グラフ描画アルゴリズムとNetworkxの裏側 - Qiita
0.グラフの描画ってどうやるの？ 二次元に描画するためには各頂点に適切に座標を与える必要がありますが、グラフは頂点と辺の情報しか持っていません。どのように頂点を配置すればよいのでしょう？？ この記事ではグラフをいい感じに配置するアルゴリズム Fruchterman-Reingold algorithm を説明します。Pythonだと networkxというライブラリで簡単に使用できます。しかし簡単すぎて悔しいので networkxの GitHub の実装を追いながら仕組みを確認していきます。 この記事の流れはこうです。 動かしてみる アルゴリズムの説明 Networkx の実装を追う 1.動かしてみる 動けば満足な方のために先に実装例を示しときます。Google colaboratory だと既にnetworkxがインストールされてるので、コピペですぐ試せます。 ランダムに配置 → ran
Python networkx でマルコフ確率場 / 確率伝搬法を実装する - StatsFragments
ここ 1ヶ月にわたって 聖書 DeepLearning 0.1 Documentation を読み進め、ようやく 制約付きボルツマンマシン の手前まできた。 制約付きボルツマンマシン (RBM) の解説 には RBM = マルコフ確率場 ( Markov Random Field / MRF ) の一種だよっ、と しれっと書いてあるのだが マルコフ確率場とはいったい何なのかは説明がない。マルコフ確率場 <マルコフ・ランダム・フィールド> は用語もカッコイイし結構おもしろいので、 Python でサンプルを書いてみる。 補足 Python では PyStruct というパッケージがマルコフ確率場 / 条件付き確率場 ( Conditional Random Field ) を実装しているため、実用したい方はこちらを。このパッケージ、ノーマークだったがよさげだなあ。 マルコフ確率場とは グラフ
Choosing the Right Data Structures
Choosing the Right Data Structures August 2013 About a year ago, I was using NetworkX (a Python package for studying graphs) for one of my projects. While I was working on it, I found that the topological sort implementation in NetworkX was very slow on large-scale instances. So I decided to take a look at it, hoping I can figure out what's wrong and fix it. In the end, I sped up considerably the
zen for python | A Zero Effort Network Library for Python
What is Zen? The construction, analysis, and modeling of networks has become common-place in fields as diverse as psychology, economics, physics, ecology, and history. Zen is a library that provides a high-speed, easy-to-use API for loading, analyzing, visualizing, and manipulating networks in Python. By using a hybrid of Python and Cython code, it combines the speed and low memory overhead of C w
Betweenness Centrality
A collection of sloppy snippets for scientific computing and data visualization in Python. In Network Analysis the identification of important nodes is a common task. We have various centrality measures that we can use and in this post we will focus on the Betweenness Centrality. We will see how this measure is computed and how to use the library networkx in order to create a visualization of the
First steps with networkx
A collection of sloppy snippets for scientific computing and data visualization in Python. One of my favorite topics is the study of structures and, inspired by the presentation of Jacqueline Kazil and Dana Bauer at PyCon US, I started to use networkx in order to analyze some networks. This library provides a lot facilities for the creation, the visualization and the mining of structured data. So,
JSNetworkX
JSNetworkX is a port of the popular Python graph library NetworkX. From their website: NetworkX is a Python language software package for the creation, manipulation, and study of the structure, dynamics, and function of complex networks. With NetworkX you can load and store networks in standard and nonstandard data formats, generate many types of random and classic networks, analyze network struct
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