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化合物の類似性でネットワークを構築してCytoscapeで見てみる
chemoinformaticsでもネットワークアナリシスは重要だと思う。今はマイナーだけど今後精力的に研究されんじゃないかなぁと。 pybel使うとシミラリティベースのネットワークは簡単に作れる。 import pybel mols = list(pybel.readfile("sdf", "pc_sample.sdf")) fps = [x.calcfp() for x in mols] for i in range(len(fps)): ids = [] for j in range(i,len(fps)): if (fps[i] | fps[j]) > 0.5 and i != j: ids.append(mols[j].title) print "%s %s %s" % (mols[i].title, "sim", " ".join(ids)) SIF(simple intera
michael-unltd 2010/08/11
chemoinformatics

cytoscape
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drkcore
初めてpydevcampに参加したわけですが充実した三日間でした。幹事とセッションリーダーの皆様ありがとうございました。さて、今回はユニットテストの話とかNodeBoxとか(mac持ってないけど)pylonsとか面白そうな話題が目白押しで色々目移りしたのだけど、電子工作力を強化してきた。帰りの電車の中でpylonsまわりをいじってみたのだけどAuthKitのあたりがちょっと理解できなかったので、もうちょっとpylons力も強めないとなと思った次第。というか何か作ろう。あとpylonsのMLもできたナイス即参加。あとは、折角参加するんだったら、なんか発表しないとだめだなぁと。次回はLTでなんか話す気概で臨む。電子工作のセッション Gainerというキットとpythonを使うと、信号を受け取ったり信号を外に送ったりとコンピュタの中だけで閉じるのではなく、現実世界へ干渉するということがお
michael-unltd 2008/03/18
*tips

*tools

mechanics
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Drkcore perlで高階関数
流して読んだら、最後の締めで、今までのチャプターのテクニックを総動員して書くとエレガントにかけるんだぜ的なことが書いてあって、まぁそうだろうなと思うんだけど、全写経してから、コードを眺めながら本を読まないと面白さが伝わりそうになかったわりに、写経する気力がちょっとない。というわけで、気が向いたらまた読むことにした。 6章の無限ストリームと8章のParserが特に面白かったな。
michael-unltd 2008/03/18
*book

perl

*まとめ
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