SAM形式とBAM形式 - Qiitaはじめに SAM/BAM ファイル形式についてごく簡単にまとめます。 SAM/BAM形式とは bwa, STAR, hisat2 などのalignerで、FASTQファイルをリファレンスゲノムにマッピングした際に生成されるファイルです。Sam(Sequence Alignment/Map)はテキスト形式で、Bam(Binary Alignment/Map)はバイナリ形式です。 公式の仕様書 SAM/BAM and related specifications SAM v1 SAM(file format) - Wikipedia SAM/BAMは BWA や Samtools の開発者の Heng Li さんが策定したファイル形式です。 元論文 The Sequence Alignment/Map format and SAMtools Heng Li's blog SAM/BAM/sam
