ブックマーク / www.jstage.jst.go.jp (15)

  • 集会報告 トーゴーの日シンポジウム2017 バイオデータベース:「作る」から「使う」へ

    科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)では,データの共有と再利用を通じて生命科学研究を推進することを目的として,ライフサイエンスデータベース統合推進事業を実施している。その一環として,毎年10月5日を「トーゴーの日」と定め,国内のDB関係者が集まり生命科学分野におけるDBの統合と利活用にまつわる問題をともに考え,議論を深めるためのシンポジウムを開催している。 2017年はサブタイトルを「バイオデータベース:『作る』から『使う』へ」とし,東京大学弥生講堂において10月4~5日の2日間にわたり開催した注1)。このサブタイトルは,ユーザーの視点に立ち,ユーザーと連携してデータの利活用を推進することが,今後のDB統合においてますます重要になるという認識に基づく。稿では,主催者側の視点からシンポジウムの概要を報告したい。 生命科学分野全般においてDBは利用されて

    sayamatcher
    sayamatcher 2018/02/01
    “NBDCが「トーゴーの日」を開催するのは今回で7回目となるが,参加者数は2日間の合計で292名を記録/一方で,参加者の1/4程度は民間企業に所属しており,学術界だけでなく,産業界からも少なからず参加”
  • 集会報告 BioHackathon 2017報告

    日程 シンポジウム:2017年9月9日(土)~10日(日) ハッカソン:2017年9月11日(月)~16日(土) 場所 シンポジウム:科学技術振興機構(JST) 東京部サイエンスプラザB1会議室(東京都千代田区) ハッカソン:盛岡つなぎ温泉 ホテル大観(岩手県盛岡市) 主催 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC),情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 協力 岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構,盛岡観光コンベンション協会 NBDC/DBCLS BioHackathon(バイオハッカソン)注1)は,2008年にライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が始めた国際会議で,当センターのミッションである生命科学の多様なデータベースを統合的に利用するための技術開発とそ

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    sayamatcher 2018/01/10
    “旧来の研究発表や情報収集を中心とした国際学会ではなく,ハッカソンのような会議を増やしていく方が,共同研究・国際連携の発展により寄与するのではないだろうか”
  • 「情報管理」誌休刊のお知らせ

    平素より「情報管理」誌をご愛読いただきありがとうございます。 1958年(昭和33年)1月,日科学技術情報センター(JICST:現在のJSTの前身)は,海外の学術誌紹介,情報に関する動向紹介,JICSTのサービス情報を提供するための機関誌として,「情報管理」誌の前身となる「月刊JICST」を創刊いたしました。その後1966年(昭和41年)に誌名を「情報管理」に変更し,現在に至りました。 この間,情報通信技術が急速に進展し,それに伴う新たな社会問題が顕在化するなど,情報を取り巻く環境は大きく変化しました。誌の発行主体も,1996年(平成8年)にJICSTと新技術事業団(JRDC)が統合し科学技術振興事業団が発足し,次いで2003年(平成15年)の独法化に伴い,独立行政法人科学技術振興機構となりました。2015年(平成27年)には,国立研究開発法人科学技術振興機構に名称が変わりました。 「

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    sayamatcher 2018/01/07
    “「情報管理」誌はこのような時代の変化,社会環境の変化の中で60年の歩みを重ね,誌面の充実や電子版の発刊などに取り組んでまいりましたが,本誌を取り巻く環境の変化に鑑み,このたび2018年3月をもって休刊”
  • https://www.jstage.jst.go.jp/article/kagakutoseibutsu1962/17/10/17_10_672/_pdf

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    sayamatcher 2017/12/09
    "コレステロール合成阻害剤ML-236Bの発見から臨床まで"
  • データジャーナル『Polar Data Journal』創刊の取り組み:極域科学データの新たな公開体制構築に向けて

    「データジャーナル」は従来の「出版」の枠組みを活用しながら,データの保存や再利用を促すために有効な手法と考えられているが,国際的にも概念形成の途上である。稿では,国内におけるデータジャーナル構築,運用に向けた具体的な検討材料を提供するため,国内での実践例として2017年1月に創刊されたデータジャーナル『Polar Data Journal』を紹介する。具体的には,背景としての国立極地研究所におけるデータ公開の歴史,構想から創刊に至るまでの合意形成プロセス,「データジャーナル」を通じてデータを適切に取り扱うために必要な要件やワークフロー,およびそれらと連携する基盤構築について示す。

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    sayamatcher 2017/06/08
    “データジャーナル『Polar Data Journal』創刊の取り組み:極域科学データの新たな公開体制構築に向けて” 極地研のデータジャーナル #ROIS #NII #NIPR
  • JSTからのお知らせ オープンサイエンス促進に向けた研究成果の取扱いに関するJSTの基本方針

    2017年4月1日 国立研究開発法人科学技術振興機構 近年,情報通信技術(ICT)の急速な発展によって,研究成果(論文,生成された研究データ等)の共有や相互利用が容易になったことで,新たな研究の進め方や手法であるオープンサイエンスの概念が世界的に急速な広がりをみせている。 オープンサイエンスは国際的な枠組みにおいても活発に議論され,2016年に開催されたG7茨城・つくば科学技術大臣会合では,オープンサイエンスに関する世界共通の指針を共有する必要性,及びその推進にあたっての基盤強化の重要性を確認し,共同声明として採択した1。 我が国においては,内閣府「国際的動向を踏まえたオープンサイエンスに関する検討会」が「オープンサイエンスとは,公的研究資金を用いた研究成果について,科学界はもとより産業界および社会一般から広く容易なアクセス・利用を可能にし,知の創出に新たな道を開くとともに,効果的に科学技

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    sayamatcher 2017/05/10
    “JSTからのお知らせ オープンサイエンス促進に向けた研究成果の取扱いに関するJSTの基本方針 ” #NBDC
  • ビッグデータ解析の一例としてのNGS解析とその周辺

    次世代シークエンサ(NGS)は,医療やライフサイエンス分野の諸課題を効率的に解決するための実験機器の一つである.麻酔がもたらす作用メカニズムの解明にも,おそらく利用されているか利用されつつある.例えば,麻酔に伴う重篤な合併症に関連した遺伝子,低酸素や低体温応答関連遺伝子の同定などが考えられる.ほかにも麻酔薬がどの神経細胞中の,どの遺伝子(転写物またはRNA)の発現レベルに,どの程度の投与量で作用するかについても適用可能であろう.稿では,典型的なビッグデータである大量の塩基配列データ(NGSデータ)を効率的に扱うための取り組みを紹介する.

    sayamatcher
    sayamatcher 2016/11/09
    “本稿では,典型的なビッグデータである大量の塩基配列データ(NGSデータ)を効率的に扱うための取り組みを紹介する” #togotv が紹介されている #NBDC #DBCLS
  • 新しい学術ジャーナル出版システムSCOAP<sup>3</sup> 高エネルギー物理学における試み

    2007年からSCOAP3(Sponsoring Consortium for Open Access Publishing in Particle Physics)に関わってきた関係で誌への寄稿を依頼された。日物理学会で学術ジャーナルの刊行に携わっている素粒子実験屋として筆者が持っている問題意識と,学術情報全般の流通と活用に携わっている読者の皆さまの関心が若干乖離しているかもしれない。また,拙文は学会や所属研究機関を代表して書いているものではなく,筆者の個人的見解であることも併せてあらかじめご了解いただきたい。 2.1 高エネルギー物理学あるいは素粒子物理学とは 最初に,SCOAP3を立ち上げた「高エネルギー物理学」分野とは何か,から始める。高エネルギー物理学(High Energy Physics: HEP)は高いエネルギーを持つ粒子の振る舞いを研究する分野である。高いエネルギーを

    sayamatcher
    sayamatcher 2016/06/20
    “SCOAP^3は,著者ではなく図書館が負担する仕組みであり,原理的には世界中のすべての購読料を集めることができれば,入札による抑制効果を考慮すると,財政的に十分な余裕を持つことができるはずである”
  • https://www.jstage.jst.go.jp/article/johokanri/55/4/55_253/_pdf

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    sayamatcher 2016/02/08
    "研究者コミュニケーションを根本から変える文書管理の変革-Mendeley CEOが語る学術情報流通の将来" #roissympo
  • Can the silkworm (<i>Bombyx mori</i>) be used as a human disease model?

    sayamatcher
    sayamatcher 2016/02/08
    Just published in Drug Discoveries & Therapeutics as a review. “Can the silkworm (Bombyx mori) be used as a human disease model?”
  • 研究データ共有の現在 異分野データの統合とデータ引用,日本のプレゼンス

    分野や国境を超えた研究データ共有は世界規模で拡大しつつある。稿は,まず先進事例として生物データの共有に関する総合的な取り組みについて概説したうえで,最近の注目すべき動向として,イノベーション創出に向けた異分野データの統合,および研究データ共有のインセンティブを確立するためのデータの業績化や引用に関する活動を紹介する。また,日の研究機関によるデータの公開状況やリポジトリのプレゼンスについて,トムソン・ロイター社のData Citation Index(DCI)と世界のリポジトリのディレクトリであるre3data.orgを用いて調査した。日の研究機関がかかわるデータは約6万2,000件で全体の4.3%を占めており,分野は生化学・分子生物学,遺伝学,分光学が多かった。re3data.orgに収録されているリポジトリは43件,うち認証リポジトリは10件であった。公開したデータの発見可能性を高

    sayamatcher
    sayamatcher 2015/12/02
    “研究データ共有の現在 異分野データの統合とデータ引用,日本のプレゼンス” #togotv の紹介、ありがとうございましたm(__)m #DBCLS
  • https://www.jstage.jst.go.jp/article/johokanri/55/8/55_606/_pdf

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    sayamatcher 2013/04/23
    「BioHackathon 2012報告」【PDF】
  • BioHackathon 2012報告

    Online ISSN : 1347-1597 Print ISSN : 0021-7298 ISSN-L : 0021-7298

  • JOHOKANRI : Vol. 54 (2011) , No. 3 p.144-151

    [著者抄録]  (独)科学技術振興機構(JST)はライフサイエンス分野のデータベース統合を推進するため,平成23年4月1日にバイオサイエンスデータベースセンター(National Bioscience Database Center: NBDC)を設置した。NBDCは,「データベース統合化のための戦略の立案」「ポータルサイトの構築・運用」「データベース統合化基盤技術の研究開発」「バイオ関連データベースの統合化の推進」の4つを活動の柱とし,ライフサイエンス分野のデータベースを統合してデータの価値を最大化することにより,日の利用者,さらには世界の利用者に貢献できるデータベースセンターとなることを目指す。

    sayamatcher
    sayamatcher 2011/06/01
    「ライフサイエンス分野のデータベース統合を目指して バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)の発足」
  • JOHOKANRI : Vol. 52 (2009) , No. 2 p.77-85

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    sayamatcher 2009/05/06
    生命科学のコミュニケーションから見た科学研究情報流通 BMB2008におけるフォーラムから
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