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Publications Jeremy Barbay, J. Ian Munro, Meng He and S. Srinivasa Rao, Succinct Indexes for Strings, Binary Relations and Multi-labeled Trees, Proceedings of the 18th ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, pp. 680-689, 2007. [http://www.cs.uwaterloo.ca/~mhe/research/conference/soda07_succinctindexes.pdf] [http://www.cs.uwaterloo.ca/~mhe/research/conference/soda07_succinctindexes.ps] [http://w
Burrows Wheeler Transform と Suffix Array - naoyaのはてなダイアリー
,. -‐'''''""¨¨¨ヽ (.＿＿_,,,... -ｧァﾌ| あ…ありのまま 今日 起こった事を話すぜ！ |i i| }! }} /／| |l､{ j} /,,ｨ//｜ 『BWT について調べていたら Suffix Array のライブラリができていた』 i|:!ヾ､_ﾉ／ u {:}//ﾍ |ﾘ u' } ,ﾉ _,!V,ﾊ | ／´fト､_{ﾙ{,ィ'ｅﾗ , ﾀ人 な… 何を言ってるのか わからねーと思うが /' ヾ|宀| {´,)⌒`/ |<ヽﾄiゝ おれも何をされたのかわからなかった… ,ﾞ ／ )ヽ iLﾚ u' | | ヾｌﾄﾊ〉 |／_／ ﾊ !ニ⊇ '／:} V:::::ヽ 頭がどうにかなりそうだった… /／ 二二二7'T'' ／u' __ /:::::::/｀ヽ /'
Sedue Flex - あいまい検索が可能な全文検索エンジン
Sedue Flex - あいまい検索が可能な全文検索エンジン 概要 Sedue Flexは最先端の文字列検索アルゴリズムを利用し、高速なあいまい検索処理を実現した検索エンジンです。ゲノム解析やノイズの含まれた入力データに対する解析で重要となる、ミスマッチを許したあいまい検索が重要となりますが、従来であればスーパーコンピュータ級の処理能力を必要としていたゲノム解析などを１台～数台の PC上で高速に処理することが可能です。 特徴 Sedueに利用されている検索技術そのままでは完全マッチングを効率的に行うことのみが可能となっておりますが、Sedueの検索技術と各種配列アライメント技術を統合することにより、効率的なあいまい検索を実現することができます。これにより文字列の欠落や追加、ミスマッチありの場合でも高速検索が可能となります。Sedue Flexでは、10%～20%の誤りを許した全文検索を、
Compressed Suffix Arrays
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