chemoinformaticsでもネットワークアナリシスは重要だと思う。今はマイナーだけど今後精力的に研究されんじゃないかなぁと。 pybel使うとシミラリティベースのネットワークは簡単に作れる。 import pybel mols = list(pybel.readfile("sdf", "pc_sample.sdf")) fps = [x.calcfp() for x in mols] for i in range(len(fps)): ids = [] for j in range(i,len(fps)): if (fps[i] | fps[j]) > 0.5 and i != j: ids.append(mols[j].title) print "%s %s %s" % (mols[i].title, "sim", " ".join(ids)) SIF(simple intera
![化合物の類似性でネットワークを構築してCytoscapeで見てみる](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/2d1bb04610edd6ce449dbed604f6cf797d66f176/height=288;version=1;width=512/http%3A%2F%2Fwww.kzfmix.com%2Fimages%2Fblog%2Fvizchem.png)