよ。本格的なライブラリは既にFM-Index++という良いものがあるので、本記事では仕組みの解説を目的とする。 参考資料: FM-index++を公開しました - tb_yasuの日記 An alphabet-friendly FM-index (P. Ferragina, G. Manzini, V. Makinen, G. Navarro, 2004) なお、本記事では前回の記事で実装した(ってほどでもないけど)text2bwt()とLF()を使っている。 話題のwat-arrayを使ってBurrows-Wheeler変換(BWT)してみた - EchizenBlog-Zwei 今回もテキストとしてmississippi#を使う。まずテキストから任意のキーの出現回数を得る関数get_rows(
FM-index++を公開しました - Yasuo Tabeiの日記
FM-indexのC++による実装 FM-index++を公開しました。 http://code.google.com/p/fmindex-plus-plus/ FM-index[1〜4]とは、圧縮全文索引の一種でO(n)時間とO(nlgσ)メモリー(n:テキスト長、σ:文字種類数)で構築することができます。最近では、テキスト処理ばかりでなくゲノム検索[5]など、いろいろなところで応用されています。今回は、クエリーに対する検索操作の内、exact検索、ハミング距離による検索、編集距離による検索の３つを実装しました。それぞれの計算時間は、qがクエリーの長さとすると、exact検索がO(q)時間、 ハミング距離による検索がO(q^σ)時間、編集距離による検索がO((q \times q)^σ)時間です。よって、４文字種のDNAや２０文字種のタンパク質など、文字種類数が少ない対象にはハミング距離
ウェーブレット行列の省メモリ構築方法 - アスペ日記
ウェーブレット行列の構築方法について。 前に書いた記事とは違って、「ウェーブレット行列大好き！」って人*1以外が読んでもあんまり益がない記事だということをあらかじめ書いておく。 内容としては、相変わらず中学生以上の知識が必要ということはないけれど。 上の記事で書いたように、ウェーブレット行列は 2進数の基数ソートと同じような感じで構築できる。 で、基数ソートをするには、元の配列と同じだけの領域が必要になる。 だが、ウェーブレット行列のように各段階でのビット列だけが必要であるなら、その領域は必要ない。 ウェーブレット行列でも、ウェーブレット木のノードのようなものを持っておくことで、配列長のオーダーでなく、文字の種類のオーダー（一般的に配列長よりずっと小さい）だけの記憶領域で構築できる。 ぼくのウェーブレット行列ライブラリである wavelet-matrix-cpp や、 id:echizen
中学生にもわかるウェーブレット行列 - アスペ日記
id:echizen_tm さんの記事「ウェーブレット木の効率的で簡単な実装 "The Wavelet Matrix"」から始まったウェーブレット行列ブームから半年以上が過ぎ、すでに枯れた技術として確立されつつある感があります。 …嘘です。 日本以外ではあんまり来ていません。 理由としては、やはりアルファベット圏では単語境界が明確であるため、こちらの記事で書かれているような「キーワード分割の難易度」といったことがあまり問題にならないということがあるかもしれません。 まあ、そういうわけで局所的に来ているウェーブレット行列ですが、日本語をはじめとする単語境界のない言語圏にとっては重要なネタであると思うため、解説記事を書き直して*1みようと思います。 ウェーブレット行列でできること 主となる操作は、文字列に対する 定数時間の rank() と select()*2 です。 rank() は、「文
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GitHub - hiroshi-manabe/wavelet-matrix-cpp: A test implementation of Wavelet Matrix based on wat-array by Daisuke Okanohara.
