Genome Modeling Tools - Main
Support for TIGRA-SV has migrated to Ken Chen’s laboratory at MD Anderson Cancer Center. Please visit http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TIGRA for the latest versions and support information. Full source history is still maintained in the github repository. You can download this release on Github. Major Changes This release alters how counts and average base qualities are reported in the VC
Accelrys Partners with Oxford Nanopore
Accelrys といえば、バイオの研究者よりもケミカルの研究者に良く知られているかもしれませんね。 Pipeline Pilot というソフトウェアが有名です。 画面（デフォルト）はこんな感じです。 このソフトは、パイプラインと呼んでいる通り、解析の流れを先ず作ります。 GUIで作ります。 「解析の流れ」は様々なパーツ(コンポーネント)を組み合わせて作るのですが、一度作ってしまえば何度も解析のバッチ処理ができ、同じ作業を何十回もやらなければいけない時などに便利です。 で、このパイプラインにはオプションで、シーケンス解析のパーツがあるのです！！ このAccelrys社と、1分子シーケンサーのOxford Nanopore社が、パートナーシップを結んだそうです。 http://ir.accelrys.com/releasedetail.cfm?ReleaseID=557883 Oxford
Tutorials — ANGUS v1.0 documentation
Tutorials¶ Standalone tutorials, both for working through & reference purposes. General topic: how to do basic scientific data analysis on UNIX. Contents: UNIX, ssh, and scp Renting a computer from Amazon Running BLASTs on UNIX UNIX, BLAST, and long-running jobs Working with CSV files and Python Plotting with matplotlib Scripts, Reciprocal Best-Hits BLAST, and some more Python Mapping with bowtie
次世代シーケンサーにおけるcoverageの日本語訳 - #LSQA
被覆率（ひふくりつ）じゃないでしょうか。時々シーケンサーの分野で耳にします。 でも、genome coverageまたはゲノムのカバー率と言ってくれた方が意味はわかりやすいですけど（笑）。 以下参照： http://ibisforest.org/index.php?被覆率 追記： 「(read) depth of coverage」は被覆されている領域の（読み）深度（読まれた回数）ですよね。 論文上で通常は平均のdepth of coverageが示されている場合が多いと思いますが。 なので厳密には「coverage」と単独で書いている場合と「depth of coverage」と書いている場合とでは意味は異なると思います。 追記２： ma_koさんがおっしゃるように論文上では日本語の『率（％）』ではなくdepth of coverageの意で使われていることがほとんどのようですね。 de
Latest Bio-IT News | Bio-IT World
Biotech’s Secret to Surviving Economic Challenges? It’s All in the Data & AI Bio-IT World | Data has always been crucial in the life sciences industry, but in today's fiercely competitive landscape, its significance has skyrocketed. Amidst dwindling funding and mounting market pressures, biopharmaceutical companies need to better harness the power of information to design and accelerate clinical t
Home - QIAGEN Digital Insights
It’s a new era of genomics. To act quickly and confidently, you need access to trusted data and leading-edge technology. QIAGEN Digital Insights is here to help you achieve success. With an unrivalled, superior quality knowledge base powered by augmented molecular intelligence (AMI) and a comprehensive portfolio of bioinformatic software and services, we empower you to put science into meaningful
次世代シークエンサーによる日本人全ゲノム配列のはじめての包括的な解析 : ライフサイエンス 新着論文レビュー
Whole-genome sequencing and comprehensive variant analysis of a Japanese individual using massively parallel sequencing. Akihiro Fujimoto, Hidewaki Nakagawa, Naoya Hosono, Kaoru Nakano, Tetsuo Abe, Keith A Boroevich, Masao Nagasaki, Rui Yamaguchi, Tetsuo Shibuya, Michiaki Kubo, Satoru Miyano, Yusuke Nakamura, Tatsuhiko Tsunoda Nature Genetics, 42, 931-936 (2010) 要 約 今回，筆者らは，次世代シークエンサーを使い日本人1人の全ゲノム
次世代シーケンサーのためのバイオインフォマティクスの勉強会 - KazusaNavigation
次世代シーケンサーのためのバイオインフォマティクスの勉強会 | タグ | リソース 都内もしくはかずさで、次世代シーケンサーをつかった解析やアプリケーションやそのアルゴリズムの論文紹介を中心としたセミナーを企画します。Ustream.Tv での配信も計画しています Forum & Blogs Community Forum () アーカイブ Members blog メンバー Nakao Mitsuteru Manabu YAMADA メンバー ファイル ファイル収納庫 (0 files) 注目のキーワード： alcohol, plant, crazy idea, 千葉県, 料理, annotation, signal transduction, cyanobacteria, curation, biology, 日本, Ruby, R, Perl, CSS, ustr
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