Git v2.13.0(2017/05/10リリース)でgit configにConditional includes(条件付きインクルード)という機能が実装され、特定のリポジトリに対して一括でgit configを適用できるようになりました。 会社用と個人用でプロファイルを使い分けたり、たまに使う設定をまとめて適用する場合などに役立ちそうです。 設定方法 includeIfセクションを使います。git configコマンドか、~/.gitconfigを直接編集して追記します。
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