米国 国立生物工学情報センター(National Center for Biotechnology Information: NCBI)では、NCBI Structure Groupというタンパク質の立体構造やタンパク質に保存されているドメインの確認、また同様のドメインを持っている物質の検索などに利用できるツール群を提供しています。これらのツール群は大きく分けてMolecular Modeling Database (MMDB)、Conserved Domain Database (CDD)、PubChem、BioSystemsの4つであり、相互に連携しています。今回の統合TVでは、ドーパミンD3受容体(Dopamine receptor D3)を例に、NCBIの構造系ツール群の使い方を解説します。 見どころダイジェスト 01:32 1. MMDB 02:29 2. VAST+(Vecto

本日の統合TVは、2017年5月22-24日に開催されたNGS現場の会第五回研究会から、岩手医科大学 八谷 剛史 氏 による「日本人102名のWGBS解析によるエピジェネティック関連解析の効率化」をお送りします。約18分です。 講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。VisiGeneはin situハイブリダイゼーション　(ISH)の画像データを検索・閲覧できるコンテンツの一つです。UCSC VisiGeneを使うことで、生体内におけるmRNAの局在を画像で閲覧することができ、またそれに関する論文などの詳細情報も得ることができます。 ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使

UCSC Gene Sorterは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。UCSC Gene Sorterは、興味のある遺伝子周辺もしくは遺伝子同士の関連性について、UCSC Genome Browserが持つさまざまなデータを使って文字通り「ソート」することによって容易に検索することができるツールです。最近のアップデートで、GTExプロジェクトで測定された正常組織の発現プロファイルデータを利用できるようになっており利便性が向上しています。関連性のある遺伝子をリストアップした後、それらの遺伝子に関するIDや配列をまとめて取得することができます。今回は、心筋で特異的に発現する遺伝子TNNT2(Troponin T2, cardiac type)を例にして使い方を説明しています。 ちなみに、U

Ensembl Genome Browserは、 EBI(European Bioinformatics Institute) で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。Ensembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを簡単に検索し、調べることができます。ある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。ゲノムブラウザは多種多様な使い方がありますが、その一番基本的な使い方である遺伝子の場所や周辺情報を調べる方法について、Googleマップと対比させて説明します。

f-treeGC (ver.1.1) is a pedigree-creating software program published by Iwate Medical University. The user simply enters genealogical information, and the program automatically creates pedigree charts. Just enter the family relationships, it is possible to draw a family tree automatically. Furthermore, not only the family relationships, it can also draw information of the disease. (Note: Adobe AIR

Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化＆解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。 この動画では、Cytoscape バージョン 3.2.1 のインストール方法と基本的な使い方について説明します。 Cytoscapeの使い方の資料として過去のAJACS講習会で使われた講義資料PDFもご参考ください。 見どころダイジェスト 00:00 1. Cytoscape のダウンロードとインストール 01:20 2. ノードとエッジの追加・名前変更 03:35 3. ノー

TIBCO Spotfireは、データ可視化・解析ソフトウェアです。ドラッグアンドドロップなどの簡単な操作で大量のデータから表やグラフを素早く作成し解析できることが特長です。Spotfire Cloudはそのクラウド版です。ウェブブラウザ上で動作するので、本来Windowsのみで動作するTIBCO Spotfireを導入できない環境でも使用することができます。 今回は、ヒトの脂肪細胞分化のマイクロアレイデータ(GSE1657)を一部改変したサンプルデータを使って、基本的な操作方法について説明します。 見どころダイジェスト 00:33 1. Free Trial の申請方法 01:08 2. 新しい解析を始める 02:02 3. Recommeded Visualizations機能 03:03 4. プロットの作成・操作 03:56 5. 可視化手法の選択 05:36 6. データの絞込み

医薬品 medicine mix - Designed by Wakana Sasaki Edited by 小野 浩雅(ONO, Hiromasa) Taxonomy ID: - https://doi.org/10.7875/togopic.2017.33 Wikimedia Commons png svg AI (Adobe Illustrator) 関連画像

2017-07-03 ヒトゲノム計画: その歴史とインパクト @ NIG International symposium 2017 YouTube版を視聴できない方はオリジナル版ファイル(mov形式)をダウンロードして、ご覧ください。 本日の統合TVは、2017年5月27-29日に開催された2017年国立遺伝学研究所 国際シンポジウム DDBJ 30周年記念シンポジウム ゲノムでわかる生命・環境・進化から、榊 佳之 東京大学 名誉教授 / 学校法人静岡雙葉学園 理事長 による「ヒトゲノム計画: その歴史とインパクト」をお送りします。約40分です。 講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。 ワトソンとクリックによるDNA二重らせん構造の発見は遺伝情報がDNAを構成する4種の塩基(文字)による暗号(文)として書き込まれていることを明らかにし、分子生物学の誕生につな

スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント（Microsoft PowerPoint）の図形描画機能（オートシェイプ）でイラストをつくる方法を紹介します。パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。今回は注射器のイラスト作成を例にパワーポイントの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。 見どころダイジェスト 02:00 1. 写真を挿入する 02:46 2. 図形で輪郭をつくる 04:39 3. 配置を調整する 05:10 4. 色をつける 05:42 5. 前

ノートパソコン (閉) Laptop (close) - Designed by Wakana Sasaki Edited by 小野 浩雅(ONO, Hiromasa) Taxonomy ID: - https://doi.org/10.7875/togopic.2017.25 Wikimedia Commons

ノートパソコン (開) Laptop (open) - Designed by Wakana Sasaki Edited by 小野 浩雅(ONO, Hiromasa) Taxonomy ID: - https://doi.org/10.7875/togopic.2017.26 Wikimedia Commons

実験をするシルエット A scientist at the bench (Silhouette) - Designed by Yuki Fujimura Edited by 小野 浩雅(ONO, Hiromasa) Taxonomy ID: - https://doi.org/10.7875/togopic.2017.24 Wikimedia Commons