2100年、人類は突如宇宙から現れた未知の巨大生命体セイレーネスの襲撃を受ける。衛星軌道上の超巨大加速器ディヤウスは破壊され、約10億人の人々が犠牲となった。 それから6年、セイレーネスによってディヤウスの研究主任だった母マヤを喪った少年ユウは12歳になり、木星の前線基地ヴィマーナに向かう宇宙船に乗っていた。次にセイレーネスの襲撃を受けたら間違いなく人類は滅亡に追いやられる。ヴィマーナはそのために急遽建造された前線基地であり、そこには対セイレーネス艦隊・ナーフディスが配備されていた。 なぜセイレーネスは人類を襲撃するのか? 宇宙のどこからやってくるのか? どのような生命構造を持ち、超越的な攻撃力はどこから生まれるものなのか? 人類は何もわからぬまま、その襲撃に備えなければならない。人々は悲観し、絶望した。 唯一の希望は、ディヤウスで研究されていた未知のエネルギー結晶体を搭載した、対セイレー
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