トポロジカル極性表面積は計算コストの低い推定PSA
化合物の性質を表す指標として様々な「記述子」が開発されてきたことを「RDKitにおける記述子の扱い方をリピンスキーの法則を通して学ぶ」という記事で説明しました．今回とりあげる極性表面積（PSA）も，分子記述子の１つになります． この記事ではPSAの定義と計算法から，トロポジカルPSAというPSAを低コスト計算で推定したものを紹介します．PSAとTPSAはほとんど同じものとして扱われがちですが，その歴史的背景や特徴を知っておくことで，実際に運用していく際に役立つ場面があると思います． トポロジカル極性表面積のオリジナル文献は次の論文になります．参考にしてください．「Fast Calculation of Molecular Polar Surface Area as a Sum of Fragment-Based Contributions and Its Application to th
PyMolで3D PSAを計算しようとする話 - magattacaのブログ
先日の記事で、下記文献を例に3次元構造の指標であるRadius of gyrationについて取り上げました。 論文1) Solution Conformations Shed Light on PROTAC Cell Permeability Yoseph Atilaw, Vasanthanathan Poongavanam, Caroline Svensson Nilsson, Duy Nguyen, Anja Giese, Daniel Meibom, Mate Erdelyi, and Jan Kihlberg ACS Medicinal Chemistry Letters Article ASAP DOI: 10.1021/acsmedchemlett.0c00556 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsmedchemlett.0c00556
オーバーハウザー効果 - Wikipedia
オーバーハウザー効果（オーバーハウザーこうか、英: Overhauser effect）とは、あるスピンの磁気共鳴の遷移を共鳴周波数の電磁波を照射したときに、そのスピンと磁気的に相互作用している別のスピンの磁気共鳴の強度が変化する現象である。発見の経緯から単にオーバーハウザー効果といった場合には、照射される共鳴線が電子スピン共鳴である場合を指し、照射される共鳴線が核磁気共鳴である場合には核オーバーハウザー効果（nuclear Overhauser effect、NOE）と呼ばれる。 歴史[編集] 1953年にアルバート・オーバーハウザーによる理論計算により、金属の伝導電子の電子スピン共鳴の遷移を飽和させると、金属の核磁気共鳴のシグナル強度が著しく増強されることが予測された[1]。これは学会発表時には熱力学第二法則に反するのではないかと強い批判を受けた。しかし、実際には1953年にはすでに、
接ぎ木 - Wikipedia
V字に接ぎ木し固定されたリンゴの木 接ぎ木（つぎき）とは、2個以上の植物体を、人為的に作った切断面で接着して、1つの個体とすることである。このとき、上部にする植物体を穂木(接穂、継穂、ほぎ、つぎほ)、下部にする植物体を台木という。 通常、遺伝的に異なる部分から構成されている個体を作る技術として用いられるが、穂木の増産・入れ替え、根の病害虫対策、狭い果樹園での受粉、果樹等の育種年限の短縮化、げっ歯類などから受けた傷の治療、接木キメラの育成などの目的で行われる場合もある。 概説[編集] 柑橘類の台木にデコポンを接ぎ木した例（左は接ぎ木後に新たな葉が成長、右上は接ぎ木に失敗し枝が枯れる） 接ぎ木は、挿し木や取り木と同じく有用植物を枝単位で栄養生殖させる方法である。他の方法と根本的に異なるのは、目的とする植物の枝から根を出させるのではなく、別の植物の根の上に目的の植物の枝をつなぐことである。接ぎ穂
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