AlphaFold 3 predicts the structure and interactions of all of life’s molecules
Why flying insects gather at artificial light - Nature Communications
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システム生物学って何だったんですか？(前編)
はじめに システム生物学(systems biology)が提唱され(1998年)てすでに25年が経過しました。 諸外国をみると例えばUKなどではsystems biologyやその派生分野 (例えばsystems immunology)が比較的頻繁に使われ分野名として根付いているようであるのに対し、日本ではシステム生物学を標榜する研究室は思ったよりも少ないです。一方で、システム生物学が目指した研究の方向性は、定量生物を始めとして国内においても自然に受け入れられ普及しています。つまり名実でいえば実は十分伴っているように見受けられます。そして、新たにシステム生物学入門の教科書が出版されたように、若い世代にはそれ以上の世代(2023年現在40, 50代の世代)と比較して、システム生物学という語に良い意味でも悪い意味でも特別な印象は持ってないように見受けられます。 システム生物学の黎明期からこの
書評 「生物学者のための科学哲学」 - shorebird 進化心理学中心の書評など
生物学者のための科学哲学 勁草書房Amazon 本書は生物学にかかわる科学哲学の主要トピックについて科学哲学者や科学史家たちが解説したもの．編者は科学哲学者のカンプラーキスと生物学者のウレルで，書名にもあるように想定読者としては生物学者が念頭に置かれている． これまでの生物学の科学哲学の入門書だと「種とは何か」「自然淘汰の単位は何か」「系統樹の推定はどのような営みか」「利他行動の進化とマルチレベル淘汰」「発生システム論」などの個別の各論のトピックが主要テーマになっているものが多いが，本書が取り上げるものは必ずしも「生物学の科学哲学」に限らないということで，「説明」「知識」「理論とモデル」「概念」などの基礎ブロック的なテーマが数多く取り上げられていてなかなかハードな内容になっている．原題は「Philosophy of Science for Biologists」． 第1章 なぜ生物学者は科
ニュース :: 【研究発表】昆虫学の大問題＝「昆虫はなぜ海にいないのか」に関する新仮説
【研究発表】昆虫学の大問題＝「昆虫はなぜ海にいないのか」に関する新仮説https://www.tmu.ac.jp/news/topics/35603.html １.概要 昆虫は記載種だけでも１００万種を超えるほどの多様性を誇り、地球で最も繁栄している生物ともいわれています。翅を持つ利点などを活かし、陸上ではあらゆる環境へと適応している昆虫ですが、海洋環境に適応している種の数は非常に少なく、この理由について在野の昆虫愛好家を交えた議論が長らく続いています。本研究は、節足動物である昆虫にとって重要な体構造である外骨格に着目し、それが硬くなるために用いられるメカニズムに関連づけ「昆虫が海にほとんどいない」理由の説明を試みています。外骨格を硬くする過程で、昆虫は酸素分子を補因子とする化学反応を必要としますが、水中は陸上（空気中）と比較し、３０分の１しか酸素が含まれておらず、これが水への進出に際して
放流に意味はあるのか？
野外で何かしら生物を増やそうとしたとき、もっとも安直な方法は「放流」だろう。人が卵から孵化させ、あるところまで育てて外に放す。「元気に暮らしてね」などの言葉とともに、放流イベントとして子供に放流させるケースも多い。 しかし、本当に放流に意味はあるのか？ これまでの研究を見る限り、ほとんどのケースで放流に意味はない。むしろ、ほぼ確実に弊害がある。 放流の規模 そもそも放流はどの程度の規模で行われているのだろうか？放流にも様々なものがあるが、ここでは「野生集団の増加を目的として、人の手によって（在来の）生物を野外に放す行為」とし、特に天然資源として価値が高い生物を対象としたものに絞る。 天然資源を対象とした放流事業は、想像を絶する数を野外に放している。その顕著な例はやはりサケ類だろう（一般に食卓にならぶサケは「シロサケ」）。Kitada 2020にまとめられている統計を見ると、その放流数は19
図鑑に載っている植物300種、一年かけて探したらどれだけ見つけられるか | オモコロ
その名前の通り、人間の生活圏内に自生する300種の草花が載っている図鑑です。これを片手に持てば『この草はこんな名前で、この時期に、こんな色の花をつけるのか』を知ることができ、いつもの散歩道にはほんとうに多種多様な植物が自生していたことに気づきました。
全球凍結後に真正細菌が増殖した後に真核生物が繁栄した証拠を東北大が発見
東北大学は8月23日、6億5000万年前から6億3000万年前の地球が赤道直下の熱帯地域まで氷河で覆われた「全球凍結」時代からその解氷時に形成された地層の岩石資料を分析し、全球凍結中にも光合成生物(藻類)が存在した証拠および解氷後に生物量極小を経て真正細菌が増殖し、その後に真核生物が繁栄した証拠を得たと発表した。 同成果は、東北大大学院 理学研究科 地学専攻の静谷あてな大学院生(現・福井県立恐竜博物館研究職員)、同・海保邦夫教授(現・東北大名誉教授)、中国地質大学のJinnan Tong教授らの国際共同研究チームによるもの。詳細は、環境から生態学まで地球を題材とした学術誌「Global and Planetary Change」に掲載されるに先立ち、オンライン版に先行して掲載された。 地球の環境は誕生後、決して平坦だったわけではないことがさまざまな研究から分かってきている。例えば気温だけを
じつは車輪を持つ生物が存在していた（更科 功）
車輪はデコボコ道でも走れる よく言われる疑問の1つに、「なぜ生物には車輪がないのか」というものがある。ただし、車輪を持つ生物がまったくいないわけではない。それについては後で紹介するけれど、ほとんどの生物が車輪をもっていないことも、また事実である。なぜ、ほとんどの生物には車輪がないのだろうか。これに対する答えとしては、「車輪はデコボコ道が苦手だから」というのが一般的である。 たしかに車輪をもつ自動車は、舗装された平らな道ならスムーズに走れる。しかし、地面はいたるところ、デコボコだらけだ。車輪はこういうデコボコが苦手なので、ほとんど進化しなかった、というわけだ。でも、この意見は少し変な気がする。 デコボコが大きいと車輪が進めないのは事実だが、少しぐらいのデコボコなら、車輪でも進むことができる。理論的には、半径より小さい段差なら、車輪は乗り越えられる。だから、デコボコに対して車輪が相対的に大きけ
Reverse Engineering the source code of the BioNTech/Pfizer SARS-CoV-2 Vaccine - Bert Hubert's writings
Reverse Engineering the source code of the BioNTech/Pfizer SARS-CoV-2 Vaccine Translations: ελληνικά / عربى / 中文 (Weixin video, Youtube video) / 粵文 / bahasa Indonesia / český / Català / český / Deutsch / Español / 2فارسی / فارسی / Français / עִברִית / Hrvatski / Italiano / Magyar / Nederlands / 日本語 / 日本語 2 / नेपाली / Polskie / русский / Português / Română / Slovensky / Slovenščina / Srpski / Türk
AlphaFold: a solution to a 50-year-old grand challenge in biology
Research AlphaFold: a solution to a 50-year-old grand challenge in biology Published 30 November 2020 Authors The AlphaFold team In July 2022, we released AlphaFold protein structure predictions for nearly all catalogued proteins known to science. Read the latest blog here. Proteins are essential to life, supporting practically all its functions. They are large complex molecules, made up of chains
世界最小、頭部とくちばし 琥珀の中に恐竜発見 原始的な鳥か 中国チーム - 毎日新聞
極めて小さな恐竜の頭部がはっきりと残る9900万年前の琥珀（こはく）を発見したと、中国地質大などのチームが11日付の英科学誌ネイチャーに発表した。原始的な鳥の一種とみられ、頭部はくちばし部分を入れても長さ1センチ余り。体全体は現生する最小の鳥「マメハチドリ」と同じくらいと考えられ、これまでに見つかった恐竜の化石では最小という。 地層の中で直接化石となるのと違い、琥珀の中では皮膚や羽のような組織が良好な状態で保存されている可能性がある。チームは「古代への窓だ」として、さらに詳しく調べるという。 この記事は有料記事です。 残り415文字（全文664文字）
３月５日 住血吸虫の感染実験（２月１７日 Nature Medicine オンライン掲載論文） | AASJホームページ
新型コロナウイルスがこれほどの騒ぎになるのは、今のところ治療や予防の手段がないためだ。しかし、近代細菌学以降の感染症に対する戦いを見ると、やはり基本は相手を知った上での、疫学、公衆衛生学的手段による押さえ込みと、ワクチンしかなかった。もちろんコロナも様々な治療薬がすぐに開発されてくると思うが、多くの感染症との戦いの歴史を見ると、治療薬の有無に関わらず流行を抑え切ることは難しい。 例えば我が国で風土病と言われた日本住血吸虫は、原因寄生虫の発見、中間宿主の発見、そしてライフサイクルの特定と長い研究の歴史の末、１９８０年以降、患者さんの発生がなくなった。撲滅できた原因を探ると、治水の変化により、結局、宮入貝のような淡水の貝が私たちの周りから消えたことが一番大きいだろう。実際、昨年旅行したウガンダを始めアフリカ諸国では、薬剤も開発されているが、大自然が残るが故に、感染者の数は減らない。 今日紹介す
「常識覆す成果」海底地下の岩から微生物 東大グループが発見 | NHKニュース
南太平洋の海底を掘削した岩石の中に、微生物が生息していることを東京大学の研究グループが発見しました。この岩石の中では、これまで生物は生息できないと考えられていて、研究グループは常識を覆す成果だとしています。 バクテリアなどの微生物は、地下から見つかるケースが増えてきていますが、有機物を豊富に含む堆積物の中や熱水噴出孔など、エネルギーを得ることができる場所にかぎられ、玄武岩と呼ばれる地下に広く存在する一般的な岩石の中には、生物は生息できないと考えられてきました。 こうした中、東京大学の鈴木庸平准教授の研究グループは、南太平洋のおよそ5000メートルの海底から、さらに100メートル余り地下の玄武岩を微生物が混入しないように掘削し、生物がいないか調べました。 その結果、玄武岩の筋状の模様の部分に、１マイクロ程度の小さなバクテリアなどが多数生息していることを発見しました。筋状の部分は玄武岩の一部が
マルハナバチが絶滅に向かっている、原因は高温
マルハナバチの一種（Bombus impatiens）。マルハナバチは、送粉者として不可欠な存在だが、多くの種は猛暑などの要因により危機にさらされている。（PHOTOGRAPH BY CLAY BOLT, MINDEN PICTURES） マルハナバチは、地球上で最も重要な「送粉者」の1つだ。毛に覆われた体でブンブン飛び回り、野生の植物はもちろん、トマトやブルーベリー、カボチャなどの農作物の授粉を担う。（参考記事：「花粉の運び屋たち」） しかし、マルハナバチは窮地に立たされている。新たな研究により、マルハナバチの数は昔よりはるかに減っていることが明らかになった。北米のどの地域においても、1974年以前に比べ、50%近く減少しているという。（参考記事：「北アメリカでマルハナバチが激減」） さらに、以前はよく見られた数種が生息地から姿を消し、局所的な絶滅が起こりつつある。例えば、カナダのオンタ
『死んだ魚を水流にいれると，まるで生きているかのような動きをする』 → 哲学的ゾンビのあのマンガを思い出した
Yuichi Kurita/栗田雄一 @mykurita 大阪大学細田先生@KohHosoda が紹介されていた，死んだ魚を乱流を起こした流れにいれると，まるで生きているかのような動きをする，という論文．動作において身体性がいかに支配的かを示していて，とてもおもしろい． pic.twitter.com/AxYn2l5O5q 2020-01-25 14:29:39 Yuichi Kurita/栗田雄一 @mykurita 死んだ魚の動きの話，おもしろいポイントがどこかを，無粋かつ多少不正確かもしれないことを承知で説明すれば， １．魚の遊泳動作は，複雑かつ優雅で，脳がものすごくがんばって動かしているように見える ２．でも死んだ魚でも流れにつっこめば同じ動作ができてしまう 2020-01-26 12:09:11 Yuichi Kurita/栗田雄一 @mykurita ３．つまり，脳はなにもして
The Deep Sea
At 332 meters, this is the deepest any human has ever scuba dived. Set by Ahmed Gabr in 2014.
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