指導教官の先生に添削してもらっていた論文が金曜日に返ってきた。 先生の忙しさを考えると爆速と言えるペースの添削である。大変ありがたい。 直すことになったのは、細かい表現のミスに加え、Discussionの構成や記述内容なども含まれる。 とはいえ、思ったより真っ赤にはなっていなかった。一度修論に書いていた内容も含まれているので、それもそうかという感じではある。 修正が終わるまでそんなに時間はかからないと思う。 この土日を使って修正を進めるつもりだったのだが、この土日は札幌にしてはかなり暑く、全くやる気が起きなかったので結果としてあまり進まなかった。亜寒帯のくせに30度を超えるな。 筆者の部屋には冷房がないのでそこそこつらい。札幌は冷房なしでも生きていけるというのはあまり正しくない。買った方がいいかもしれない。 研究室には冷房があるので、そこまで出向けば涼しい部屋で作業ができたのだが、この土日

今年の筆者の天気運の悪さは特筆すべきものがある。 まず6月のサンプリング。実質2日の日程のうち、初日は大雨、2日目は暴風だった。 さらに7月の大雪山。強行したもののほぼ雨であった。下山中には雷も少し聞こえた。 そして今日である。 話が大きく逸れるが、学部生向けの実習の中に、「演習林で様々な方法で昆虫を採集し、ハエからダニまで全てソーティングする」という力こそパワーみたいなやつがある。 担当しているのは動物の多様性の研究室で、筆者の所属する植物の多様性の研究室のお隣である。 従って本来筆者とは無縁の実習なのだが、なんと筆者は毎年この実習にTA(ティーチングアシスタント)として参加している。 理由は、「昔趣味で昆虫採集をしていたから」だ。 この実習は8月初めに行われるのだが、その下見として今日演習林まで行ってきたのだった。 ちなみに演習林は苫小牧にある。先生の運転する車に乗って約1時間半かかる

前回からだいぶ間が空いたが、最近論文書いたりデータ消えたり論文書いたりしていたからしょうがない。 今回紹介するのはこちら。 Yamada et al. 2019. Discovery of a kleptoplastic ‘dinotom’ dinoflagellate and the unique nuclear dynamics of converting kleptoplastids to permanent plastids. Scientific Report 9: 10474. うずべんは葉緑体を獲得した祖先から派生した生き物だが、その約半数はせっかく獲得した葉緑体を捨てている。 さらにその後、再度別の藻類から葉緑体をぶんどって自分のものにするケースが複数ある。 この中に、珪藻から葉緑体をぶんどったうずべんの一群が知られていて、dinoflagellate(うずべん)とdiat

PCRとは、Polymerase Chain Reaction (ポリメラーゼ連鎖反応)の略である。 簡単に言うと、適切な試薬を混ぜて温度を上げ下げするだけで、DNAの狙った配列を指数関数的に増やすことのできる技術だ。 現代生物学の発展に最も貢献した発明は何かと問われれば、真っ先に挙げられるのがPCRだろう。 DNAの配列、すなわち遺伝情報からは、莫大な量のデータを得ることができる。PCRが広まった1990年代以降、遺伝子解析の速度が急激に増し、これまで見えなかった事実が次々と見え始めた…らしい。ちなみに筆者はこの時幼稚園児とか小学生とかである。 筆者がやっている系統分類学にも大きな影響があり、遺伝子配列を元にして生物の系統を議論する分子系統学というのがメジャーになった。遺伝子配列は、「データ量が多い」「定量化しやすい」という理由により、系統学にとって非常に好都合であった。結果、これまで形

執筆中だった論文を指導教員の先生に提出した。 ここまで長かったが、ここからも長い。 前回論文を書いた時は、最終的にver.12になるまで添削を繰り返してやっと受理された。それくらいの戦いを覚悟しないといけない。 筆者は文章を書くのが好きである。 研究はひたすら文章を書き続ける仕事であり、文章を書くのが好きでないとやっていけないと思う。ついでに、こんなブログも続けられないと思う。 文章というのは、書いている間はとても楽しく、自分で理解した気になっていて、完成したそれは誰が読んでも分かりやすいと錯覚しがちである。 しかし、現実でそんなことはまずなく、本当に読みやすい文章を書くには相当な訓練が必要になる。ちなみに筆者はそんな訓練は積んだことがないので、このブログの文章なども大変読みづらいはずである。申し訳ない。 そんな中、教授クラスの人間はこれまでに何本も論文を書き、いくつもの申請書を書き、そし

筆者は音ゲーをよくやる。音楽に合わせてボタンとか画面とかを叩いたりするあれである。 と言ってもゲームセンターにはあまり行かず、タブレットの音ゲーアプリをやるのがほとんどだ。これは金が無かった頃の名残で、アプリの方が圧倒的に安上がりなのでこうなっている。 腕の方もそんなにいい訳ではなく、まあたしなむ程度と言ったところか。 ところで、音ゲーをやってない人が音ゲーを見た時の感想は、「反射神経やばくね？」と「譜面覚えてんの？」にだいたい集約される。反射神経と暗記は確かに両方大事だが、より具体的には以下のように使っている。 例えば、とある譜面を頑張って攻略したいと思う時を仮定する。なお、ここで言う「譜面」とは、曲によって決められている叩き方というか、太鼓の達人で言えば「ドン」とか「カッ」とかの並び方である。 ひとつの譜面にも、特に難しくない場所と、普通にやってたら捌けない難所が混在している。難所の攻

執筆中の論文がとりあえず形になった。 例のデータ消失事件がなければあと一週間ぐらい早く終わったような気がするが、それはもうしょうがない。 いずれにせよ結構な難産だった。 あとはこの土日でミスや書き漏らしがないか確認しようと思う。特にDiscussionが何となく何かを忘れている気がするので、しっかり読み返さないといけない。 都合よく行けば、週明けには指導教員の先生に提出できるだろう。 ただ、そこからの添削校正の作業がまた途方もなく長いので、本番はここからとも言える。 あとは、この論文に気を取られて進んでいなかった実験も進めないといけない。 実のところ、学振の計画書に書いていた内容があまり進んでいない。これは大変まずい。 研究で求められるのは、ただ一つ業績である。研究を続けている限り、一生進捗に追われなければならない。

だいたいの人間には「大切なもの」がある。 中身は人によるが、財産だったり恋人だったり家族だったりする。場合によっては夢とかプライドとか概念っぽいものになることもあるかもしれない。 その大切なものが、普通に生きていればたどり着かない領域にあったりする場合がある。普通の人から見ればどうでもよかったり、理解できなかったり、むしろ気持ち悪かったりする。そうなったきっかけは知らない。そして普通の人は、そういうものを追う人を「オタク」と呼ぶ。 オタクにとって他者からどう思われているかというのは、まあそんなに重要じゃない。 オタクにとっての「大切なもの」は、財産や恋人や家族と同じか、それ以上の価値を持っていて、「人生」とかそういうのと似た重さを感じさせるものになっている。その内容が他者から見ると変なだけ。それだけだ。 そしてその大切なものはオタクの人格や価値観を形成していき、その魂に深く根付き、まさに人

「音楽が脳にこびりついて無限に再生される状態」と言って伝わるだろうか。 この状態が他の人にもよくある現象なのか分からないので、念の為詳しく説明する。 最近聴いた曲や印象に残ってしまった曲、時として全く意識していなかったどうでもいい曲である場合もあるが、とにかく音楽が、脳内で無限に再生されてとてもうるさい状態である。その曲の一部分(サビであるとは限らない)が延々と繰り返される場合が多く、いつまで再生されても曲が終わりを迎えることはない。 筆者はこの状態によくなる、というか実際の所は「ほぼ常になっている」と言った方が正しい。 筆者は作業中に音楽を聴くことが多く、そのせいなのかもしれない。音楽を聴くこと自体は好きなのだ。 しかし、作業と言ってもそれはデータ処理や図版の作成など、アウトプット寄りの作業である。逆に論文を読んだりするなどインプット寄りの何かをしている時に音楽を聴くと全く集中できないの

7月も半ばだというのになんだか夏っぽい雰囲気がしないなと思っていたら、今年は例年に比べ気温が低めらしい。確かにそうかもしれない。 今日の札幌の最高気温は26度だったらしい。ここ数週間ほどずっと20度をちょっと超えてみたりたまに超えなかったりしている。まだ30度には行っていない。 …と思っていたら5月終わりに34度を記録していた。ちゃんと当日に記事にもしていた(https://under-the-floor.hatenablog.com/entry/2019/05/26/231304)。 このままだと今年の一番暑かった日が5月になってしまう。いや、これからその気温を更新して欲しいとは思っていないが。 ただでさえ涼しい札幌の夏がより涼しくなればとても快適だろう。特に現時点では冷房を付けなくても余裕なのが良い。 筆者の家には冷房はないが、研究室にはある。そして研究室の冷房もまだ今年は数える程しか

筆者の知り合いの「大雪山でチングルマを見たい」という発案に、筆者の「せっかくなら中岳温泉まで行って足湯に浸かりたい」という無駄な思い付きが重なった結果、今日は日帰りで大雪山まで行って帰ってきた。 大雪山とは、北海道最高峰である旭岳(2291m)などを擁する山系であり、北海道の屋根であり、神々の遊ぶ庭である。 平地でさえ本州の高山に近い気候と植生を見せる北海道では、森林限界は標高1000m台で到達し、そこから上は天国と見紛うような景色が広がっている。旭岳麓にはロープウェイがあり、これで標高1600m付近まで行けるが、ここで降りた時点でもう非現実である。 特にチングルマという白い花を咲かせる高山植物は大群落を形成していて、時期が合えば一面真っ白になる。 さて、そんな大雪山だが、実は登山道に温泉が湧いていて、足湯に浸かれるポイントがある。これが先述した中岳温泉である。 ということで今回は、チング

８月末に国際学会へ行くことになっているのだが、その運営から一週間ほど前にとあるメールが来ていた。 端的に言うと「動画コンテスト」開催の連絡であった。 対象は学会参加予定の学生(学部〜院生、加えてポスドクもやりたければやっていいらしい)。 自分の研究内容を2分ほどの動画にして投稿して、その中から10個ほど学会本番で紹介するとのことである。 参加は任意。締切は8月1日。 そしてメールには次のワードがものすごく強調して書かれてあった。 BE CREATIVE !! メールが来た時はめんどくさそうだなあと思って放置していた。しかし、今日この件について学会に同行する先輩と話したところ、思いのほか前向きだったので、まあネタが思いつけばやってみてもいいかなと思い直し始めている。 実は筆者は、ごく基本的なものだが動画作製の環境を有している。昔サークル関連で動画を作ったことがあり、その時いろいろ揃えたり勉強

昨日、パソコンのデータが消えた。 状況を整理する。 実は不幸中の幸いと言える要素が多く、まずクラウドに保存していたデータは全て残っている。例えば執筆中の論文の原稿がそうである。これは助かった。 また、買い換える前の古いパソコンのデータは消さずに残していたので、新しいパソコンを買った5月初め頃より前のデータは全て無事である。 実験データも、すべて研究室に備え付けてある共用のパソコンで取ったものなので無事である。 逆に言うと、消えたデータというのは、5月初め頃以降に新しいパソコンで更新し、かつクラウドに保存していなかったもの全て、となる。 一番でかいものと言うと、執筆中の論文の図版データなどがそれに当たる。2ヶ月分の図版に関する進捗が無に帰したことになる。つらい。 加えて、別の意味での「不幸中の幸い」として、目前に迫っていた締め切りが特になかったことも挙げられる。 正直、パソコンを買って2ヶ月

パソコンのデータが全滅した。 まあ色々あったのだが、とにかく全滅した。 データの一部はクラウドに保存していたのでこれらは無事で、あと実験関係の生データは研究室の他のパソコンに保存されているのでまた持ってくればいいのだが、それにしても結構な量のデータがお亡くなりになった。 確認と復旧と心の整理がしたいので今日の記事はこれくらいにさせてください…。

最近入試改革の話が荒れに荒れていて、耳に入らない日はないほどである。 特に数日前からは、採点を大学生アルバイトにやらせることの是非についてがアツい。アツいと言ってもだいたいの人が反対しているので、山火事をみんなで消そうと頑張っている感じである。 ちなみに、筆者もこれについてはさすがに反対である。 これは筆者本人ではなく、中学時代の友人の話なのだが、 筆者のいた県には公立高校入試対策用の模試があり、当時ちゃんと勉強していた筆者と筆者の友人はこの模試を毎回受け、点数を競い合ったりしていた。 あるときの模試で、その友人に返ってきた採点済みの答案に明らかな採点ミスがあった。 点数が筆者と拮抗していたたこともあり、友人としては訂正してもらいたかったらしいが、そのためにはどこにどう連絡すればいいか分からなかったので、Yahoo知恵袋に質問を投稿したらしい。 すると、「そんなん泣き寝入りですよwwwたか

学術業界で英語は必須技能である。研究成果は全世界に共有されなければならないので当然なのだが、論文は大体英語だし、外国人研究者と関わる機会も多い。 そんな中、筆者は英語が苦手である。 苦手って言うほど苦手ではないかもしれないが、少なくとも得意ではない。 参考までに、1年前のTOEICのスコアが確か790点ぐらいだったと思う。自慢にもネタにもならない絶妙な点数である。 筆者の所属する研究室には外国人留学生がそこそこ多い。従って英語で会話する機会も多くなり、英語は上達する…はずだった。 最近気付いたのだが、筆者のコミュ力がそもそも壊滅しているので、会話に発展する機会がとても少ないのである。これは英語だからとかではなく、どうせ日本語でも筆者は会話ができない。 あと、最低限の意思疎通が必要な場面でも、相手側が気を遣って簡単な英語で話してくれるので、ありがたいが筆者側の糧にはならない。 ということで、

この前のサンプリングでとってきたサンプルの一部からNusuttodinium属という盗葉緑体性のうずべんが大量発生したので、せっかくなので盗葉緑体についてまとめようと思う。 盗葉緑体とは、元々葉緑体を持っていない生物が、他の生物から葉緑体を奪い、自分のもののように光合成させて栄養を獲得することである。 うずべんに限らず様々な生物に盗葉緑体種が見られる。すでにこのブログでも、繊毛虫の例(https://under-the-floor.hatenablog.com/entry/2019/06/24/221459)やウミウシの例(https://under-the-floor.hatenablog.com/entry/2019/06/10/211808)を紹介した。 また、うずべんの中でも盗葉緑体種は何度も発生してきているようである。 例えばDinophysis属の1種は、先述した盗葉緑体性繊毛

このシリーズは全く閲覧数が伸びないということが分かってきたが、この活動は他でもない筆者自身のためのものなので断固として続ける。 今回の論文はこちら。 Nakayama et al. 2019. Single-cell genomics unveiled a cryptic cyanobacterial lineage with a worldwide distribution hidden by a dinoflagellate host. PNAS URL https://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1902538116 シアノバクテリア(藍藻)は、大昔に酸素発生型光合成を開発した始祖の末裔で、現在も幅広い環境に生息している。 生活様式も多様であり、今回扱われるシアノバクテリアは、とあるうずべんと共生関係にあるという種である。 有殻のうずべんである

今年になって初めて山に登った。 少し前に買ったザックの試験運用、筆者本人の体力的なリハビリ、そして登山に興味を持っていた某後輩のお供など、様々な目的を持って計画された。 しかし、その後輩は体調を崩して同行できなかったので、結局筆者ひとりで登ることになった。 場所は、小樽の西にある塩谷丸山という山である。 駅から近く、距離がそこまで長くなく、難所もなく、それでいて山頂からの景色がいいということで、登山入門にはうってつけの山だと思っている。 筆者はもう何回か登っているので今更という感じがあるが、先述の通りザックが新しかったり体力が落ちていたりするので、今回はこれぐらいの山がちょうどいいと思った。 このブログは登山ブログではないので、山に登ったことのない方も読んでいるかもしれない。ということで登山の様子を説明してみる。 登山とは、すなわち山道をひたすら登って降りてくるだけである。なお、筆者は崖登

そんなものは無い。 ツイッターのタイムラインでは、ボーナスが入って嬉しそうな社会人たちのツイートが溢れている。どこを見てもボーナスボーナスだ。ボボボーボボーボボか。 一方、学振特別研究員は事実上の給与を貰いながらも、ボーナスという概念が存在しない。 というか、毎月貰っているあの金は、正確には「給与」ではなく「研究奨励金」である。｢金寄越すからその分研究頑張れよな？？」という圧力を感じる。 結局、我々はまだ身分としては学生なのだ。これはもうしょうがない。 金銭面に余裕ができたのは本当にありがたく、気兼ねなく買い物ができるようになってきた。 しかし前から欲しかったものはだいたい買えてしまったので、最近は逆に使い道に困り始めている。貯金に回せばいいのだろうか。金がある状況に慣れていなさすぎる。 もっとものすごい金が貯まってくれば、例えば広い家に引っ越すとか、車を買うとか、そういう選択肢ができてく