PyMolで3D PSAを計算しようとする話 - magattacaのブログ
先日の記事で、下記文献を例に3次元構造の指標であるRadius of gyrationについて取り上げました。 論文1) Solution Conformations Shed Light on PROTAC Cell Permeability Yoseph Atilaw, Vasanthanathan Poongavanam, Caroline Svensson Nilsson, Duy Nguyen, Anja Giese, Daniel Meibom, Mate Erdelyi, and Jan Kihlberg ACS Medicinal Chemistry Letters Article ASAP DOI: 10.1021/acsmedchemlett.0c00556 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsmedchemlett.0c00556
Pythonで3Dデータファイル(STL)を操作
Pythonでは3Dポリゴンを扱うことができます。STLというフォーマットはポリゴンのXYZ座標を列挙するだけなので、ライブラリを使わずとも扱えますが、numpy-stlというライブラリを使うともっと簡単です。インストールも簡単です。 pip install numpy-stl from stl import mesh from mpl_toolkits import mplot3d import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np def show(data): figure = plt.figure() axes = mplot3d.Axes3D(figure) axes.add_collection3d(mplot3d.art3d.Poly3DCollection(data.vectors)) scale = data.points
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