ファイアーウォールの設定ファイルを直接変更する場合 CentOS 5.3 でのファイアーウォールの設定は、システムに備わっている "system-config-securitylevel" というツールを用いて行えるようになっています。 それについては EZ-NET: Linux の使い方: CentOS 5.3 のファイアーウォールを設定する の方を参考にして頂ければと思いますが、そのツールを使用して設定を編集した場合、それをもとに設定ファイル "/etc/sysconfig/iptables" が生成されます。 このとき、もし "/etc/sysconfig/iptables" の内容を、このツールを使わずに手作業で編集していたりすると、その内容が失われてしまいます。 特定のポートを閉じたり開いたりするなどの簡単な制限ならば "system-config-securitylevel"