BioJupiesは、マウント・シナイ医科大学の Ma'ayan 研究室で開発・運営されている、ウェブブラウザ上で、RNA-seqデータ解析のJupyter Notebookを作成することができるツールです。データ解析ツールも多数用意されており、オプションを自由に指定することや作成された図を動かしながらデータの解釈をすることができます。また、作成したJupyter Notebookは個別にURLも発行されるので、データの共有や第三者による再現が可能です。 Jupyter Notebook (読み方は「ジュピター・ノートブック」) とは、ノートブックと呼ばれる形式で作成したプログラムを実行し、実行結果を記録しながら、データの分析作業を進めるためのツールのことです。 見どころダイジェスト 01:09 1. データの選択もしくはアップロード 01:23 1.1. Published Dataのア

TogoVar (日本人ゲノム多様性統合データベース) は、国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)と大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)が共同開発する、日本人ゲノム配列の個人による違い (バリアント)とそれに関係する疾患情報や関連論文などを収集・整理したデータベースです。 TogoVarは、研究プロジェクト横断的に集約した日本人におけるバリアントの頻度情報を提供します。日本人集団として、NBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)に登録されている個人ごとのゲノムデータを集約して得られた頻度情報である JGA-NGSデータセット (125 人の WES (Whole Exome Seq

Unigeneは、NCBIが提供するデータベース統合検索システム Entrez (アントレと読みます: 2013年5月24日現在EntrezはGQueryというサービスに変更されています。) に含まれるデータベースの一つです。Unigeneは遺伝子のESTデータベースであり、様々な遺伝子のEST配列を取得することが出来ます。ESTとは"expressed sequence tag"の略でRNAの一部に当たる短い配列であり、転写産物の“目印”として使われています。また、検索した生物と他の生物種のタンパク質配列を比較することで機能を類推したり、ESTが生物の体のどの部位、発生段階で得られているかなども知ることが出来ます。今回は、マウスのsox2遺伝子を例にしてUnigeneで閲覧できる様々なアノテーション情報を調べ、それらを取得する方法について紹介します。 見どころダイジェスト 00:50 1

Gmailは、Google社が提供する無料のWebメールサービスです。Googleの検索機能を利用したメールのキーワード検索が可能で、必要な情報を素早く探しだすことができます。また、合計 15 GB の保存容量が利用できるので、メールを削除して容量を確保する必要はありません。さらに、ラベルやアーカイブを活用した柔軟な分類機能や迷惑メールフィルタ、チャット機能もあり、非常に高機能なことが特徴です。 今回はメールの送受信、作成方法、メールの検索、また届いたメールを効率的に整理するためのラベルやフィルタ機能の活用方法などについて説明します。 なお、Gmailを初めて使う場合のアカウント作成方法については「Googleドライブを用いてオンラインで書類を作製・編集・共有する 2018」の動画で紹介しています。 見どころダイジェスト 00:39 1. メールの送受信 02:03 2. メール作成に使え

本日の統合TVは、2019年4月6日に開催された国立遺伝学研究所 一般公開 講演会2019から、国立遺伝学研究所 系統生物研究センター 系統情報研究室 川本 祥子 准教授 による「生き物の情報をどう伝えるか」をお送りします。約45分です。 「みなさんは誰かにご自身やご家族の事を紹介する時、どんなふうに説明するでしょうか。 顔や髪型、好きな食べ物、学校や会社の事など。分かりやすく説明しようとすると案外難しいもので、 世界中で研究されている生物のそのほとんどは会ったことも見たこともない生き物です。 今回は情報という観点から見た生物について、遺伝研がバイオリソースプロジェクトで取り組む、 600万の生物個体と遺伝子の情報とその役割について紹介します。」 講演会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

LEfSe（Linear discriminant analysis effect size）は Curtis Huttenhowerらによって開発されたメタゲノムバイオマーカーを発見するためのツールです (原著論文: Metagenomic biomarker discovery and explanation.)。 複数条件下の微生物群集データを対象に、集団の違いを説明できる特徴量(生物種、系統、OTU、遺伝子、機能など)を統計学的に抽出することができ、ある現象を引き起こす原因菌などを探索することにも用いられます。今回は、Galaxy版のLEfSeを使って、ヒトの各部位ごとに細菌叢と酸素利用性を取得したデータをサンプルとして群間比較解析とバイオマーカー探索を行う方法について紹介します。 見どころダイジェスト 00:23 1. データセット細菌叢ファイルを用意する 00:45 2. LE

HGNC (HUGO Gene Nomenclature Comittee) はヒトの遺伝子名を統一・管理しています。HGNCのウェブサイトでは、ヒトの遺伝子名や正式略称(GeneSymbol)、その他関連情報を閲覧・検索することができます。HGNC BioMartの機能を使うと、自分の持っている遺伝子リストに対して、一挙に様々な遺伝子アノテーションを付与することができます。HGNCのマウス版に相当するのがMGI(Mouse Genome Infomatics)です。こちらにもMGI Batch Queryという機能があり、HGNC BioMartと同様に遺伝子リストに対して一挙にアノテーションを付与することができます。ヒトとマウスという2大モデル生物を利用している場合、これらの機能を活用すれば遺伝子IDをおおよそ自由に変換して活用することができるでしょう。

How to use PubCaseFinder: A Case-Report-Based, Phenotype-Driven Differential-Diagnosis System for Rare Diseases PubCaseFinder(Original paper:PubCaseFinder: A Case-Report-Based, Phenotype-Driven Differential-Diagnosis System for Rare Diseases.) is a diagnosis assistant system for rare diseases based on phenotypic similarity. This video explains the basic usage of PubCaseFinder. Please try PubCaseFi

Google フォームは、Google 社が提供するアンケートや応募フォームが作れる無料Webサービスです。イベントの参加登録フォームや日程調整、ウェブサイトの問い合わせページにも応用可能で、とても便利です。カスタマイズが簡単で、画像やYouTube動画を追加して、高度なアンケートを作ることもできます。また、回収したアンケート結果は、Google スプレッドシートにて整理して集計ができ、グラフ化も簡単です。 今回は、Google フォームを使ったイベントの参加登録フォームの作成を例に、基本的なフォームの作成・送信方法と回答の収集、分岐の作成などについて紹介します。 見どころダイジェスト 00:41 1. 今回作成するフォームの紹介 01:07 2. イベント申込み用フォームの作成 01:39 3. 主な質問形式 02:49 4. セクションの追加 05:23 5. 画像の挿入と背景のデザイ

CRISPR/Cas9(ブルー) CRISPR / Cas9 (Blue) - Designed by undefined Edited by 小野 浩雅(ONO, Hiromasa) Taxonomy ID: - https://doi.org/10.7875/togopic.2014.74 Wikimedia Commons

PyMOLは、Pythonで書かれたオープンソースの分子ビューアです。Ver.1.0以降コンパイル済みのバイナリは有料化されていますが、自分でソースコードからコンパイルするか、教職員もしくは学生として登録すれば無料で利用できます。今回は、PyMOLの使い方(基本編)とMacへのインストール方法を解説しています。応用編のTVはこちらです。例として用いている3B7Eは、1918年に流行したスペイン風邪の原因となったH1N1型インフルエンザウイルスの増殖を助ける、ノイラミニダーゼ（NA: Neuraminidase) というタンパク質です。

Tableau Public（タブロウ・パブリック）は、Tableau Software社が提供するデータ可視化・解析アプリケーションです。生命科学分野に限らず汎用な「ビッグデータ」に対して、ドラッグアンドドロップなどを中心にした簡単な操作だけで直感的に可視化と解析を行うことができます。今回は、生命科学分野での利用を想定して、ヒトの脂肪細胞分化のマイクロアレイデータ(GSE1657)を一部改変したサンプルデータを使って、基本的な操作方法について説明します。また、RefExからダウンロード可能なデータを使って、「同じIDを持つデータ同士を結合する」方法の詳細について説明します。 見どころダイジェスト 00:34 1. Tableau Publicをインストールする 01:10 2. データを読み込む 01:49 3. データからグラフを作成する：水平棒グラフ 03:11 4. グラフデータに

NCBI dbSNPは、NCBIが管理・運営しているヒトの一塩基多型 (single nucleotide polymorphism: SNP)に関するデータベースです。今回は下戸遺伝子(Asian Blush)として知られるALDH2の点突然変異を例に、NCBI dbSNPの使い方をご紹介します。 エタノール(エチルアルコール)の代謝産物であるアセトアルデヒドをさらに分解する、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼという酵素をコードしているのが、ヒトでは12番染色体に存在するALDH2遺伝子です。この遺伝子は一塩基多型(SNP)が酵素活性の顕著な違いを生む例としても有名です。ALDH2の多型はGG, AG, AAの3タイプがあり、AGタイプはいわゆる酒に弱く、AAのタイプの人は全く酒を飲む事ができません。欧米人はほとんどがGGタイプであるのに対し、アジア人ではAG,AAタイプの割合が高いことが

TIBCO Spotfireは、Windows環境で利用できるデータ可視化・解析ソフトウェアです。ドラッグアンドドロップなどの簡単な操作で大量のデータから表やグラフを素早く作成し解析できることが特長です。今回は、このTIBCO Spotfireのデスクトップ版を導入する方法から、続いてマイクロアレイデータ解析の一事例(公共データベースから取得したマイクロアレイデータに自分の実験のデータを追加した上で、それらのデータを正規化(Normalize)し、階層的クラスタリング(Hierarchical clustering)を行う)を示しながら基本的な操作方法を紹介します。 今回は発現データの例として、遺伝子発現解析の基準となるデータを閲覧できるRefExで提供されているGSE7307の処理済みデータと、同じくRefExから提供されているGSE7307の組織特異的発現データを用い、公共データと自分

生命科学分野における有用な情報を紹介するウェブサイトです。 だれでも自由に閲覧し再利用することができます。 ・データベースやツールの動画マニュアル ・講演や講習会動画、資料 ・イラスト