江戸時代初期に起こった農民やキリシタンによる島原・天草一揆(島原の乱、1637~38年)で、鎮圧に当たった九州の大名が抱えていた「忍者」が暗躍していたことが、近年の研究で明らかになってきた。九州では忍者の存在はあまり注目されてこなかったが、忍者によるまちおこしを目指す動きと連動して各地で史料分析が進んだ。 古文書から松江藩などで忍者の存在を裏付けた三重大国際忍者研究センターの山田雄司教授(日本中世史)は、忍者でまちおこしを目指す佐賀県嬉野市や、NPO法人「福岡忍者普及協会」(福岡市)から、それぞれの地元で忍者が実在したか調査を依頼され、2017年から九州の古文書を調べている。